XLOC_003965 (si:ch211-69b7.6)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003965
gene name si:ch211-69b7.6
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 11891580 ~ 11910225 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00007581
aaactactcacagtaatttgagtatttgcaatgttactttacaccactgcttatttctaatccaaatatctaaaaagataTTAAATTAAGACACATTATTAGTAAAAAGAAGTTTGTTATCAAATGTAGGATgacaaaatgtaatctaaaaggaTGATTTTTTTCGTACCCCATTGGcacatttttaaaggaaaaacataCTTAATTTTGACCTATTAAATCTGTAAACACTCTTTTTTTCTTGTATAAAAATGCTTCTCAATAGGATACTTTTTAGACGTTTGGACTAGACCGCTCCATGTAAGAAAACAACTTTTTGTACTGCATTTAATTCTTTAATCAGACAAAAAGGGTCTTATTTTCATTAATCAAGGTGTGTCCCAAAGTGTTCTAATATGTATTTGTGACGTTTGAACCGCATTGTCTTTTCTCAGAATGTTTAGTGCATAATTGGTTATATTAAAGGTGTGAACGCTCGTTATGAACCGTCTCCACCTAGAACAACCTGGGTGGTTGTGCCTACGCCTTGTACAGGTAGTTGTGTCCCAACGGGTATGACTCATTTGTGTgcatagtttagttttttttcctatttcttttGATTTTCTCCAATCAATCAGGAATTAGGGAGAGGTTTATTATTGTTATGTCACCCAGCCTCCATGAAGAACAAGCAGTGATGCTGTACCGAGGCATGTGTTTGTACCTTAAACCTGTTTTTCCGCTCTGGAAATGTATTACTTGCTGCAGCGAGAGTTTCATGAACAGTATGAAGAGGACAGAGGTAAACACGGACTCATCCAGTGGAAACATCCAGTCATTAGCATGACATTTTATTACTAGACATTGAACAAGGACATAAAAGCTCATAGGATACAAGATGATCATGGGATAATCTGGTACCTCTGCGATTGCGCAGCTTTAAAACAGAGGGTGTGGTTAATAAGGTTTCAGTTCTGGAGGCTTtcgtgtaaatatatatactggTGAAATGGCTCTTTACCAAAGAAGCCTCTCTGACAGCCTGCTGCTTGAAGATAATGTCTCTGGAGAGTACACAGACCTGCACTTTCTTGAAGGGGAAGATATTGTTGGTGCCAGTGATCAGCTTGAGCTAAAAAGGAATAAACAAAAGAAGAATGAAGCTGTGGACATTTTGAAGTTGATTAATAATGACAAGGAGTTCTCAAAGCATGGATTAAAATCCAGCAGAAGTTTGGAAAATCTGGATATGAAAGCTCCAGTTGagGTGTGGAAAGATTCATATGACAGACTTTACAATGCTAAAGTCAAGAGATTTCTAAAAGGAAGTCAAGTTGCAAAGGATAAAAGGCATAGCAAACATGGCAGTGGTCAAGAGACAACTGAAACACTTGACCGCAAAAGCAAGGTAAACATTGCAACTTTGCTTCAGAATGCAGATCGGATGTGTCTCGCACCATCTGAAACAGAATTTGATGAGAAAACAAGGTCATCCATTAGCCATTATGATCCCAGGGATTCTACAGGTGACTTGATGAGAGCAAAGCTCAAAACCAACACTGCAAGAGATTTTTCATCACTTCAATCCAAAGTGAACCTGACCAATGTTGAGCATGAAATAAACCTACGGGGTGGAACATATACAGACTTAGAAAAAGATGTTGGTTTTAATACACCAGATCGTACTTTCTCTCATGGTCAAGTATCTCCTGTGATGCACCTCACAAaaggacattttaagacccccAAAGCAGTGCTTAATTCCCCTGATATGAATATGGATGTACCATCAGATAATGTCGAGAAATCAAAATTTAAACTGCCAAAATTTAGCTTCTCTGGAAACAACAATCCAGACATCAAATATGATGCAAGTATGAAGGGGTCACCAGCCGAAGTAGCTGCAGGACTAAATGGCCCTAACATAAAAATTGATGGCCCAAAGGTTGATTACAAAAGTTTGAAAACAGACTTGGACATGGATATGCCATCTGGAAAACCAAAAGCTGCTCTCTCAGGGCCCAAGATGATGACATCTGAAATGGATGTGTCAACTTCAAAGTTTAATGCAGACTGTAATTCACCTGACATTAAAATTAGAGGTCAAAAACCAGGCATGGATGTTGATTTACCTAAAGGTAATATTAAAGCTTCAAATTTAAACCCCCCCAATCTTGACTTGAATGCATCTGATCTTATTGTAAAGGCTCCTTCAGGACctaaccttaaaataaagtcttcAGACCTGAATTTCAAAAATTCCAATGTTAATGAGGGAATTAATGACCCTGGTATGGATCTGACTCTACCTCATGCTGATCTGAAAAACCCAAATGACTTTGGCCTCACAGGCCCCAAAATACAAACACCTAATTATGACCTAAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCAACTCCCAAGCTAAAGACCGGATTAGATTCAACAGATATCAACATTAAATGTCAGAAACCTGATATCACAGACACAAATATTGATTTATCCAAGGGTAAAATCACAGTACCAAATTTAAAAACACCCAGTCATGACTTCAATGCACATGATTTGGACATCAATGCCCCTTCAGGTAAAATAAAAATGCCCAAATTAAAGATCTTTGGTAACAAGCCAGAAGGATCCAGTCTTAAAATCAAGTCTTCAGATCTGAATCTCAAAACCCCCAAAATTAAGGGTGGAATTGATACGCCAGAACTCAATCTAACTCAGCCTCAAACTGATTTAAAAGCCCCTAACATGGATATCAAATCACCTGATGCCTCAAAACTAAAGATGCCTAGGCCACATATGAATGTTGATGCGAACATTGAACAGCATGACCTTGATCTGAGTGCATTAACACCCAAACTTAATGCAGGTATAAAAAGCCCTCATATTGACATTAATGGACCGATTGCTGATATCAAGGGTCCAAAAACAGATCTTACACTACCGAACATGGACATGcctttagaaaaaaagaaaatgcccaCTTTCAAAATGCCTGATTTTGGTCTTTCAGCACCCAATATAAGAACACTTGATGCTGATCTGAAGACCCCTCAAATGAATCTGTCTGCTCCAAAGTTTAAGGGAGACTTTAATTCCCCAGATCTCAGCATTAGTGGTCATAAGCCAGATATAACAGCACCAGACATGAATGTGGATTTCTCAAAAGGTAAAATTAAAGGAACAAATCTCAAGAATCCAAATTTTGACATGGATACACCAGATTTTAAGATGAATTCCCCTTCAAGTAAACTGAAGCTGCAAAAATTTGGCATCTCAGGTAGCAAGAAAAAAGGACCTGATCTTAAAATCAAATCTCCAAACTTGAATATCAAAAGCCCCAAAATGAAGGGAGGAATTGACACCCCAGACATGGATCCGACTCTGCCTCAAGTGAATTTAAAAGCTCCCAACCTAGATCTCAAATCTCCTGATATTGATCTTAAGGACCCATCAGGTAAATTTAAAATGCCCAGTTTAGGTCTTTCAGGTTTAAAAGAGCCACATATAAATGTGGATGCTGGCATAGATCAGCCGGACCTAAATGTGAGTCCATTAACTCCTAAGCTAAATGCTGGGATAAATGGTCCAGATATTGATATTCATGGACCGCATGCTGATTTCAAAGGTCTGAAAACAGATCTTAAACTTCCTGACATGGACATGCCATCTGGAAAAAAGAAAATGCCCAATTTCAAAATGCCTAGTTTTGGTCTAACCGGGCCCAAATTGAAAACACCCGATTATGATTTGAAGCACCCTGACATGGATCTTTCCCCTCCAAAGTTTAAGGCAGACTTTGATTCACCAGACATAAACCTAGGTCATAACATTGATGTTACATCTCCTAACTTGAATGTTGACTTACCAAAAGGTAAAATCAAAGGGCCAGATTTGAAGACACCTGATCTTGACATGAATGCACCTGACTTTGATATAAATGCCTCATCAGGTAAAATGAAGCTGCCAAAATTTGGTCTTTCTGGCAAGCCAAAAGGCCcagattttaaaatcaattctccAAAGCTGAATCTCAAAAGCCCCAAAATTAAGGGTGGAATTGATACCCCAGACATGGATGTGACTCTGCCTCAAACTGATTTCAAAAGCCCAAACCTAGATCTCAAATCTCCTGATATTGACCTTAATGGCCCGTCAGGTAAATTTAATATGGCAAAACCAAAGATGCCAAGTTTAAATATGTCAGGTTTAAAAGGGCCACATATGAATGCTGATGTTGATCATCCCGACCTTAATCTGACTGCATCAACACCCAAACTAAATGCTGGGATGAGTAGTCCAGATATTGACATTCACGGACCTGGTCTCAAAGGTCCAAAAACAGATCTTACAGTTCCAGACATGGACATGCCATCTGGAAAAATGAAACTGCCCAATTTAAAGTTTCCTAAACTCGGTCTATCAGGGCCCAAACTGAAAACCCCAGATTACGATTTGAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCAGCTCCAAAGTTTAAGGCAGACTTTGATTCCCCAGATCTAAACGTAGATAATAACCTTCATGTCACGGCTCCTGACATGAATGTTGATTTACCGAAAGGTCAAATGAAAGCACTAGATTTAAAGAAACCAAATCTTGACATGCGCAAATCTTTTCCAAGACTGGAAAAATTAATATGCCCACATTAAAAATGCCAAAGTTTGGTGTTTcaggaacaaaaataaaaacgcCAGACTATGACTTGAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCTGCCCCAGAATTTAAGGCAGACCTTGATACCACGGATATCAACATTAAAGGCAATAAGCCAGATAtcacaggaccagacatggattTTGATATCCCAAAAGGTACATTTAAAGGACCAAATTTGAAGACACCCAATTTTAACATGAGTGCACCTGACCTTGACATAAATGCTCCTTCAGGTAAAATGAAGCTGCCGAAATTTGGCAAGCCAAAAGGCACAAATTTTAAAATGACTTATCCAAAGTTGACTTTCAAAAAACCCCAAAATAAGGG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Function

symbol description
si:ch211-69b7.6 Predicted to be involved in regulation of RNA splicing. Predicted to be active in costamere and nucleus.

GO:

id name namespace
GO:0043484 regulation of RNA splicing biological_process
GO:0043034 costamere cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-141212-266 Predicted to be involved in regulation of RNA splicing. Predicted to be active in costamere and nucleus.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000102146

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00007581 True 8992 mRNA 0.37 7 11891580 11910225

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003964 wipf2a coding downstream 1579 11844123 ~ 11890001 (-)
XLOC_003963 cdc6 coding downstream 98814 11781973 ~ 11792766 (-)
XLOC_003962 CR848705.2 coding downstream 185444 11639483 ~ 11706136 (-)
XLOC_003961 si:dkey-28e7.3 coding downstream 265950 11595973 ~ 11625630 (-)
XLOC_003960 NA coding downstream 289700 11594994 ~ 11601880 (-)
XLOC_003966 abcc10 coding upstream 1174 11911399 ~ 11965033 (-)
XLOC_003967 sp2 coding upstream 73240 11983465 ~ 12008001 (-)
XLOC_003968 socs7 coding upstream 99510 12009735 ~ 12051805 (-)
XLOC_003969 mrpl45 coding upstream 185974 12096199 ~ 12104917 (-)
XLOC_003970 npepps coding upstream 198130 12108355 ~ 12158412 (-)
XLOC_003954 BX324177.9 misc downstream 444095 11447189 ~ 11447485 (-)
XLOC_003953 BX324177.8 misc downstream 445595 11445689 ~ 11445985 (-)
XLOC_003952 BX324177.23 misc downstream 453393 11437891 ~ 11438187 (-)
XLOC_003951 BX324177.16 misc downstream 455837 11435447 ~ 11435743 (-)
XLOC_003950 BX324177.18 misc downstream 464406 11426878 ~ 11427174 (-)
XLOC_003971 BX469912.7 misc upstream 251433 12161658 ~ 12161955 (-)
XLOC_003973 BX469912.11 misc upstream 257777 12168002 ~ 12168298 (-)
XLOC_003974 BX469912.4 misc upstream 259136 12169361 ~ 12169654 (-)
XLOC_003979 BX469912.8 misc upstream 310665 12220890 ~ 12221186 (-)
XLOC_003983 FO904934.1 misc upstream 343635 12253860 ~ 12254156 (-)
XLOC_003955 NA non-coding downstream 439645 11451660 ~ 11451935 (-)
XLOC_003946 NA non-coding downstream 486690 11404596 ~ 11404890 (-)
XLOC_003941 NA non-coding downstream 534393 11356893 ~ 11357187 (-)
XLOC_003972 NA non-coding upstream 255498 12165723 ~ 12166007 (-)
XLOC_003975 NA non-coding upstream 275629 12185854 ~ 12186144 (-)
XLOC_003977 NA non-coding upstream 302924 12213149 ~ 12213431 (-)
XLOC_003997 NA non-coding upstream 519158 12429383 ~ 12491279 (-)
XLOC_003998 NA non-coding upstream 519930 12430155 ~ 12465409 (-)

Expression


Co-expression Network