RNA id: TCONS_00007581


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00007581
length 8992
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 7
gene id XLOC_003965
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 11891580 ~ 11910225 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aaactactcacagtaatttgagtatttgcaatgttactttacaccactgcttatttctaatccaaatatctaaaaagataTTAAATTAAGACACATTATTAGTAAAAAGAAGTTTGTTATCAAATGTAGGATgacaaaatgtaatctaaaaggaTGATTTTTTTCGTACCCCATTGGcacatttttaaaggaaaaacataCTTAATTTTGACCTATTAAATCTGTAAACACTCTTTTTTTCTTGTATAAAAATGCTTCTCAATAGGATACTTTTTAGACGTTTGGACTAGACCGCTCCATGTAAGAAAACAACTTTTTGTACTGCATTTAATTCTTTAATCAGACAAAAAGGGTCTTATTTTCATTAATCAAGGTGTGTCCCAAAGTGTTCTAATATGTATTTGTGACGTTTGAACCGCATTGTCTTTTCTCAGAATGTTTAGTGCATAATTGGTTATATTAAAGGTGTGAACGCTCGTTATGAACCGTCTCCACCTAGAACAACCTGGGTGGTTGTGCCTACGCCTTGTACAGGTAGTTGTGTCCCAACGGGTATGACTCATTTGTGTgcatagtttagttttttttcctatttcttttGATTTTCTCCAATCAATCAGGAATTAGGGAGAGGTTTATTATTGTTATGTCACCCAGCCTCCATGAAGAACAAGCAGTGATGCTGTACCGAGGCATGTGTTTGTACCTTAAACCTGTTTTTCCGCTCTGGAAATGTATTACTTGCTGCAGCGAGAGTTTCATGAACAGTATGAAGAGGACAGAGGTAAACACGGACTCATCCAGTGGAAACATCCAGTCATTAGCATGACATTTTATTACTAGACATTGAACAAGGACATAAAAGCTCATAGGATACAAGATGATCATGGGATAATCTGGTACCTCTGCGATTGCGCAGCTTTAAAACAGAGGGTGTGGTTAATAAGGTTTCAGTTCTGGAGGCTTtcgtgtaaatatatatactggTGAAATGGCTCTTTACCAAAGAAGCCTCTCTGACAGCCTGCTGCTTGAAGATAATGTCTCTGGAGAGTACACAGACCTGCACTTTCTTGAAGGGGAAGATATTGTTGGTGCCAGTGATCAGCTTGAGCTAAAAAGGAATAAACAAAAGAAGAATGAAGCTGTGGACATTTTGAAGTTGATTAATAATGACAAGGAGTTCTCAAAGCATGGATTAAAATCCAGCAGAAGTTTGGAAAATCTGGATATGAAAGCTCCAGTTGagGTGTGGAAAGATTCATATGACAGACTTTACAATGCTAAAGTCAAGAGATTTCTAAAAGGAAGTCAAGTTGCAAAGGATAAAAGGCATAGCAAACATGGCAGTGGTCAAGAGACAACTGAAACACTTGACCGCAAAAGCAAGGTAAACATTGCAACTTTGCTTCAGAATGCAGATCGGATGTGTCTCGCACCATCTGAAACAGAATTTGATGAGAAAACAAGGTCATCCATTAGCCATTATGATCCCAGGGATTCTACAGGTGACTTGATGAGAGCAAAGCTCAAAACCAACACTGCAAGAGATTTTTCATCACTTCAATCCAAAGTGAACCTGACCAATGTTGAGCATGAAATAAACCTACGGGGTGGAACATATACAGACTTAGAAAAAGATGTTGGTTTTAATACACCAGATCGTACTTTCTCTCATGGTCAAGTATCTCCTGTGATGCACCTCACAAaaggacattttaagacccccAAAGCAGTGCTTAATTCCCCTGATATGAATATGGATGTACCATCAGATAATGTCGAGAAATCAAAATTTAAACTGCCAAAATTTAGCTTCTCTGGAAACAACAATCCAGACATCAAATATGATGCAAGTATGAAGGGGTCACCAGCCGAAGTAGCTGCAGGACTAAATGGCCCTAACATAAAAATTGATGGCCCAAAGGTTGATTACAAAAGTTTGAAAACAGACTTGGACATGGATATGCCATCTGGAAAACCAAAAGCTGCTCTCTCAGGGCCCAAGATGATGACATCTGAAATGGATGTGTCAACTTCAAAGTTTAATGCAGACTGTAATTCACCTGACATTAAAATTAGAGGTCAAAAACCAGGCATGGATGTTGATTTACCTAAAGGTAATATTAAAGCTTCAAATTTAAACCCCCCCAATCTTGACTTGAATGCATCTGATCTTATTGTAAAGGCTCCTTCAGGACctaaccttaaaataaagtcttcAGACCTGAATTTCAAAAATTCCAATGTTAATGAGGGAATTAATGACCCTGGTATGGATCTGACTCTACCTCATGCTGATCTGAAAAACCCAAATGACTTTGGCCTCACAGGCCCCAAAATACAAACACCTAATTATGACCTAAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCAACTCCCAAGCTAAAGACCGGATTAGATTCAACAGATATCAACATTAAATGTCAGAAACCTGATATCACAGACACAAATATTGATTTATCCAAGGGTAAAATCACAGTACCAAATTTAAAAACACCCAGTCATGACTTCAATGCACATGATTTGGACATCAATGCCCCTTCAGGTAAAATAAAAATGCCCAAATTAAAGATCTTTGGTAACAAGCCAGAAGGATCCAGTCTTAAAATCAAGTCTTCAGATCTGAATCTCAAAACCCCCAAAATTAAGGGTGGAATTGATACGCCAGAACTCAATCTAACTCAGCCTCAAACTGATTTAAAAGCCCCTAACATGGATATCAAATCACCTGATGCCTCAAAACTAAAGATGCCTAGGCCACATATGAATGTTGATGCGAACATTGAACAGCATGACCTTGATCTGAGTGCATTAACACCCAAACTTAATGCAGGTATAAAAAGCCCTCATATTGACATTAATGGACCGATTGCTGATATCAAGGGTCCAAAAACAGATCTTACACTACCGAACATGGACATGcctttagaaaaaaagaaaatgcccaCTTTCAAAATGCCTGATTTTGGTCTTTCAGCACCCAATATAAGAACACTTGATGCTGATCTGAAGACCCCTCAAATGAATCTGTCTGCTCCAAAGTTTAAGGGAGACTTTAATTCCCCAGATCTCAGCATTAGTGGTCATAAGCCAGATATAACAGCACCAGACATGAATGTGGATTTCTCAAAAGGTAAAATTAAAGGAACAAATCTCAAGAATCCAAATTTTGACATGGATACACCAGATTTTAAGATGAATTCCCCTTCAAGTAAACTGAAGCTGCAAAAATTTGGCATCTCAGGTAGCAAGAAAAAAGGACCTGATCTTAAAATCAAATCTCCAAACTTGAATATCAAAAGCCCCAAAATGAAGGGAGGAATTGACACCCCAGACATGGATCCGACTCTGCCTCAAGTGAATTTAAAAGCTCCCAACCTAGATCTCAAATCTCCTGATATTGATCTTAAGGACCCATCAGGTAAATTTAAAATGCCCAGTTTAGGTCTTTCAGGTTTAAAAGAGCCACATATAAATGTGGATGCTGGCATAGATCAGCCGGACCTAAATGTGAGTCCATTAACTCCTAAGCTAAATGCTGGGATAAATGGTCCAGATATTGATATTCATGGACCGCATGCTGATTTCAAAGGTCTGAAAACAGATCTTAAACTTCCTGACATGGACATGCCATCTGGAAAAAAGAAAATGCCCAATTTCAAAATGCCTAGTTTTGGTCTAACCGGGCCCAAATTGAAAACACCCGATTATGATTTGAAGCACCCTGACATGGATCTTTCCCCTCCAAAGTTTAAGGCAGACTTTGATTCACCAGACATAAACCTAGGTCATAACATTGATGTTACATCTCCTAACTTGAATGTTGACTTACCAAAAGGTAAAATCAAAGGGCCAGATTTGAAGACACCTGATCTTGACATGAATGCACCTGACTTTGATATAAATGCCTCATCAGGTAAAATGAAGCTGCCAAAATTTGGTCTTTCTGGCAAGCCAAAAGGCCcagattttaaaatcaattctccAAAGCTGAATCTCAAAAGCCCCAAAATTAAGGGTGGAATTGATACCCCAGACATGGATGTGACTCTGCCTCAAACTGATTTCAAAAGCCCAAACCTAGATCTCAAATCTCCTGATATTGACCTTAATGGCCCGTCAGGTAAATTTAATATGGCAAAACCAAAGATGCCAAGTTTAAATATGTCAGGTTTAAAAGGGCCACATATGAATGCTGATGTTGATCATCCCGACCTTAATCTGACTGCATCAACACCCAAACTAAATGCTGGGATGAGTAGTCCAGATATTGACATTCACGGACCTGGTCTCAAAGGTCCAAAAACAGATCTTACAGTTCCAGACATGGACATGCCATCTGGAAAAATGAAACTGCCCAATTTAAAGTTTCCTAAACTCGGTCTATCAGGGCCCAAACTGAAAACCCCAGATTACGATTTGAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCAGCTCCAAAGTTTAAGGCAGACTTTGATTCCCCAGATCTAAACGTAGATAATAACCTTCATGTCACGGCTCCTGACATGAATGTTGATTTACCGAAAGGTCAAATGAAAGCACTAGATTTAAAGAAACCAAATCTTGACATGCGCAAATCTTTTCCAAGACTGGAAAAATTAATATGCCCACATTAAAAATGCCAAAGTTTGGTGTTTcaggaacaaaaataaaaacgcCAGACTATGACTTGAAGACCCCTGAAATGGATCTTTCTGCCCCAGAATTTAAGGCAGACCTTGATACCACGGATATCAACATTAAAGGCAATAAGCCAGATAtcacaggaccagacatggattTTGATATCCCAAAAGGTACATTTAAAGGACCAAATTTGAAGACACCCAATTTTAACATGAGTGCACCTGACCTTGACATAAATGCTCCTTCAGGTAAAATGAAGCTGCCGAAATTTGGCAAGCCAAAAGGCACAAATTTTAAAATGACTTATCCAAAGTTGACTTTCAAAAAACCCCAAAATAAGGGAGGAATTGATATTCCTCAAACTGATTTTAAAAGCCCAAACCTAGATGCTGACTTGGATCATCCTGGCCTTAATCTGAGTGCATCAACTCCAAAACTAAATGCAGGGATAAATAGTCCTGACATGAATGTTCATGGATTTAATGCTGATCACAAAGGTATGACAACAGACCTCACACCTCCTGACATCAACATGCCATCTGGAAAAATGAAACTGCCCAATTTAAAGATGCCTAAATTTGGTCTATCAGGACCCAAATTGAAAACACCAGAGTATGATCTTAAGAACCCTGAAATCGGTCTTTCAGCTCCAAAGGCAGACTTTGATTCTCCAGAATTCAATATTAAAGGTCAAAAGCCAGAAATCTCAGGACCAGACATGGATGTAAATATtcctaaaaataaatttaaaggacCAAGTTTTAAGAAACCTAATATTGATATGAATGCACCTGACCTTGACATAAATTCCCCTTCAGGTAAACTGAAGCTGCCAAAATTTAGTTTATCAGGAAGCAAACCAAAAAGCCCAGAATTCAAAGTCGAATCTCAAAACCTGAATCTTAAAACCCCTCAGATTAAGGGAGGAATCGATACCCCAGACATGGATCTAAATCTGCTTCAGGCTAAAATGAAAACCCCTAAACTAGATTTAAAATCTCCTGATGTTGATCTTAATGACCCATCAGGCAAATTTAATATGGCAAAACCAAAGATGCCAAGTTTAAATTCGCCAGGTTTGAAAGGGCCACATATGGATGCTGACATTGATCATCCAGACCTTAATCTAAGTGCATCATCTAAACTAAATGCAGGGGTAAAAAGCCCTCATATTGATATTGATGGACCTAATGCTGATTTCAAGGTTCCAAAAACAGACCTAACACTCCCCAATATGGACATGCCATCTAGTAAAAAGAAAATGCCTAATTTTAAGATACCTGATGTTGGTTTTACAGGACCCAAAATCAATATGCCTGACTATGATAAGCCAGCTAAAATAAATCTTTCGGCTGCAACGTTTAAGGCAGACTTGGATTCACCAGACATCAACTTTAGAGGTCATAAGCCAGATATCACAGCACCTGACATGAATGTTAATGTGcctaaaagcaaaataaatgtacCAAATTTCAAGAAACCTAATGTTGATTTGAACACTCCAGAGATTGACATTGATGCGCCTTCCGCTAAAATGAAACTTCCAAAGATTGGCCTCTCAGATTTAAAAGCTGAAGGAcctgattttaaaatgaaatctcCAAAATTGAAAACCAAAAGCCCCAAAATTAATGGAGGAATCGATACTCCGGGAATGGACTTGACTCTGCCTCAGACTGATCTGAAAACttcaaatttagattttagaccaCCTGATATTGATGTTAATGGCCCTTCAGGTAAATTTAATATGTCCAAGTTAAAAATGCCCAGTTTGGGTCTGTCAGGTTTGAAAGAGCCACATTTTGATGATGACATTGATCATCCAGACATCCGTCTTAGTTCATCACCTCCCAAACTAAATGCTGGGATTAATCATCCTGATTTTAACATTCATGGACCTAATGGTGATTTTACACTTCCCaaaacagaaatgccatctggaaaaataaaaacatccacATTTAAGATGCCTGATATTGGTTTCTCTGGACAAAAAATAAAGACACCCGACTATGATTTAAAGGCCCCTAATTTAGATCTCTTTAATTCACCAGATTTAAGTACCAGGAGTCATAAACCTGATTTCAGAGTCCCAGACAAGAATGTTGATTTTCCTAAAGGCAAAATAAAGGCAACCAATTTCAAACCCAATCTCGATGTCTACACACCAGAATTAGATAACCCTGATTTTCAAGGCCTGGGGTCTAATGATGATTTCCATGACTATACAAAAATGCACGCCAACAACTTTGCAATTCCAAGAGGTAATATAAAGGCAGGCAAAACATATGATCTAGATCCTTCCTTAAGAGACATTAGAATGCCAAACCATCAGAAATATGGTACCTCAAAATTCACCATGCAGGACCCTTATTTTGATTTGAACAGTGGTATGAACATTTCAGGAAAAGCCCAGAGGCCTAAAATGACAAGACATCTCCCCGACTCACCCGATGTCACAATGGCTTTACCAACCCCAAGACCCAGAACCTCTGGAGTAGTTCCAACATCATCAGATGTTTACTACAGCGAAATGTCTGGTGCACACAGATCAAGAGATCATAAAAGAACGGGGAGTAACTTTGAAATTGATGACAGCTGGAACAAAATATCAGTGCCTAAACTTCAAGCCCCAACCAGAACTGAGAATTTGCCTGTGAGAAATTCAAATATGGGAATGAGTCCGAAGCAAATCTCACCCCATAGGGGAGGTGATGCAAGATATTATAGGAAAACTCAAATGGTTCCAAGACGTCATTACACTACTGATGACATTTGTTACACTTACAAAGGGATGCCTAGAAGAGATGGTCGGGGAAACGAGCAAAGTGACTATAGTCGCAGACGCACAATGAGACATCTGCAAATACAAGCAATGGATCTGGAGGTTCCAGAAAGCACGTTGAAAGGGTCAAAAATGAATGTCCTTAAACTAATGTAGTAGgataagtttaaaaaaagtgaatGGGAAGACATGGTTGAGCTTGTGCTTTCTAATCATTTTTATCAGAACTGACAATAGTGGGTTGATTGCCGCAACctttatgtataaaataattcGAGTAGATGTCGATTTCTTCACCTTTCCATAAACAATGTGTTATACATGTATTTTAAATTGAATAGTATCATGTGCACTTACTAAAGATTTATAAAGGTTTTACTAAAacgtttttcttaatttttttaacggAGCATGGATATTGCAAactttatatttttgtaaattctACATAATGTTAAAGTAATGTGTACAATGTGGGTAAGTTATACATATGTAAAAAGCTTTTTTGTGTATTgacatttttcttcttctttttaaagTTACTTATCTGTTATTGCAGATATTTCTGTGCCATGAAGTATCTAGTAAGGTACAGTAGGGGTAATTGTTTTGAAGgatgtatataaatatttgtgaaatattacTGCTAACACATTTGCACAAATgtacagttgttgttgttgtcggcTGTTTTCCAACTCAAATAAAGTAATATACCCTTGGCTGAGGgttatttagaaaacattttttttaataattgtaaaaagaaaaaatgtgttGTTATATCAAAAATATTTGCACACGTTGACAAAATCTGCATGTCAATTATTACATTTTCAAAGCCATTTAAAAGTGTGTTTTCAAAAATCTTCATTGCTTGCAAGTTTCATTGTTATGACGTAGTTCAGTAATtttgtgtttcccaaaaccaacCAGCGGTGTGAAATACTTGAGCacttttactgtattatttaattagtattttggggGATGTAGTATTTTGTACTTTACTGTACAAATACTTGAATATATTCCTGAAAAAACAGTACTTTTACACCTCATAATTGGATTTGAAATTAAAGTACTCATATATTTACCTtaaattttctttcattttatgcAAATGTGTGATTGacgcaattattttttattaaaatttcacCTTAATATCTGAAGTACACTGACCATAATGTATATAGCTTtttctaaatgtaatatttttttttgtcagtttgtgtgtgttagCTGTCTGTTTAGTACAGAATGCAgaatattgtgttttgtttgtgtgttagtGTTAGCTTTCTGTTGATGGAATGCAGAAgattttgtgcaaaaaaaaaaatcattcatgagaatttgtttttcaaataatacattttctggTGATAACTAATTCATCAGGGGGGTTAGTGTCATGTTCACTTTGTGTAGTTTCTCAGGCATTATCTCTGATTATAGTTTTACAATTGAATTGTATACAGACATGTTGTAAGCATTGAGTATtatactgtttatttcactttgcaTTAAAATTTCTGATTTA

Function

GO:

id name namespace
GO:0043484 regulation of RNA splicing biological_process
GO:0043034 costamere cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-141212-266 Predicted to be involved in regulation of RNA splicing. Predicted to be active in costamere and nucleus.

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000159922

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00008770 lncRNA downstream 185444 11646506 ~ 11706136 (-) True XLOC_003962
TCONS_00007573 lncRNA downstream 185487 11639483 ~ 11706093 (-) False XLOC_003962
TCONS_00007574 lncRNA downstream 185496 11639653 ~ 11706084 (-) False XLOC_003962
TCONS_00008769 lncRNA downstream 289700 11594994 ~ 11601880 (-) True XLOC_003960
TCONS_00007564 lncRNA downstream 439645 11451660 ~ 11451935 (-) True XLOC_003955
TCONS_00007591 lncRNA upstream 255498 12165723 ~ 12166007 (-) True XLOC_003972
TCONS_00007594 lncRNA upstream 275629 12185854 ~ 12186144 (-) True XLOC_003975
TCONS_00007600 lncRNA upstream 302924 12213149 ~ 12213431 (-) True XLOC_003977
TCONS_00007602 lncRNA upstream 307881 12218106 ~ 12219969 (-) False XLOC_003978
TCONS_00008771 lncRNA upstream 519158 12429383 ~ 12430109 (-) False XLOC_003997
TCONS_00007579 mRNA downstream 1579 11866278 ~ 11890001 (-) False XLOC_003964
TCONS_00007580 mRNA downstream 8598 11867297 ~ 11882982 (-) True XLOC_003964
TCONS_00007577 mRNA downstream 13481 11844123 ~ 11878099 (-) False XLOC_003964
TCONS_00007576 mRNA downstream 98814 11783464 ~ 11792766 (-) True XLOC_003963
TCONS_00007575 mRNA downstream 99862 11781973 ~ 11791718 (-) False XLOC_003963
TCONS_00007582 mRNA upstream 1174 11911399 ~ 11961706 (-) False XLOC_003966
TCONS_00007583 mRNA upstream 1355 11911580 ~ 11965033 (-) True XLOC_003966
TCONS_00007584 mRNA upstream 73240 11983465 ~ 12008001 (-) True XLOC_003967
TCONS_00007585 mRNA upstream 99510 12009735 ~ 12051283 (-) False XLOC_003968
TCONS_00007586 mRNA upstream 100955 12011180 ~ 12051805 (-) True XLOC_003968
TCONS_00007578 other downstream 20609 11845601 ~ 11870971 (-) False XLOC_003964
TCONS_00007569 other downstream 317820 11566351 ~ 11573760 (-) True XLOC_003959
TCONS_00007563 other downstream 444095 11447189 ~ 11447485 (-) True XLOC_003954
TCONS_00007562 other downstream 445595 11445689 ~ 11445985 (-) True XLOC_003953
TCONS_00007561 other downstream 453393 11437891 ~ 11438187 (-) True XLOC_003952
TCONS_00007587 other upstream 185974 12096199 ~ 12104916 (-) False XLOC_003969
TCONS_00007590 other upstream 251433 12161658 ~ 12161955 (-) True XLOC_003971
TCONS_00007592 other upstream 257777 12168002 ~ 12168298 (-) True XLOC_003973
TCONS_00007593 other upstream 259136 12169361 ~ 12169654 (-) True XLOC_003974
TCONS_00007605 other upstream 310665 12220890 ~ 12221186 (-) True XLOC_003979

Expression Profile

//