XLOC_004099 (SYNPR)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004099
gene name SYNPR
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 19622925 ~ 19694334 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00007821
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>TCONS_00007822
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>TCONS_00007823
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Function

symbol description
synpr Predicted to be located in membrane and synaptic vesicle. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in synaptic vesicle membrane. Is expressed in epiphysis; female organism; forebrain; and male organism. Orthologous to human SYNPR (synaptoporin).

GO:

id name namespace
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GO:0008021 synaptic vesicle cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0017075 syntaxin-1 binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030616-625 Predicted to be located in membrane and synaptic vesicle. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in synaptic vesicle membrane. Is expressed in epiphysis; female organism; forebrain; and male organism. Orthologous to human SYNPR (synaptoporin).

Ensembl:

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RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TCONS_00007822 False 5641 mRNA 0.37 5 19622925 19650781
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_004115 CT573222.1 non-coding upstream 2058141 21752475 ~ 21752589 (-)
XLOC_004116 NA non-coding upstream 2199268 21893602 ~ 21906060 (-)
XLOC_004117 NA non-coding upstream 2395101 22089435 ~ 22094397 (-)

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