G387277


Basic Information

Item Value
gene id G387277
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047621.1
NCBI id CM018567.1
chromosome length 18889892
location 14870519 ~ 14877458 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU459030
tcaagtgtaatctataataataaaatattaaatgcagaGACTTTGTGTTGGTAAAAGCCAAAGATTTTTGGACCAAATTTCAACAACAGCAGTGCCAAAACACACCAGATTTACCACATCACCTGAGACTGGACAAGTCTGATCAAGCGTCCTATTTCTAGGCTAATTAAAACATCGATTTGGCCACTATTCCCAGAATCTACTCACTTTGGCAGAATATAACTCAAAATCAGGACTTCACCCAAGTGCTTTGTGTACTATCTGATCTATCCGATTTGAGCAACTCTTTTCCCCCATCAGTGCCGTTTATAGAAAATACtaaatacaattacaatttcagGGTACACTGATGCATAAATGAAATCCACCTGAACTGTGGTGCATATTCAACATCTCTGGAGACGTGAGTCTAGACACCATAAACCTTTAACACGCATGGCATGTATTGTTGATGCCAAAATATGCACAGGGTGACCTGTACGCTAGTTATTCTGCTATATACTAAATACAAGCCAGCAAACAAGTTGGACAGGATGAAGAAAATATCttggaagaggaaaaaaataggcTCCTCCCACTTTTGCTCATTCTGTTGTTAACCAATAACACCTACTAAGATCCACTATGATTCCATTAAAGTTCCACGTGTTACCATTTCTACTGCAGctgagcagaaagaaaaaaatctgctgaGTAAAGTGACCTTCCAGAACAACAGTTGCAGTTTCTCAATAAGTAATTATGTAAGTGTTTCTTACAAGTGCTTACGTTTTCTGGTTTTTGGATTTGAGAAACTGGCAAAATagacaggggtggacaaatcctaaatttattagctagacTACAAGCAAGTAAAAATTCCAACATGCTTGTTCAGGAAAGCCAGGCTTAAAAGCAACAGCTAAattaatcaaaaacaaaaattacatcGTCAAAGCCTTTATCCTATTCTTATTTGGCTAACTTTTTGGCTATAAGCTATGGTGTTCTCTTGCTAGGCTTGTGCGACCCTGATTTTTCTCCGCTCCCAATCTTCCATTTCAACAGATTATGCGTCAAAATCTTCGTTTTCCTTTTTCTACCAAGAATCGAAAGAGCCGTTTTAGACCATTTTCTGTGAAATTTCTAATCAATCTAAATAtagttaataaatgttaaatatatacttcTCTAATGTTAGCTTAGTCTAATATAcataaattgattttatttcatgttaatgaacttggATAGAAAGCGACAACGACCCCGCAAGTCGAAAGGGAAGGGCGTGGGGTTTCCAAGAGGTATCAGTTCATACTGGAGAGATCAAAAAACACCCGTACAAATCATTCCAGGTATTTTTAAAGTGATAACTCGTACAAGCATATTCCAATGTTAAATTTTTGCGATGTtaaatttgtgcaaaaaaataaatgagacaACTACGAAACCAATCAACAGCTATGTGTTGGCTGAtgtaacattaaaatacaataaaaagtgGTTGGTACCCATGGTATCCCGATTAATTCAGTGATCCCCGATCAAACAGATCTCATCTTACTATCAGCAGACGTGCAATCGAAGGATTTCGATCTTAACCAATGAGATCCACCCACAGATTCCCACTGAAAAATTGTAGGAGCTCAGAATGGCATGGCTAACTGCTTTGCCAACACATTACCCAACACTTTCCAATAAACCTGAGGTTTTCACATTAAGTATTCCCGCCACATGAACTTGGTCATTAAATCAGTTAAGTGTGCGTTCGCTATACACTGACCATGTCTTCTTGCCATGTTTAGAACACCTTTTTTCTAAAAGCCATCTGGTTAATGCAAAAGGCAGTGAGCTGAAACCAATTTTCCTGAATATGTTTTCCATGTTCGCCATATTCCCACAGATTTATAGATGCTAGCATGCTGGAGACTGTGAGTCACTGCAGCCTTGTATAAATATAGTTTCTGTTAAATACAGTGGAAGACAAGGACGATCCTCACATCATAATAAAGTACAGGAAATAAAAAGGTCCATTTCCACTAAGCAGCTTGGACAACTCAATTCATTAACCAAAATTTTGTTTAGGAGGTGTAGCTCTAATTTCTCTGAGAACATGCTCACACTGTGTAGTCTGACAAAAGCCAAACTTCATTTTCCATTAAgcaaatgtgatttaaaaaatatatataatcacaaTTCTCCAAGATAATTCTATGATAAAGTGATATGCATCATGATAtacaggtttgctaacaaactaccaacaatacagtagtgttgcataaaaaatataaacactcagctttacctctgtctgatactggagactcctttcattaaataaacatctccttcctgaaaatgtcaacaattacatgtttttctttgggTTAGATCATATGAAGCATCCagatgataatgtattagaacaagtgcattaatttaaacctgaaaTTGGTCTTGCacccagaactactgtcagtgcatctgttatagaaaattaaaccaacaccttctgactagtCAAGATCgagaattcatcagcactgtggtataaaaaactaataaaggAGCAGAGATTTAACTCTTGCTGtttccagtctttttttttttttgcaaaatgtaagcaaatttccAGGCTGAGTAAAATACACAGTAAAGCAAAAAGATGTCCCCATGCAAATAATCCCACTGTACTTATCACTTGTGTGAACAAGTCAAATTCGAAGCCAACGTTTGGGGGAAtggtatactctctctcccctgccaatcgtaggcatctgtgagctcatgtatgcggaagagggcagatagcactttcctttaAGTGTGTTAGGTTGTCCTGTAGCACAGCTGAAACCACTTATTCaaatacacacaactgaacaagCATGACTCACACCTGACTCGCACCTTACAAGACACAGGCTATCCTAACGGGCGTGGTCTGTCCAAGATGACTCCACCCCCTTCCACAAGGCACAAGAGTccctgaatggtttgatgaggatgaaaatcatgtaaaatcTATGCTATGGCTTTCACAAATCACCAGAactcaacccagttgaacaaTTATGGGAGGTTTTAGAAAGCATCTCCACCACCGCCATCGTTAAAACACCAACTTGTGGAAGAGTggtgttcatctctccagtacaATTCCATAGACTTGTCGAATCTGCCAAGCTGTTCTGGCAAcctgtgttgttttttcctttaatttgtcacctttTTGTGCTGATCCAGAAACAGCACTGCCAGTTCAATGCCTAAACACAATGACAACCACGAAAAACACAAATCTGACCTGAGGTCAGCACTCTATCTGCTCTGCAGCTCACTCATCAGCTTCTTCCGCTAGCCCGGGCATGACGCAGTCAGAGCAGGAAGCCATGCCAAGCTAAGGTTTGCTGCCAAGACAAGGATGGGAATACTTCTGCAGATTTACTGGCAGTTTCCATAGTGACGCAGCTGGAAGAGTCCGTGGGCTGAGCtccaaatccaaatccaaaaagCCAATCCGCTCCCTCCAAAAGCcatttcctccttcttcttAAAGAGGACTGTCGCACTGTCCTGTTCAGCCACTTGCTGTTGGAAGTCTAAGCAGCGGAGCACAGCTGTATATCTAATAGGCAGGATATTAACCCTGGGGTACAGTGTGTGGTTACTTATTAAGCGGATGTTAACACTCAGACAGACATTAACGCTGATGCAGTGTCTAAAACTCTGTGGATGACTAAACCTTTTGAACTGTGAGTTTTGTAAGTTCTGCATGAATAACTACTGATTTGCAATAAAAACGTCTGGACTTGTGGTTTCAGTCTGTAATTGAGAACAGTTGAACTTATTCTACTCTCAGTTTTAATGCTACTAGCTAAGACGGTTTGATTCTCAAGTAAAGGAAGCTATATTCTACCAAAATAAGCACATCACTTGTGTTTCCAAATGTGGAAAATGGAAGTGATTTTGTATTTGAACAGAACTGATACATCAGTGGCTAAGACAATGCTGCCAATTCTGTGGTATGACAGAACTAGGCAAaattaccagaaaaaaaaaaaaaagtaatgtaatgACTATTCCTGAAAACAATCATGGAAAAGATTCTCACACCAAATATTCCTTATTCACTTTAAAATATCCCCAATGCTGTGAATCACTGTTAGCTCTGCTTCAGTATTGTGTACTGCAGGACtactcttatttattttaaaaagtagtcAAATAGTCATGTTTTCCATAGTTATAGCAAAATCTGATTCAGGACATCACTATTATTTGGCTATTTTATTAGTGCATTCGTCACACCACACTTCACGTAACAGCCATACACAGGCgacaaattacatttccagcttcaatGCTTCTTTAGGTTAAACTGTTATCAAgggaatataaataaatcaacttaaTTATGTGCACAATAATAAATCTGTATATCATATTACTCTATTTAAAGATGTTCCAATCCTTCAAACACACCTGTTTGGATTATCTCTGCTGAAAAATTGATTCTGAAATGGAATGCACAACATGGAAGCTCGTGTCCATCAACAGAGCCATTCTTAAAGCTCCAGCCTTTtttggatggaggatgctctGTCAGGAGGTTTTTCCACCATATTCAACTCAGTAGCCTCAGTATCACCTGAAATCGAGGCTGGATTGGCCGCTGTCTGCTGGAATGCACACCTCTAAACCAGCTGAGAAGGATAAGATGGCGATGTGCAATCCATAGCACTGAACGCATGTTTTTTGGACAGTGCTGGTCACAACAGGTTATATGTGtataacatttgtgtgtgtgtgtgtgagagcgagtATTGCGTTTGCACATCTGCTGGTTCCTGCTAGAACCTGCTAAGCTTGactattaaaattaaatcagaaaCATAATTGCTGTGCAGATTTAATCCCCAGTGCAACATGCATCTGCTTCTTAATGCCAGTCAAACCAGAACTGATGAATTAACAACACtgctaatttttaattttaaaaaatagcattaGAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU459030 True 6890 lncRNA 0.38 2 14870519 14877458

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
derl2 derl2,LOC106567674 coding downstream 78660 14788860 ~ 14791859 (-)
rabep1 rabep1,LOC107664300 coding downstream 92830 14757702 ~ 14777689 (-)
vps37d vps37d,LOC108428528,LOC103041644 coding downstream 124896 14720013 ~ 14745623 (-)
prkrip1 prkrip1,LOC107600793 coding downstream 161214 14704887 ~ 14709305 (-)
upk3b NA coding downstream 168468 14694162 ~ 14702051 (-)
foxr1 foxr1 coding upstream 46882 14924340 ~ 14927859 (-)
zgc:194948 NA coding upstream 52032 14929490 ~ 14931720 (-)
pou2f3 pou2f3,LOC107691752,LOC107600771,LOC107712933,LOC107556425 coding upstream 60594 14938052 ~ 14947598 (-)
oafb LOC108260356 coding upstream 74965 14952423 ~ 14959553 (-)
LOC113531520 LOC108259736,LOC108427349,LOC107664292,LOC107556423,LOC107600796,LOC107712935 coding upstream 89124 14966582 ~ 14976662 (-)
G387048 NA non-coding downstream 530323 14339316 ~ 14340196 (-)
G386873 NA non-coding downstream 939821 13930487 ~ 13930698 (-)
G386868 NA non-coding downstream 953718 13911262 ~ 13916801 (-)
LOC113531684 NA non-coding downstream 955022 13915364 ~ 13915497 (-)
LOC117596230 NA non-coding downstream 993713 13876017 ~ 13876806 (-)
G387434 NA non-coding upstream 321148 15198606 ~ 15204665 (-)
LOC117596201 NA non-coding upstream 343322 15220780 ~ 15234734 (-)
G387465 NA non-coding upstream 404390 15281848 ~ 15282052 (-)
G387467 NA non-coding upstream 404996 15282454 ~ 15282756 (-)
G387469 NA non-coding upstream 417989 15295447 ~ 15297906 (-)
selenow1 LOC103044489 other downstream 1189994 13616122 ~ 13680525 (-)
garnl3 garnl3,LOC107700942 other downstream 1979224 12807201 ~ 12891295 (-)
LOC113531030 NA other downstream 3171975 11691234 ~ 11698544 (-)
map1b map1b,LOC107597920 other downstream 3242833 11546309 ~ 11627686 (-)
G384960 NA other downstream 3786578 11078712 ~ 11083941 (-)
ccdc84 ccdc84 other upstream 39204 14916662 ~ 14923390 (-)
nrgna NA other upstream 141435 15018893 ~ 15026869 (-)
gltpd2 LOC108260402 other upstream 1004880 15882338 ~ 15888059 (-)
LOC113531235 NA other upstream 1486036 16363494 ~ 16380787 (-)
fxyd2 NA other upstream 1880782 16758240 ~ 16763476 (-)

Expression


Co-expression Network