RNA id: TCONS_00003269


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003269
length 359
lncRNA type antisense_over
GC content 0.53
exon number 3
gene id XLOC_000871
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 58646685 ~ 58669075 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGGATATGATTTCCCAACAACCGTCTCCCAGCTGGTGTTGAAGAGGGCGGAGCCTGTGCTCAGAATGACACTCCCACTAGGCGGAGTCTGATTGCGCGTGACTGCAACCTCAGCATCTGCTCTTTCAGCTGAGGACAAATCAGACGCATGCTGTTCTCCACCGTATCCAGAAGAACACTCAGAGTCTCGCCATCACCGACGCTTCCCGCCGACAGCAGATCATCAGTGGAGATGAAGGTCTGCTGTAAATGTCCTGTGTTTGGTCACGGTGCACTGGTGATTTCTGATCATGTCGGGGGTTTTGGATACTCATTTCACACACACCACGGGACGCAGTTGACGCTTGCGGTGatgatgt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003268 lncRNA upstream 50918 58588220 ~ 58595767 (+) True XLOC_000865
TCONS_00003267 lncRNA upstream 58210 58586353 ~ 58588475 (+) False XLOC_000865
TCONS_00003266 lncRNA upstream 61553 58577919 ~ 58585132 (+) True XLOC_000864
TCONS_00003265 lncRNA upstream 116200 58526391 ~ 58530485 (+) True XLOC_000862
TCONS_00001323 lncRNA upstream 629321 58003615 ~ 58017364 (+) True XLOC_000829
TCONS_00002891 lncRNA downstream 108978 58778053 ~ 58782292 (+) True XLOC_000874
TCONS_00002892 lncRNA downstream 184095 58853170 ~ 58854124 (+) False XLOC_000876
TCONS_00003270 lncRNA downstream 184286 58853361 ~ 58854377 (+) False XLOC_000876
TCONS_00003271 lncRNA downstream 184289 58853364 ~ 58854377 (+) False XLOC_000876
TCONS_00003272 lncRNA downstream 184338 58853413 ~ 58854377 (+) False XLOC_000876
TCONS_00001373 mRNA upstream 14621 58628165 ~ 58632064 (+) True XLOC_000870
TCONS_00001372 mRNA upstream 24187 58620953 ~ 58622498 (+) True XLOC_000869
TCONS_00001369 mRNA upstream 27817 58613972 ~ 58618868 (+) False XLOC_000868
TCONS_00001370 mRNA upstream 28302 58614897 ~ 58618383 (+) False XLOC_000868
TCONS_00001371 mRNA upstream 28338 58614918 ~ 58618347 (+) True XLOC_000868
TCONS_00001374 mRNA downstream 8359 58677434 ~ 58681545 (+) True XLOC_000872
TCONS_00001375 mRNA downstream 66251 58735326 ~ 58744037 (+) True XLOC_000873
TCONS_00001376 mRNA downstream 171814 58840889 ~ 58850686 (+) True XLOC_000875
TCONS_00001377 mRNA downstream 252952 58922027 ~ 58935898 (+) True XLOC_000877
TCONS_00001378 mRNA downstream 308187 58977262 ~ 58979451 (+) True XLOC_000880
TCONS_00001335 other upstream 473096 58160151 ~ 58173589 (+) True XLOC_000837
TCONS_00001304 other upstream 1291652 57347898 ~ 57355033 (+) False XLOC_000813
TCONS_00001233 other upstream 3349434 55293625 ~ 55297251 (+) False XLOC_000739
TCONS_00001221 other upstream 3518106 55128465 ~ 55128579 (+) True XLOC_000733
TCONS_00001186 other upstream 4460529 54186039 ~ 54186156 (+) True XLOC_000710
TCONS_00001394 other downstream 462217 59131292 ~ 59131406 (+) True XLOC_000888

Expression Profile

//