RNA id: TCONS_00027080


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027080
length 783
lncRNA type antisense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_012707
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 16798755 ~ 16862419 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAACATCTTCACAATAAACGCAAATAATATCTTAAGACTACATGTACAGTATgtagatataaatatatgcacTTTTAACATACAGTATTTTCATAATATACATCTTTATACACATTCTTAATATACTACATAATATTAAAGTGAGTTATTGCACAGGTCCCGTAGCATAGCTAAATCAGTCTTCAAGTATGTGGATGTCCCCCAGGACAACAAAAAGTCTTCATAATTGGTCCCCCAAGGTAAATAGCTTTAAGTCGCGCAAAGTTCAGTCTTTCCTCTTCTTGCAATTCTCTCTGTCTTCTTCAATGAAAATGTGGGCTGGTAGAGTCCTGGGCAATTTCTTCATTCTCCAGCAGAGGGCGCATCAGTGCTGCAGAAGAGACAGAGAGTCAAGTCCCAAAGCGCCATTACAATGACAAGAATGCTAGACACATGCACAAATCATTGCCCACAAATTGCTTAGAACCCTTaagttttttaaaagtcatttttagcACTCCTTTTTTTCCACAACCATGACCCGAATCCTTCTCTGTCCAACCCATCAGGCAGAGGATGGAGAGAAGGATGCTCCAGTTGCTCCTTTGTGCCTGAAGGAAGTACACTAACGTTCAGCAAACGAAGTATCAGAAGTATCTCAGTAAACCAAGCCAATGTAAATCAAAGGCTTAGGACAAACCGCAGAGGTGTTCCCGTGTGGTTCCTTAATTCCCTTTGTGAGTGGATCGAACCCATGCCAGCTTTAGACGGCCTTCGTGGAAGATGCTCAATGGATGCTTGTGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027078 lncRNA upstream 483244 16310121 ~ 16315811 (+) True XLOC_012700
TCONS_00025361 lncRNA upstream 605258 16192118 ~ 16193797 (+) True XLOC_012698
TCONS_00025359 lncRNA upstream 660700 16133708 ~ 16138355 (+) True XLOC_012697
TCONS_00027077 lncRNA upstream 1342308 15453915 ~ 15456747 (+) True XLOC_012684
TCONS_00027076 lncRNA upstream 1346403 15449505 ~ 15452652 (+) True XLOC_012683
TCONS_00026886 lncRNA downstream 105397 16941462 ~ 16941847 (+) True XLOC_012709
TCONS_00027081 lncRNA downstream 150025 16986090 ~ 16988214 (+) False XLOC_012712
TCONS_00027082 lncRNA downstream 342428 17178493 ~ 17180077 (+) True XLOC_012716
TCONS_00027083 lncRNA downstream 637910 17473975 ~ 17483224 (+) True XLOC_012719
TCONS_00027084 lncRNA downstream 640310 17476375 ~ 17476883 (+) True XLOC_012720
TCONS_00025373 mRNA upstream 42911 16749091 ~ 16756144 (+) False XLOC_012706
TCONS_00025374 mRNA upstream 46193 16750080 ~ 16752862 (+) True XLOC_012706
TCONS_00025371 mRNA upstream 50379 16744307 ~ 16748676 (+) False XLOC_012705
TCONS_00025372 mRNA upstream 51667 16744313 ~ 16747388 (+) True XLOC_012705
TCONS_00025368 mRNA upstream 73968 16717764 ~ 16725087 (+) False XLOC_012703
TCONS_00025375 mRNA downstream 104375 16940440 ~ 16950781 (+) False XLOC_012708
TCONS_00025376 mRNA downstream 107846 16943911 ~ 16950543 (+) True XLOC_012708
TCONS_00025377 mRNA downstream 124901 16960966 ~ 16971684 (+) False XLOC_012710
TCONS_00025378 mRNA downstream 124906 16960971 ~ 16971684 (+) False XLOC_012710
TCONS_00025379 mRNA downstream 127816 16963881 ~ 16967042 (+) True XLOC_012710
TCONS_00025369 other upstream 77073 16721799 ~ 16721982 (+) True XLOC_012704
TCONS_00025367 other upstream 79865 16715951 ~ 16719190 (+) False XLOC_012703
TCONS_00025358 other upstream 658707 16133684 ~ 16140348 (+) False XLOC_012697
TCONS_00025343 other upstream 1086510 15712429 ~ 15712545 (+) True XLOC_012689
TCONS_00025333 other upstream 1802350 14989079 ~ 14996705 (+) True XLOC_012675
TCONS_00025380 other downstream 142563 16978628 ~ 16983066 (+) False XLOC_012711
TCONS_00025381 other downstream 142651 16978716 ~ 16983066 (+) False XLOC_012711
TCONS_00025382 other downstream 143500 16979565 ~ 16983066 (+) True XLOC_012711
TCONS_00025387 other downstream 236010 17072075 ~ 17074021 (+) True XLOC_012714
TCONS_00025397 other downstream 701246 17537311 ~ 17566512 (+) False XLOC_012723

Expression Profile

//