RNA id: TCONS_00033723


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033723
length 5362
lncRNA type antisense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_015978
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 56125003 ~ 56130443 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGAATGCATTGAATTAATTATTGAGATATAAATAATGATTGTTGTGCCAAAGGAGACCACACAATGGCGCAGTTGCACACACCCTCTAAGCATTGTTCAGCTTTGTCGTAGACTTTCAGGTTTGAATGTTGTACAGTTGAGATGCATAAACAAAATGAACACTAGATATCATTTAACAAGTGAACTGAACAGGTTTAATGTACACAACAGCACACTATAGGAACACACGGGACATGTGACAGGTGAAAAGTTTACATTTACATCacgacacacaaacatacatccAAAAGAGCATAAAATAAGACATCGTGTGAATAGCTGTTTATATAAAATAGATACAGACGTTGATTAATAAGAGCTCGTCGTCAGATAAGGCTTAAGCGAACATGCATGACATCTTTGTTGTGTTTGGTTGCGCTCGTCTGGAGCTTGTCTGGAGCATGCAAAAAATACAGCTGCTTCTCCCAGGAGATCAAACCGTGTAGCATCACTGCTTTCTTTTACGCGTCCGTTTGCTACAAAGTTTTGTAAACATATTATACATCAGCACCTGTAGTGTCCATTTCTGCAGTCCGTTGAGGAGAATAAATGGCCACTGGAAGGGTGAGATCAGTCTGTGAGCTTTACGCATCAGTAAATGGGTAGTTGACATGACAcacatcatcattatcatcatcacatCCATATACactgtcaatgaaataaattaattgattcaaCTTTTAAGCCAAGTACTGCACTGGACTTGAGatgagtcaactcaaaaacctctgcagcaagttgcctaaAATAAACGCAGTTTGACAAACTTGAGAATTGATTTATTTGAGTTGACGTTGCATaaaaatataagataaaaatgttcaaaaaagttgaaaatataagctgaaaatgtaaaaaatattagttctattacttgatttaaaaaaaaaaattcaacactaTTTTTTGGTTGACATTACTTGGAAAATATAAGTAGAAAATGTCAAACAAAAGTTcccattactttaaaaaattaagttgaaaattgaaaaacatttagttaatctttcttgaaaatgtaaatacattttttaaaaaaaaacaagttgacATTGCTTGAAAATATGAGTTGGACATGGAAAAAATTCAGTTGTATCTACATTGCAAATTAGAAAAAGTAGAGTTGACATTActtgaaaaaaagttaaaaattgaaaaaaaatctagttaACTCTActtgaaaatataaattaaaaaaattgagttCCCATTACTTAAAAATTTAAGTTgagaatttaaaaacatttagttgacATTACTTGAAAATGTTACAGATTGAGTtccaattactttaaaaaatgtaagtcgaaatttaaaaaaaaaatacttgacattacttgaaaatgtaaatagaaataaaaatgttttttttttaaagacattactTGAAAATATGAGttggaaactgaaaaaaaataagttaaggtTAATAAAAATCGACATTGCAAATAAATAATAGAGttcaacatatgctggataacttggcggtaaattccactgtggtgacctcggattaataaagggactaagccgaaaagaaaatgaattaattaatgtaagttgaacatttaaaacaattagttgacattacttaaaaattTAAGTTGAGAATTTAATAACATTTAGCTGACATTACTTGAAAATATGTTACAAGTTGAGTTCCAATTGCTTAAAAAATTTATGtcgaaaattgaaaaaaatgagTTGACATTACttgaaaatgtaaatagaaataaaaaaatttttttaaaagacattacTTGAAAATATGAGTTggaaactaaaaaaattaagttgacattaattaaaaatctacattgcaaataaaaatagagttcacattactttaaaatgtaagttgaaatttgaaaaaaaaattattgagttGATGTTACTTGAAAATATGTTCAAAATTGAAAAGAATCGAGTTGACATTACTTGAAAATATAAATTGAGAACTGCAAAACATTTAGTtgacattatttggaaaatataagtTCAAAATTGAAAAAATTACTCGACATTAGTTggaaaatgttgaaaatgtaaaaatttgaGTTGACCACTTAAAAATGTgagttgaaaatgaaaaaaaaaattgttgactacttgaaaataagtaaatttttggttgaaaagtaaaaaaaatgagttgacattaatttaaaatataaaataaattcaaagaatTGAGTTGACATTACTTGAAAACATGAGTTAAAAATTGAAAAACATTTAGCTAACATTACTTgagaaataaaagttaaatattgaaaaaattttGTTCCCATTATTTAAAAAACGCAAAttgaaaacttgaaaaaaaaatttgacgTTACTTGAAATTATAAACTGAAAATTgagtaaggcaacttgctgctcagcttttttgagttgacttgaaattttaagTTGAGAAACTTTTTTAACAGTTATAATATAATCTCTTTCTTAGGCTGCTGATTCAACACACTTCATCAGTTCTGCACTTGTATGCAACATAATATGCAATATGATCGTCTTTTATTACAGCGCTTCATATTGAGTAACTGACACTGTATAGCCAGGAATGTAGTTTGTTGCTGCTGTGCCAAAGAAAACAACCCCAGAAGAAGTCAGCTGAGAGCTGTCAACAACATAGCGATACATTGCAAGTGAGAGATTTAGTGAATTCACTGCTTACAAATACTGTCACCTGCTTGCATGATCAAATTAGTGTAACAGAGCTGCACTGTATATTtggagattaaaaaaaatattggtcAGCGCAGAGTTCATGTagtgctaaaaaaataatatacaataaaaaaaacatagtagGGACAGAATATTCTGTTTAAATTACATCAATTAACATTATAATGAATTAAAGTCAAAGCAGCACCACTGGAAATAGCTCAAAAAGAAACCAAAACCATACACAAACTGAAAGCAGACTCATACAAAGAGTGGACTTTCCCTTAATGTTTTTGGAAAACCTAAAAATTCAGTCATCATCTACTCATCCACGTGTTTCAatcctttttgagtttctttctcctgttgaacagagtataatatagaccatttcaatgtcgTAATGACCATgaatatttcctgcttgttgtcaaactatttcataactgtaacaagaggcaactaatcatatcttaatgttaaaacagcttacattatttatcaatatgtggacctttttgtaTTCTTGTAAGCTAAGAAAATTAATACTATAATTACGTTGgtactattgttattgtttacatccgtAAATATGGTCTGTACTGAAGAATGCTagcaaaaacagccattgacttccattgtatctTGTTGTTAcgactatggatgtcaatgtagggctgggtgatatggcaaaaatgcaatctcaataattatGTTCCATATTAATTGATGACGATATTTATTTCGATATGTTAAGGCTTCCATATTtgaaagagtaccccaacaataactgaagccacaaaaatagctattaaatgtcatttaattaaattattttgtaattttcggtgcatctctaatatcaacacacttttagattcccatcgTTGCACATTTCTActatgtgattggctcttagatcaatatagagttaaAAAGTTCAGAGCTTATCATTGCTATTGACATAAATGTTATCGCAAATCGATGTTAAATAGTTTATCAGCCCTGTGATAAtgtcaaagttttttttaattcagtttatttagaaGTTAGTATCAGTATAGTTCATTTTTAAGCTATCTTTAAACGAGTGGGCACCAAAATTCACGTTTAAGAGCTTTAAAACCGAATGAATTCATATAAAACTTGCAGTTTGTCGCCTAAATAGATCAACTgttttattcacatcacctcatactttccagcattcttcacaatatcttcttttgtgttcaacaggagaaataaAATCATAAGATTAACAACCACTAGTgttttttagtgaactatccctttaattggtGCTAAAGTATTCCACTAGTGCTTGCCAAATATGGGTTCACTTTAGTATGGCTAGTTTGGTTGGATGATGGCACGATGGTGAACTAATTCCAATATTTGTCCATTTGTACAATAAAAGTACAAGTGAAAGTAGTTTCAAAAGGAAACCGAAAGAGGAGGGAGCATTACTGCGCAACACACAGGCAGATTAATACACTTGAGGAGCGCTGCTTCTCTAATCAAACTGAGATATAAAAGTTCAGTCCAGCTTGATTAGTTGCTTGAATCTAAAATATGGCGCCAGACTGCGCTGCATCACTGCATAGTAACGAATTATCAAGTCAGGGACTACTTTTTGCAGCGGAATGACTGGTTTTTAAATTCAGTCTTCATTTTGTgactaaaaacaaactttttaatcAAAACCACAAGGTgctttcttgtaaaaaaaaatgtactaccTTAAAAGCCCCaagaaattaaaatacagttttttttagatgttagtatcagcaaagagcttagaatgaccaagaggcgacactcaatcaATTGAAACAGCAGCGCCCAAAAACAGCtccgccattttggaatgaaagcgGTCGGCTGCCTATTGGATCTCATTGCTGtcacgatggcaagcagctgctttgttttctatttgtttattttaaaagcgcattaaagctgagatacaacctgaaagacgacaatataACACTTACTATCACGattatcagcacttttaatagtttattttacagacttaagaTTATGTTGTTGTTCTATTGAAGTTTTccttccaaaatggccgccgcgccatctagtggctgtttcccaaattgctttagagtgtcgcctcttggtgattctatgctctttttTAACAGTAGAGTTCGTTTTTATGATATACAAGCTTGTGGACACCAAATTCGCGTTTAGGAGCTATAAAACCGAATATAAAGCTTGTAGTTGGTCACCAAAATGGAGcaacggttttattcacgtcacctcaaaATTCAGTTTCTCAACAAATCTTCCgaccaatcaaatactctctAGTATCTGGCAAGCCCCGCCACCTTCAGTCGCttcaaaacgctattggctgtttcataaaggggaggagctactcttgGTTCCTCTTTCTTCATGTTTCGCGTCAAACATCGTATAAAAAACGCAcacttcaaagcacttcacggggaCCTTTAACTCCTCGCGCGCTGTGGAAATGTGAATGTATCCAAACCCCAAACCTTAAAGTTTGTCAACCACCCAAACACTGACAGATCAAGGAGTTCTGCTGCGCCACCTGCTCCCTCAGCACGCTGGCGGTGGACGCGAGCTCCGTGTTCTGGCT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00031655 lncRNA upstream 134674 55982940 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00033722 lncRNA upstream 134674 55982949 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031656 lncRNA upstream 134674 55983985 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031657 lncRNA upstream 134681 55984621 ~ 55990322 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031653 lncRNA upstream 134705 55982940 ~ 55990298 (+) False XLOC_015976
TCONS_00033326 lncRNA downstream 41650 56172093 ~ 56172528 (+) True XLOC_015981
TCONS_00033327 lncRNA downstream 193891 56324334 ~ 56335388 (+) True XLOC_015983
TCONS_00033328 lncRNA downstream 199098 56329541 ~ 56331424 (+) True XLOC_015984
TCONS_00033726 lncRNA downstream 366691 56497134 ~ 56507389 (+) False XLOC_015987
TCONS_00033329 lncRNA downstream 452519 56582962 ~ 56583372 (+) True XLOC_015988
TCONS_00031659 mRNA upstream 83113 56012016 ~ 56041890 (+) False XLOC_015977
TCONS_00031660 mRNA upstream 84912 56012070 ~ 56040091 (+) True XLOC_015977
TCONS_00031652 mRNA upstream 134719 55982940 ~ 55990284 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031658 mRNA upstream 135310 55984788 ~ 55989693 (+) True XLOC_015976
TCONS_00031651 mRNA upstream 135315 55982300 ~ 55989688 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031661 mRNA downstream 9498 56139941 ~ 56162607 (+) False XLOC_015979
TCONS_00031664 mRNA downstream 38176 56168619 ~ 56237133 (+) False XLOC_015980
TCONS_00031663 mRNA downstream 38176 56168619 ~ 56237133 (+) False XLOC_015980
TCONS_00031665 mRNA downstream 83251 56213694 ~ 56235043 (+) True XLOC_015980
TCONS_00031666 mRNA downstream 135348 56265791 ~ 56283159 (+) True XLOC_015982
TCONS_00031635 other upstream 1338263 54755172 ~ 54786740 (+) False XLOC_015963
TCONS_00031622 other upstream 2438815 53686071 ~ 53686188 (+) True XLOC_015951
TCONS_00031613 other upstream 3985307 52122720 ~ 52139696 (+) True XLOC_015939
TCONS_00031589 other upstream 5233059 50862527 ~ 50891944 (+) False XLOC_015923
TCONS_00031582 other upstream 5534555 50590332 ~ 50590448 (+) True XLOC_015919
TCONS_00031662 other downstream 9529 56139972 ~ 56162604 (+) True XLOC_015979
TCONS_00031668 other downstream 332768 56463211 ~ 56476884 (+) True XLOC_015985
TCONS_00031669 other downstream 357225 56487668 ~ 56493661 (+) True XLOC_015986
TCONS_00031670 other downstream 367451 56497894 ~ 56507389 (+) True XLOC_015987
TCONS_00031672 other downstream 708238 56838681 ~ 56838799 (+) True XLOC_015991