RNA id: TCONS_00039171


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00039171
length 643
lncRNA type inter_gene
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_018923
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 24436266 ~ 24436985 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGAGCGGCAGATCTGCATCACTCCATCTTCTGCTTGTGGATGATAAGTGTCCGCTAGAGGAATGAACAGCACGGCCAGTGAATGTCTGCATGAGTTCTGCTCCGTGCTCCATCTGCAGCTCAGAGGAGGATTTCTGAGCACTCGCAGGCCTGATAAAGCAGAGAGTCTCCACGCTCACCCCACGGCCACAGCAGCAGACGTCTGTGAAGTTCAGGAGATGCGGAGCTCAACACGGCAGATGcagagacacacgcacacacatacacacacactagtgcTCTTTACTGTGCTGAAGCTGCTGCTGCTCCTGCACATGCACACTAAGATAAGTGACGCAAGGAGATTTTTAATGCAGAGTCGAACAATACAATGCATTCACAAGCTGTCCTGGATTCAGTAGGTTTGGGAAATGGAGCTACTTCTTCTGTAGATCATTTACCGACATATATTCtttgtgcttttgtttttaaattgcctGCCACCTTCTTATTTATCTGAATTTGGGACTGTTAACAAGTATGCTAGATGTTTAAGCTCATAAAGCCAGAAGTTTTTAAAGGAACCCACAACTCAGTAcaaggaaacactcatacactttcacacacacataccatgGACAGTTTGGACACACTTTGGACTTTGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00039169 lncRNA upstream 12075 24423332 ~ 24424191 (+) False XLOC_018922
TCONS_00039407 lncRNA upstream 1128021 23305526 ~ 23308245 (+) True XLOC_018918
TCONS_00039406 lncRNA upstream 1271958 23160137 ~ 23164308 (+) True XLOC_018917
TCONS_00039405 lncRNA upstream 1272062 23160137 ~ 23164204 (+) False XLOC_018917
TCONS_00039403 lncRNA upstream 1384719 23048537 ~ 23051547 (+) False XLOC_018914
TCONS_00039408 lncRNA downstream 19043 24456028 ~ 24501683 (+) False XLOC_018924
TCONS_00039409 lncRNA downstream 31190 24468175 ~ 24501683 (+) False XLOC_018924
TCONS_00039410 lncRNA downstream 31231 24468216 ~ 24494326 (+) True XLOC_018924
TCONS_00039411 lncRNA downstream 428164 24865149 ~ 24868912 (+) False XLOC_018929
TCONS_00039412 lncRNA downstream 428618 24865603 ~ 24868912 (+) True XLOC_018929
TCONS_00037594 mRNA upstream 23839 23953181 ~ 24412427 (+) False XLOC_018920
TCONS_00037593 mRNA upstream 23839 23953181 ~ 24412427 (+) False XLOC_018920
TCONS_00037592 mRNA upstream 23839 23953181 ~ 24412427 (+) False XLOC_018920
TCONS_00037596 mRNA upstream 23839 24287403 ~ 24412427 (+) True XLOC_018920
TCONS_00037590 mRNA upstream 1289715 23135395 ~ 23146551 (+) True XLOC_018916
TCONS_00037599 mRNA downstream 99248 24536233 ~ 24537058 (+) False XLOC_018925
TCONS_00037600 mRNA downstream 99272 24536257 ~ 24537061 (+) False XLOC_018925
TCONS_00037601 mRNA downstream 99280 24536265 ~ 24537061 (+) True XLOC_018925
TCONS_00037605 mRNA downstream 547985 24984970 ~ 25046991 (+) True XLOC_018930
TCONS_00037606 mRNA downstream 617435 25054420 ~ 25062590 (+) False XLOC_018931
TCONS_00037595 other upstream 199994 24236151 ~ 24236272 (+) True XLOC_018921
TCONS_00037591 other upstream 751430 23684720 ~ 23684836 (+) True XLOC_018919
TCONS_00037570 other upstream 1773702 22636887 ~ 22662564 (+) True XLOC_018904
TCONS_00037569 other upstream 1798857 22635414 ~ 22637409 (+) False XLOC_018904
TCONS_00037551 other upstream 2400089 22036061 ~ 22036177 (+) True XLOC_018892
TCONS_00037602 other downstream 110539 24547524 ~ 24547600 (+) True XLOC_018926
TCONS_00037603 other downstream 231236 24668221 ~ 24668337 (+) True XLOC_018927
TCONS_00037604 other downstream 312677 24749662 ~ 24749779 (+) True XLOC_018928
TCONS_00037613 other downstream 683582 25120567 ~ 25125462 (+) False XLOC_018933
TCONS_00037614 other downstream 696179 25133164 ~ 25171639 (+) True XLOC_018933

Expression Profile

//