RNA id: TCONS_00061809


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061809
length 360
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 3
gene id XLOC_030533
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 59605706 ~ 60222140 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGGCTACTATCTGAGAGTTCGACTGCTAAGTTTGTTGATGGAAACTGAAGCTCTCAAACGTTTTTAAGATAACTTTACCAGCGACGACAACATCATGAAAATCAGTATTTGTCTGGTTGAATAAGCAGAAAAGGTGTCATGTAAAACATGAAACAGCAACACACAGCTGCGACACAAACTGGAAACATTTGATGAAGGAGAAATCCTGAGTACGGACAACAGGTTTTAATCATCAGAGCAACTCATCATCAGCAACAACAACGAGCGCCGGAGAGCACGACACCTTCAGATGAGCTGCAGGGAATCTTGGCTGCATGTTTATTGAGATGTGACAGgtcttggatcccATCAATGTtgctg

Function

GO:

id name namespace
GO:0006898 receptor-mediated endocytosis biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00059612 lncRNA upstream 85179 59517959 ~ 59520951 (+) False XLOC_030531
TCONS_00061474 lncRNA upstream 116509 59489320 ~ 59489621 (+) True XLOC_030530
TCONS_00061807 lncRNA upstream 216243 59388293 ~ 59389887 (+) True XLOC_030528
TCONS_00059600 lncRNA upstream 403867 59115869 ~ 59202263 (+) True XLOC_030525
TCONS_00061473 lncRNA upstream 1184630 58417294 ~ 58421500 (+) True XLOC_030514
TCONS_00061810 lncRNA downstream 66560 59752812 ~ 60082738 (+) False XLOC_030533
TCONS_00061476 lncRNA downstream 89221 59775473 ~ 59786832 (+) False XLOC_030533
TCONS_00061812 lncRNA downstream 356111 60042363 ~ 60078512 (+) False XLOC_030533
TCONS_00061811 lncRNA downstream 356111 60042363 ~ 60078512 (+) False XLOC_030533
TCONS_00061813 lncRNA downstream 356111 60042363 ~ 60093413 (+) False XLOC_030533
TCONS_00059617 mRNA upstream 10533 59553732 ~ 59595597 (+) True XLOC_030532
TCONS_00059615 mRNA upstream 10540 59553636 ~ 59595590 (+) False XLOC_030532
TCONS_00059616 mRNA upstream 10540 59553679 ~ 59595590 (+) False XLOC_030532
TCONS_00059614 mRNA upstream 12593 59553636 ~ 59593537 (+) False XLOC_030532
TCONS_00059613 mRNA upstream 68869 59534286 ~ 59537261 (+) True XLOC_030531
TCONS_00059622 mRNA downstream 832359 60518611 ~ 60684971 (+) False XLOC_030537
TCONS_00059621 mRNA downstream 832359 60518611 ~ 60684971 (+) False XLOC_030537
TCONS_00059623 mRNA downstream 904544 60590796 ~ 60687619 (+) True XLOC_030537
TCONS_00059625 mRNA downstream 1161571 60847823 ~ 60873092 (+) True XLOC_030541
TCONS_00059626 mRNA downstream 1199851 60886103 ~ 60906496 (+) True XLOC_030542
TCONS_00059609 other upstream 126301 59436500 ~ 59479829 (+) False XLOC_030529
TCONS_00059581 other upstream 1223484 58372223 ~ 58382646 (+) True XLOC_030512
TCONS_00059579 other upstream 1393846 58212161 ~ 58212284 (+) True XLOC_030511
TCONS_00059578 other upstream 1568244 58037772 ~ 58037886 (+) True XLOC_030510
TCONS_00059556 other upstream 3300319 56290135 ~ 56305811 (+) True XLOC_030492
TCONS_00059620 other downstream 68892 59755144 ~ 59755261 (+) True XLOC_030535
TCONS_00059624 other downstream 1089629 60775881 ~ 60775998 (+) True XLOC_030540
TCONS_00059631 other downstream 1573700 61259952 ~ 61260067 (+) True XLOC_030544
TCONS_00059636 other downstream 1665116 61351368 ~ 61351501 (+) False XLOC_030545
TCONS_00059637 other downstream 1665668 61351920 ~ 61351995 (+) False XLOC_030545

Expression Profile

//