RNA id: TCONS_00073180


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00073180
length 708
RNA type mRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_037176
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 27379014 ~ 27379739 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGTCAAACCCCTCCATGGAAGATTTGCGGTGCTTGACTGACGATGAAGTTGACCACCTTAACTTTATCAGCTATGCCAAGGAGAACTGCTCAATTGACCTTGACTTTGTGTTCTTCTCCTGTTCTTCTGTGTTTTTGTGCATCTTTATTGTTGTAGTATTGATGTATAAGTTTGTTGGCCAGTACTTCAAGCCGTTCTATCACATCGCCAGTGGATGGTTTCGAGAGGCTTTGCGTATGAAGGAGAAACAGCAGTACCGCTATGATGCTTTCGTGTCTTACAGCGGTAAGGATGAGCACTGGGTCATAGAGGAACTTCTTCCAAACTTAGAGCAGCGCGGGCCTCCATTTTTGCGCCTCTGTCTGCACAGTCGGGACTTTCAGTTGGGACACGACATTGTGGAAAACATCACAGACAGCATCTACGCAAGTCGCCGGACTCTTTGTCTCGTCAGTCGCAACTACCTCAATAGCAACTGGTGCTCAGTGGAGATGCAGCTGGCCACCTACCGGCTCCAGGTAGAACACAGAGACATTCTTATCCTGGTCTTCCTAGAAACCATTCCATCTCGCTTGCTTTCCTCCCATCACAGACTGGCCCGGCTGGTAAAAACCAGGACCTATCTGGACTGGCCACAGGAGCCGGAGATGCATGAGGCATTCTGGGACAGGTTGTGGTGTAAACTGAGCTCTAATAAAGCCAAATAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000167366

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075127 lncRNA upstream 29677 27348630 ~ 27349337 (+) False XLOC_037173
TCONS_00074907 lncRNA upstream 55299 27314951 ~ 27323715 (+) True XLOC_037170
TCONS_00074906 lncRNA upstream 77449 27300664 ~ 27301565 (+) True XLOC_037169
TCONS_00075126 lncRNA upstream 153880 27182702 ~ 27225134 (+) True XLOC_037167
TCONS_00074905 lncRNA upstream 375698 26968430 ~ 27003316 (+) False XLOC_037167
TCONS_00075128 lncRNA downstream 31610 27411331 ~ 27416223 (+) False XLOC_037177
TCONS_00075129 lncRNA downstream 31894 27411615 ~ 27416223 (+) True XLOC_037177
TCONS_00075130 lncRNA downstream 427806 27807527 ~ 27811141 (+) True XLOC_037181
TCONS_00074908 lncRNA downstream 748977 28128698 ~ 28130735 (+) False XLOC_037187
TCONS_00074909 lncRNA downstream 749386 28129107 ~ 28130735 (+) True XLOC_037187
TCONS_00073179 mRNA upstream 7135 27371240 ~ 27371879 (+) True XLOC_037175
TCONS_00073178 mRNA upstream 23681 27354653 ~ 27355333 (+) True XLOC_037174
TCONS_00073176 mRNA upstream 23733 27352298 ~ 27355281 (+) False XLOC_037174
TCONS_00073177 mRNA upstream 23733 27354414 ~ 27355281 (+) False XLOC_037174
TCONS_00073175 mRNA upstream 29653 27348809 ~ 27349361 (+) True XLOC_037173
TCONS_00073182 mRNA downstream 31781 27411502 ~ 27416612 (+) False XLOC_037177
TCONS_00073184 mRNA downstream 340707 27720428 ~ 27734078 (+) True XLOC_037178
TCONS_00073185 mRNA downstream 370769 27750490 ~ 27776997 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073186 mRNA downstream 370769 27750490 ~ 27790405 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073187 mRNA downstream 370808 27750529 ~ 27763333 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073172 other upstream 96578 27282322 ~ 27282436 (+) True XLOC_037168
TCONS_00073169 other upstream 681709 26694869 ~ 26697305 (+) True XLOC_037166
TCONS_00073166 other upstream 874562 26199659 ~ 26504452 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073165 other upstream 967636 26199624 ~ 26411378 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073164 other upstream 1085425 26199624 ~ 26293589 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073183 other downstream 340546 27720267 ~ 27733587 (+) False XLOC_037178
TCONS_00073189 other downstream 402783 27782504 ~ 27787376 (+) True XLOC_037180
TCONS_00073190 other downstream 438204 27817925 ~ 27822574 (+) True XLOC_037182
TCONS_00073191 other downstream 454724 27834445 ~ 27844628 (+) True XLOC_037183
TCONS_00073192 other downstream 457341 27837062 ~ 27838013 (+) False XLOC_037184