RNA id: TCONS_00075127


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075127
length 708
lncRNA type sense_over
GC content 0.47
exon number 1
gene id XLOC_037173
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 27348630 ~ 27349361 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGTCAAACCCCAGCATGCAAAATTTGCAGTGTTTTATTGGTAATGAATTTGACCAACTCAACTTTGTCAGCTATGTCAAGGAGAACTGCTTATTTGACCTTGACTTTGTGTTGTTCACCAGCACTTCTGTGTTTTTGTGCATCTTTATTGTTGTGGTCCTGATGTATAATTTTGTTGGCCAGTACTTAAAGCCATTCTATCACATCGCCAATGGATGGTTTCGAGAGGCTTTGCGTATGAAGGAGAAACAGCAGTACCGCTATGATGCTTTCGTGTCTTACAGCGGTAAGGATGAGCACTGGGTCATAGAGGAACTTCTTCCAAACTTAGAGCAGCGCGGGCCTCCATTTCTGCGTCTCTGTCTGCACAGTCGGGACTTTCAGTTGGGACACGACATTGTGGAAAACATCACAGACAGCATCTATGCAAGTCGCCGAACTCTTTGTCTCGTCAGTCGCAACTACCTCAATAGCAACTGGTGCTCACTGGAGATGCAGCTGGCCACCTACCGGCTCCAGGTAGAACACAGAGACATTCTTATCCTGGTCTTCCTAGAAACCATTCCATCTTGCCTGCTTTCCTCTCATCATAGACTGGCCCGGCTGGTAAAAACTAGGACCTATCTGGACTGTCCACAGGAGCCGGAGATGCATGATGCATTCTGGGACAGGTTGTGGTGTAAACTGAGCTCTAATAAAGCCAACTAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00074907 lncRNA upstream 24915 27314951 ~ 27323715 (+) True XLOC_037170
TCONS_00074906 lncRNA upstream 47065 27300664 ~ 27301565 (+) True XLOC_037169
TCONS_00075126 lncRNA upstream 123496 27182702 ~ 27225134 (+) True XLOC_037167
TCONS_00075125 lncRNA upstream 165441 26896788 ~ 27183189 (+) False XLOC_037167
TCONS_00075128 lncRNA downstream 61994 27411331 ~ 27416223 (+) False XLOC_037177
TCONS_00075129 lncRNA downstream 62278 27411615 ~ 27416223 (+) True XLOC_037177
TCONS_00075130 lncRNA downstream 458190 27807527 ~ 27811141 (+) True XLOC_037181
TCONS_00074908 lncRNA downstream 779361 28128698 ~ 28130735 (+) False XLOC_037187
TCONS_00074909 lncRNA downstream 779770 28129107 ~ 28130735 (+) True XLOC_037187
TCONS_00073174 mRNA upstream 3947 27339505 ~ 27344683 (+) True XLOC_037172
TCONS_00073173 mRNA upstream 11445 27329640 ~ 27337185 (+) True XLOC_037171
TCONS_00073167 mRNA upstream 1055029 26199674 ~ 26293601 (+) True XLOC_037163
TCONS_00073161 mRNA upstream 1221325 26103814 ~ 26127305 (+) False XLOC_037161
TCONS_00073159 mRNA upstream 1252004 26086135 ~ 26096626 (+) False XLOC_037160
TCONS_00073176 mRNA downstream 2961 27352298 ~ 27355281 (+) False XLOC_037174
TCONS_00073177 mRNA downstream 5077 27354414 ~ 27355281 (+) False XLOC_037174
TCONS_00073178 mRNA downstream 5316 27354653 ~ 27355333 (+) True XLOC_037174
TCONS_00073179 mRNA downstream 21903 27371240 ~ 27371879 (+) True XLOC_037175
TCONS_00073180 mRNA downstream 29677 27379014 ~ 27379721 (+) False XLOC_037176
TCONS_00073172 other upstream 66194 27282322 ~ 27282436 (+) True XLOC_037168
TCONS_00073169 other upstream 651325 26694869 ~ 26697305 (+) True XLOC_037166
TCONS_00073166 other upstream 844178 26199659 ~ 26504452 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073165 other upstream 937252 26199624 ~ 26411378 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073164 other upstream 1055041 26199624 ~ 26293589 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073183 other downstream 370930 27720267 ~ 27733587 (+) False XLOC_037178
TCONS_00073189 other downstream 433167 27782504 ~ 27787376 (+) True XLOC_037180
TCONS_00073190 other downstream 468588 27817925 ~ 27822574 (+) True XLOC_037182
TCONS_00073191 other downstream 485108 27834445 ~ 27844628 (+) True XLOC_037183
TCONS_00073192 other downstream 487725 27837062 ~ 27838013 (+) False XLOC_037184

Expression Profile

//