RNA id: TCONS_00073190


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00073190
length 638
RNA type unprocessed_pseudogene
GC content 0.47
exon number 4
gene id XLOC_037182
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 27817925 ~ 27822574 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTGCTGTGCTTTCCAACATGAAAAGTACCTTTATTTGGGGATGAAGTTCATGCCAGGTGGAGATCTGGTGCATCTGACCAGCAACTATGACATCCCAGAGGAATGGGCTCAATTCTATACGGCAGAAGTGGTGCTGACACTTGACGCCATCCATTCTCTGGGCTTCATCCACAGAGACATCAAACCAGACAACATGCTGCTGGACCGCAATGGACACCTCAAACTTGCAGACTTTGGCACATGCATGAAGATGGACTCGACTGGTATGGTACTCTGTGAACACTGCTGTTGGGACACCTGATTACATTTCTCCAGAGGTTTTAATGTCTCAAGAAGGGACTGGTTATTACGGTCGTGAGTGTGACTGGTGGTCTGTTGGTGTTTTCATTTATGAGCTTCTAGTGGGCGACACTCCATTTCATTCCGAGTCTCTGGTGGGCACATATGGAAAGATCATGGATCacaagaacatcttaactttCCCAGATGATATTGAAATGTCAAAGGATGGCAAAGACCTCATCTGTGGCTTTCTGAGTAGCAAGGAGGTGAGGCTTGGCCGGACTGGAGTGGATGAAATAAAATGTCACCCCTTCTTCAAGAACGATCAGTGGACCTTCGACACCATATGAGACA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000184324

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075130 lncRNA upstream 6784 27807527 ~ 27811141 (+) True XLOC_037181
TCONS_00075128 lncRNA upstream 401702 27411331 ~ 27416223 (+) False XLOC_037177
TCONS_00075129 lncRNA upstream 401702 27411615 ~ 27416223 (+) True XLOC_037177
TCONS_00075127 lncRNA upstream 468588 27348630 ~ 27349337 (+) False XLOC_037173
TCONS_00074907 lncRNA upstream 494210 27314951 ~ 27323715 (+) True XLOC_037170
TCONS_00074908 lncRNA downstream 306124 28128698 ~ 28130735 (+) False XLOC_037187
TCONS_00074909 lncRNA downstream 306533 28129107 ~ 28130735 (+) True XLOC_037187
TCONS_00073202 lncRNA downstream 421050 28243624 ~ 28248981 (+) True XLOC_037190
TCONS_00075131 lncRNA downstream 518537 28341111 ~ 28344611 (+) True XLOC_037191
TCONS_00073203 lncRNA downstream 576750 28399324 ~ 28403146 (+) True XLOC_037192
TCONS_00073186 mRNA upstream 27520 27750490 ~ 27790405 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073185 mRNA upstream 40928 27750490 ~ 27776997 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073187 mRNA upstream 54592 27750529 ~ 27763333 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073188 mRNA upstream 59474 27750538 ~ 27758451 (+) True XLOC_037179
TCONS_00073184 mRNA upstream 83847 27720428 ~ 27734078 (+) True XLOC_037178
TCONS_00073195 mRNA downstream 53572 27876146 ~ 27901606 (+) True XLOC_037185
TCONS_00073197 mRNA downstream 281161 28103735 ~ 28129476 (+) False XLOC_037187
TCONS_00073198 mRNA downstream 293505 28116079 ~ 28128024 (+) False XLOC_037187
TCONS_00073199 mRNA downstream 317515 28140089 ~ 28208549 (+) False XLOC_037188
TCONS_00073200 mRNA downstream 327701 28150275 ~ 28208549 (+) True XLOC_037188
TCONS_00073189 other upstream 30549 27782504 ~ 27787376 (+) True XLOC_037180
TCONS_00073183 other upstream 84338 27720267 ~ 27733587 (+) False XLOC_037178
TCONS_00073172 other upstream 535489 27282322 ~ 27282436 (+) True XLOC_037168
TCONS_00073169 other upstream 1120620 26694869 ~ 26697305 (+) True XLOC_037166
TCONS_00073166 other upstream 1313473 26199659 ~ 26504452 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073191 other downstream 11871 27834445 ~ 27844628 (+) True XLOC_037183
TCONS_00073192 other downstream 14488 27837062 ~ 27838013 (+) False XLOC_037184
TCONS_00073193 other downstream 14829 27837403 ~ 27840540 (+) False XLOC_037184
TCONS_00073194 other downstream 15212 27837786 ~ 27840540 (+) True XLOC_037184
TCONS_00073196 other downstream 115728 27938302 ~ 27938418 (+) True XLOC_037186

Expression Profile

//