RNA id: TCONS_00073182


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00073182
length 429
RNA type mRNA
GC content 0.49
exon number 3
gene id XLOC_037177
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 27411331 ~ 27416612 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTATTTGGTTGAGCGTAACGGATCTGTCAGTCACAATGTGCATATTATCAGCTACAAACATGACAAAAGGTGTTGTTACTAAAGTGAAGCTGTGGCGACCGCTGTCTTTCATTGAAGAGAACCCAGCAACAATGACGGTATCAGAGGACCAGGTGTTGGGGTGGAGGGAACTACAGACCTACAGAACTTCAGTCAGAATATCAGACACGGTACCATCTTTAAACAGGGCGATGCGAGCTCGAGCCAAATCCCCAACCACTCCGCCTGCTGCCGCCTTCATGCCCTCTATACCACCTTGTCCTGGGATGTGCTGTGCCAGGCTGCGTGATGCCTTACCCGCCGATGCCTCGCCAACTATTTAACAAGAGAAAGCCAAATGCATCAGAATCGGAAAGAAAGGTAATTTGATTGACTTTGAAGgtgccatgg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko03070 Bacterial secretion system
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070912-421 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000143994

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075127 lncRNA upstream 62165 27348630 ~ 27349337 (+) False XLOC_037173
TCONS_00074907 lncRNA upstream 87787 27314951 ~ 27323715 (+) True XLOC_037170
TCONS_00074906 lncRNA upstream 109937 27300664 ~ 27301565 (+) True XLOC_037169
TCONS_00075126 lncRNA upstream 186368 27182702 ~ 27225134 (+) True XLOC_037167
TCONS_00074905 lncRNA upstream 408186 26968430 ~ 27003316 (+) False XLOC_037167
TCONS_00075130 lncRNA downstream 390915 27807527 ~ 27811141 (+) True XLOC_037181
TCONS_00074908 lncRNA downstream 712086 28128698 ~ 28130735 (+) False XLOC_037187
TCONS_00074909 lncRNA downstream 712495 28129107 ~ 28130735 (+) True XLOC_037187
TCONS_00073202 lncRNA downstream 827012 28243624 ~ 28248981 (+) True XLOC_037190
TCONS_00075131 lncRNA downstream 924499 28341111 ~ 28344611 (+) True XLOC_037191
TCONS_00073181 mRNA upstream 31763 27379193 ~ 27379739 (+) True XLOC_037176
TCONS_00073180 mRNA upstream 31781 27379014 ~ 27379721 (+) False XLOC_037176
TCONS_00073179 mRNA upstream 39623 27371240 ~ 27371879 (+) True XLOC_037175
TCONS_00073178 mRNA upstream 56169 27354653 ~ 27355333 (+) True XLOC_037174
TCONS_00073176 mRNA upstream 56221 27352298 ~ 27355281 (+) False XLOC_037174
TCONS_00073184 mRNA downstream 303816 27720428 ~ 27734078 (+) True XLOC_037178
TCONS_00073185 mRNA downstream 333878 27750490 ~ 27776997 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073186 mRNA downstream 333878 27750490 ~ 27790405 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073187 mRNA downstream 333917 27750529 ~ 27763333 (+) False XLOC_037179
TCONS_00073188 mRNA downstream 333926 27750538 ~ 27758451 (+) True XLOC_037179
TCONS_00073172 other upstream 129066 27282322 ~ 27282436 (+) True XLOC_037168
TCONS_00073169 other upstream 714197 26694869 ~ 26697305 (+) True XLOC_037166
TCONS_00073166 other upstream 907050 26199659 ~ 26504452 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073165 other upstream 1000124 26199624 ~ 26411378 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073164 other upstream 1117913 26199624 ~ 26293589 (+) False XLOC_037163
TCONS_00073183 other downstream 303655 27720267 ~ 27733587 (+) False XLOC_037178
TCONS_00073189 other downstream 365892 27782504 ~ 27787376 (+) True XLOC_037180
TCONS_00073190 other downstream 401313 27817925 ~ 27822574 (+) True XLOC_037182
TCONS_00073191 other downstream 417833 27834445 ~ 27844628 (+) True XLOC_037183
TCONS_00073192 other downstream 420450 27837062 ~ 27838013 (+) False XLOC_037184

Expression Profile

//