RNA id: TCONS_00075303


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075303
length 326
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 3
gene id XLOC_037677
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 12076843 ~ 12171785 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACGTGTACGGTGACGTTCTTTCTTGcattgcatgttttatttttctcacAGTACTCTGGTTTATATATTAGTTGTTTTTATACTGAGTATGCGTCGCTGTGTTCATGATACTAAACTGATAGGATTTTTGGATTATTCGCTTGGATTAGACAACACACCTTATTTTATGGACATCTTCAAGTGTAAAGAAGCCACACGTCGTGTAGagaagAGCATGTGGGCAGGAGTCTGATGAAACATGGTTCTACAAGAGACATAAAGCAATGCAAAATCAAGtCTTGGCAAACTGACATCAGCACAACATTCAAGAGGGTGTGTGGACAATT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00073979 lncRNA downstream 221538 11822379 ~ 11855305 (-) False XLOC_037675
TCONS_00075301 lncRNA downstream 221550 11822379 ~ 11855293 (-) False XLOC_037675
TCONS_00073976 lncRNA downstream 421812 11645229 ~ 11655031 (-) True XLOC_037673
TCONS_00075300 lncRNA downstream 477899 11595987 ~ 11598944 (-) False XLOC_037673
TCONS_00075299 lncRNA downstream 504489 11571312 ~ 11572354 (-) False XLOC_037671
TCONS_00075305 lncRNA upstream 180370 12352152 ~ 12401798 (-) True XLOC_037678
TCONS_00074001 lncRNA upstream 418174 12589956 ~ 12594777 (-) True XLOC_037682
TCONS_00074006 lncRNA upstream 483523 12655305 ~ 12656425 (-) True XLOC_037685
TCONS_00074010 lncRNA upstream 555404 12727186 ~ 12736053 (-) False XLOC_037686
TCONS_00075306 lncRNA upstream 718116 12889898 ~ 12902782 (-) False XLOC_037688
TCONS_00073980 mRNA downstream 42399 11906770 ~ 12034444 (-) True XLOC_037676
TCONS_00073977 mRNA downstream 400352 11664797 ~ 11676491 (-) True XLOC_037674
TCONS_00073975 mRNA downstream 421812 11597500 ~ 11655031 (-) False XLOC_037673
TCONS_00073974 mRNA downstream 489773 11576502 ~ 11587070 (-) True XLOC_037672
TCONS_00073970 mRNA downstream 516411 11554405 ~ 11560432 (-) False XLOC_037670
TCONS_00073981 mRNA upstream 87687 12259469 ~ 12269966 (-) False XLOC_037678
TCONS_00073982 mRNA upstream 89534 12261316 ~ 12401871 (-) False XLOC_037678
TCONS_00073983 mRNA upstream 90920 12262702 ~ 12269980 (-) False XLOC_037678
TCONS_00073984 mRNA upstream 93767 12265549 ~ 12269847 (-) False XLOC_037678
TCONS_00073985 mRNA upstream 93923 12265705 ~ 12269905 (-) False XLOC_037678
TCONS_00073978 other downstream 221538 11822379 ~ 11855305 (-) True XLOC_037675
TCONS_00073973 other downstream 504788 11571973 ~ 11572055 (-) True XLOC_037671
TCONS_00073967 other downstream 525139 11551604 ~ 11551704 (-) True XLOC_037669
TCONS_00073965 other downstream 526446 11548772 ~ 11550397 (-) False XLOC_037669
TCONS_00073961 other downstream 1230294 10845918 ~ 10846549 (-) True XLOC_037667
TCONS_00073998 other upstream 410484 12582266 ~ 12594717 (-) False XLOC_037682
TCONS_00073999 other upstream 412861 12584643 ~ 12594723 (-) False XLOC_037682
TCONS_00074000 other upstream 413121 12584903 ~ 12594705 (-) False XLOC_037682
TCONS_00074018 other upstream 713970 12885752 ~ 12887858 (-) True XLOC_037687
TCONS_00074026 other upstream 1667960 13839742 ~ 13853399 (-) True XLOC_037696