RNA id: TU454980


Basic Information

Item Value
RNA id TU454980
length 10306
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 3
gene id LOC113531288
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047621.1
NCBI id CM018567.1
chromosome length 18889892
location 8919410 ~ 9008686 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_004577426.1 lncRNA downstream 165844 8814661 ~ 8832279 (-) True LOC117596239
TU454810 lncRNA downstream 221550 8776251 ~ 8776573 (-) True G383629
TU454705 lncRNA downstream 447589 8549013 ~ 8550534 (-) True G383538
TU454706 lncRNA downstream 447701 8549013 ~ 8550422 (-) False G383538
TU454701 lncRNA downstream 450659 8547182 ~ 8547464 (-) True G383537
TU455035 lncRNA upstream 65107 9073752 ~ 9074351 (-) False f11r.1
TU455050 lncRNA upstream 87040 9095685 ~ 9097398 (-) True G383841
TU455110 lncRNA upstream 163193 9171838 ~ 9172118 (-) True G383893
TU455244 lncRNA upstream 178006 9186651 ~ 9186880 (-) True G384007
TU455245 lncRNA upstream 180340 9188985 ~ 9189524 (-) True G384008
XM_026921505.2 mRNA downstream 158378 8837678 ~ 8839745 (-) True timm8b
XM_026922045.2 mRNA downstream 222881 8755639 ~ 8775242 (-) True adamts15a
XM_026922077.2 mRNA downstream 407596 8580097 ~ 8590527 (-) True c27h11orf53
XM_034300907.1 mRNA upstream 12070 9020715 ~ 9070259 (-) True ubash3ba
XM_026922452.2 mRNA upstream 65119 9073764 ~ 9084084 (-) True f11r.1
XM_026922306.2 mRNA upstream 81082 9089727 ~ 9101289 (-) False usf1l
XM_026922307.2 mRNA upstream 81082 9089727 ~ 9101276 (-) True usf1l
XM_034300489.1 mRNA upstream 96931 9105576 ~ 9108781 (-) True thy1
TU454858 other downstream 158359 8837725 ~ 8839764 (-) False timm8b
TU454856 other downstream 158389 8837679 ~ 8839734 (-) False timm8b
TU454857 other downstream 158389 8837725 ~ 8839734 (-) False timm8b
TU454625 other downstream 531111 8466359 ~ 8467012 (-) True G383467
XR_003403254.2 other downstream 649854 8338508 ~ 8348269 (-) False pdzd3b
TU455042 other upstream 28221 9036866 ~ 9070250 (-) False ubash3ba
XR_004577369.1 other upstream 232071 9240716 ~ 9255445 (-) True LOC113531664
XR_004577368.1 other upstream 232071 9240716 ~ 9255175 (-) False LOC113531664
XR_003403282.1 other upstream 673962 9682607 ~ 9682733 (-) True LOC113531680
XR_003403284.2 other upstream 674336 9682981 ~ 9683105 (-) True LOC113531682

Expression Profile