RNA id: TU456388


Basic Information

Item Value
RNA id TU456388
length 10487
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id G384962
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047621.1
NCBI id CM018567.1
chromosome length 18889892
location 11062540 ~ 11073165 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

ACAACTCCAATCATATGTTACTCCAGCCCCAACTTTTTTAGCCTGGAGCTTGCTGTTTTTAGGTCACTGGGCCATTCAGTTAGGTCATTGGGCCAATTCTTACCCTAACCGTCCTGCTAATTATCGTGCTTGAGGATGAGGGAGAGGGCTGGGACATGGCCGCAGTGTACTGAATTTTCAGGTTCCTCCCATACATTTCTATAGCCACTCCCCAAACAGCAGGCTTTGCCTCCTACCCCTCCTCTGGTTGACACCTTCTCTACTGTTAAGATGATCCGTCTTAGTGTTCCCTATAGCGGTGAAATGGTCAAATTGCAGCAACATATTTCAGCTTTAGAGAATAATTATCATCCTCCTGCATGGTCAGGAGGATGGTAATTATTGACTGGTTTTGGCCTCCGTAGAGACAGACCAAACAGATTGCTGTTCATTCCTAAGAGCTACTGTTGGAGACCACAGTGGCAGTGATTGTTTAGTGGATACTGGTATGGACTTTCTGTTACAACTCTTCCTTTACCTATCACTTCACAGTCTTATACTCTTTTGGGCATGTCTAGTGAGAATCAATTTTCTTTGTCACAACCTGTGCCCATCCAGTTTGAGGGCTGTGAATCTGTTACGTGGACTCAATTTTGGGTTGGTAATAATCAGGTTGGGTTGGTAATAATCAGGTTGCCCTGTTTGGCATGGATATTTTGAGTAAATTTACTTCTCTCTGATAACTGTACTGcatctagattttttttctacacctATTCCTATTCGCCATCTGGGAGACCACTGTGTTGCGGCTTCTACTTTGCATGATCAAACAGCACTGACCAGCCTTTGCTagcttattttataaatttgtttCCTGAAATATGGTCATCAGAGAAACTAGATGAAAGTCTTCGTAAAATTGACACAACTGCTATTCCTTGTTTTGGAACATCAGCAGTGTACCTGGACTCAACATTTTCCAGGGTGTTGTGGCCAAGATTTTAGCGCCTGTAATTTCTGTGTTCCCGTTCAGTTTTGGTTCAATATTGTGATGATATACTTGTAGCTTCCCCTCACTCTTCAAGGTAGTGACTGCAGTACTTATAAGCCCTAAACAATGCTGAACTTTTACTAAGAcctaaaaaaaagcacagttgTTTCAGTCTAAAGTGACCTTTTTGGGTGATTGAACTGGTTGTTGTGGCAGAAAGCCTCGTCTTGAGCACGTTCAAActactgtattactgtattgCATTATTGCGTGCATGCTACTGCAGCCCTGCCTCTCTACCCAGAATTAACTCCTCTGCCTTCTTCACCTCCTGCATCTGATGAAAGAGAACCACCACTGTCCTACAGTAGCAGCCACTGCCAGCTGCTGCGGCGCCACAGCTGCCACTGCCAATTCCTGCAGTGCCAGCATAACAGCCACAACTGCTGGTCTTAAACAGAAATGCAGAACAGGAAATGGGATAGCAGCCTCCCCCTCAAAGACAGTCTCAATTGACACAAACCCCCACCTATACACATATAGAAGAGTTACTGCTCTCACTGAGCTGTACACTAAAGTACAGAAAACGTTTCATGGAAGAGGGATAAGAGAAAAATGCTTAAAAGCTTACCTTTTGACCTTTCGCTGTCTGATATTTGCACCGGGCATGAAGACTGTGCTTTTGGAGTCGATTTAACACCTGAGCGAATGGAAAGTATGAAACTCACACCtgcatgtctctctttctttgcaaCCCAGAAGTTTGGTGCAATGACAAATGAAAGTTCAATTTAAGTgcatttttccaaaaaatttcttttttactcTATGTGCGACACACTTCTCATTGCACATGAGACAACCTCCACCGTCTGCCTGCCTGTGTGATCTGCTGTTAATCCTAACTTGTGGGAAAAATACAAGCATCACATGGGTCTTGCTTCAACTGCCAAACCACATGTAGTCACATTTAATGCTGGAGTCCTATTGCCATGTGAGAAACAATACTGCCTAGCCCCAGAAGCTGTTTAAAGGATACGGCCAGTTCTTCTTCACTATTACAACGAGGTGTTTTAATAGAGACAAAAAGTCCATGCCTTTATGCCCTTACCATTATGCCTTTAATGCAGAACACTGACATGATCGTAACATCCATTCCTGTTAACGCCTCACATTTTACAGTAGTAGACTTGTGTTCTACCTTTTTCTCAATTCCATTGCCTCCAGATAGTCAGTATCTCTTTGCTTTCACATATGATGGCAAGTAATACACATGGACAAGATTGCCTCAGGGCTTCACAGACAGTCCAGCTGTTTAGGCAGCCACTGTTAAAAGGGACTTAGAGGACTTGGACATGTTTGAAGGAAAAGTTCTTATCCAGTTTGCTGCATGAGATGATGCATGTGTCAAAGGTTCATTTAAACTCCTCTTCACATTAGCTTACAAAGGTCATCATCGTGCCTCTTTGGACATGTTGCAGTTTGCACAGTGTCAGGTGCAATAATTAGGCCATATTATGTCAAACGGAAAGAGATACCTCTCCTCAGAGCAAATAAAGGCACTAAAAGATTGCCTTTGTAGtgacaaaaaaagacatgatgTTCTTTCTGGGAATGGTGAATTATTCCCATCAGTCGATTCCCGAGTATGCTCTCCATGATCATGCACTGCGTGATCCAAGCCCTCACAAAGACTGACTAAATGAGCTGCAGTGGACTGATGCTATGCATAGAGCCTATACATCCCATCTGGAGACCCTGCAAAAAGCTCCTGCATTGGTTATCCCTGATTACAGCCTGTCTTTTACTCTTTATGTCTATGAACACCAGAGCTATGCCACAGGGCTGCTCACTCagaaacatggcacctttggtggcagaccacccaatttttaggtgagcaaaattattggaacagatcatcttaaagtaaattaaagtaaataatacttaatatttggttgcacaTCCCATGGTTGCaaaaactgcatcaagccagcaacccagtgacatcaccaaactgttgcattcttcttttgtgatgcttttccaggcttgtactgcagctttttttttttagttgttgtgttgttgtgcagcttttctcagttttttggggggtttcccCCTTCAGTCTTCTTgtctattttattaattaattaattaatttgttattttttaaaattttttaatttctatttgtCTATTATGCCAAAAccttgtgagctgctaaacagtCTTTTGTTGTtcaaaacaatgacaataaaaatctattctattctattcagtctcctcttcaggaggtgaaatgcatgctcagttgggttaaggtcttgTGATTGCCTAGGCCAGGCTAAAATCTTCCACTTTTCCCattgatgaagtcctttgttgtgttggcagtgtgtgaTGGTTCATTGTCTTGTTAcgtgatgaagttcctcccaattagattggatgcatttctctgtacaaTGGCatacagaatgtttctgtagacttctgaatccATTCTGCTGCAACCATTATAACTTACACGATCAAttaagattagtgagcccattccagaagcagccatacaagcccaagccatgacactacctccaccttGCTTGGctgatgagctcatatgttttggatcataagCAGTCCTTTCTTTCTCCCCACTTTGGCATTTCCATCACTGCAACCATAAATCTGCATTTCTTGTGaattctaatctggccttccaattCTTATGGCTGaggagtggtttgcatcttgtggtatggcctctatatttctgctctccaagtcttcttcaaatggtggattgtgataccttcaacCCTGCCCTTTGGAGATTGTTGCTGATGTAACtgctgatgttgttgttgatgattgtTGACTTTCCCCTCTTTCTCAGCTTctaaatggcttgcttttctcccatagacagctctctggtctttatGTTGTTTATGCCTATGTTTATCCTAGGCATTCAGAGCTCATCAATCTGAGAAGGGCCATTAAACCATCTCCAAACAATCTGAAGGCAGCatgatttacagtcaggtccataaatattgggacatcgacacaattctaacatttttggctctatacaccaccacaatggatttcaacttcaaatgaaacccagcgtctggtgatgtctatgcgttccagacttcgggctgtaattgactgcaaaggattttgcaaccaagtattaaaaagtgaaagtttgatttatgattattattctgtcccattacttttggtcccttaacaagtgagaggcacatatgcaaactgttgtaattcctacaccgttcacctgatttggatgtaaataccctcaaattaaagctgacactctgcagttaaagcacatcttgttcgtttcatttgaaatccattgtggtggtgtatagagccaaaaatgttagaattgtgtcgatgtcccaatatttatggacctgactgtaggtttgcaaaattgcatctgaataAATCACATAAGTTCTGGAACTTCGGACTAAtaagaccaaggtggagatgtttcaTCATCATGCACAGTGAAagtttggcaaaaaccaaacacagcacaaacacctcataccaacggTCAAGCATGGTagtggaggggtgatgatttgagCTTGTTCTTCAGCCACAGAACCTCAGAAACTtagtcattgagacaacgatTCCAccttataccagaatattcttgagacaaatgtgaggccatctgtccagaaGCTTAACTAGGGccaaaattgggtcatgcaacaccagcaaatcaacatctgaatggatatagaagaaaaaaaaaatcatggtgtTGGAATGGTCAAGTCAAAGTctagacctcaaccccactgaaatGATGTGGtaggatcttaagagagctgcgcataaacgaatgccctcaaacagCAATGTTGTTggcattttgtcatattttcttcAACCACAGGATCCTTATGCCTCAATTTCAGGCAAACATGAATTAATGAACTAAATGTACTTTACTGTG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ATGAGCAGCACAAAAAGTGCTGACTAAAGTGCTGCTCATTATGGACAATGTCCCCCACCACCTGAACACCTAACCATGCAGTGGAGTATTTTCAGCTGCAACCTGACCCAGCCATGGTGCAGCAATGTGCAACACAGGAGGTCCTTCATACCTACAGCAGAACCCAAGGAATCAGGAAAGGGGGacgacaaaacaaacaaacaaaaaaaaaatctaacaagaagaagaatattctgagcacttcctgttccaacTTACCGgactagaaagaaaaaaaaaaactccctgtttatatgtgatattttgatgtttttttcaaTCAAGTGCAGAAGTTAGTCTCAGCAAGAGTCTAAACAAGCTTCAGAATTCTTCAGCCACTGTACTTGGTAGAACGAGAGAAGCTGAAGACATCAGCCCTATAATAACCatactacaaataaataaataaataaaatataatataatacaatatatgtaGCTTTTTCCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_003403264.2 lncRNA downstream 145277 10914139 ~ 10917263 (-) True LOC113531553
TU456353 lncRNA downstream 236586 10821637 ~ 10825954 (-) True G384928
TU456349 lncRNA downstream 242780 10785595 ~ 10819760 (-) True G384927
TU456350 lncRNA downstream 264022 10785595 ~ 10798518 (-) False G384927
TU456345 lncRNA downstream 277230 10784992 ~ 10785310 (-) True G384925
XR_004577440.1 lncRNA upstream 28662 11101827 ~ 11102812 (-) True LOC117596259
TU456509 lncRNA upstream 145896 11219061 ~ 11219490 (-) True G385060
TU456511 lncRNA upstream 146791 11219956 ~ 11276974 (-) True G385061
TU456512 lncRNA upstream 199930 11273095 ~ 11276974 (-) False G385061
TU456518 lncRNA upstream 212164 11285329 ~ 11285555 (-) True G385067
XM_026922349.2 mRNA downstream 80626 10834457 ~ 10981914 (-) True mcc
XM_026922350.2 mRNA downstream 85417 10834457 ~ 10977123 (-) False mcc
XM_026922348.2 mRNA downstream 87195 10834457 ~ 10975345 (-) False mcc
XM_034300712.1 mRNA downstream 279550 10699198 ~ 10782990 (-) False coro1cb
XM_034300713.1 mRNA downstream 297429 10691244 ~ 10765111 (-) False coro1cb
XM_034300955.1 mRNA upstream 73966 11147131 ~ 11151024 (-) True LOC113523726
XM_034300936.1 mRNA upstream 282509 11355674 ~ 11452919 (-) False mvb12ba
XM_026922407.2 mRNA upstream 282509 11355674 ~ 11452919 (-) True mvb12ba
XM_034300586.1 mRNA upstream 473144 11546309 ~ 11627686 (-) False map1b
XM_026921649.2 mRNA upstream 475602 11548767 ~ 11627686 (-) True map1b
TU456221 other downstream 456268 10605990 ~ 10606272 (-) True G384811
XR_003403283.1 other downstream 1377767 9684647 ~ 9684773 (-) True LOC113531681
XR_003403281.1 other downstream 1378142 9684272 ~ 9684398 (-) True LOC113531679
XR_003403284.2 other downstream 1379435 9682981 ~ 9683105 (-) True LOC113531682
XR_003403282.1 other downstream 1379807 9682607 ~ 9682733 (-) True LOC113531680
TU456386 other upstream 5547 11078712 ~ 11083941 (-) True G384960
XR_004577405.1 other upstream 548497 11621662 ~ 11627582 (-) False map1b
XR_004577404.1 other upstream 548497 11621662 ~ 11627522 (-) False map1b
XR_003403212.2 other upstream 618069 11691234 ~ 11698544 (-) False LOC113531030
XR_003403280.1 other upstream 2740068 13813233 ~ 13813329 (-) True LOC113531678

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00020850 False 1886 mRNA 0.38 10 NC_007127.7 21881694 ~ 21888047 (-)