RNA id: AMCG00020569


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00020569
length 5959
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 14
gene id AMCG00020569
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 24891302 ~ 24916908 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGGCAGGGAAGACAAAAGACAACCTTCAGCACTACCAAGTCTGGGACCTATTCTGCACACCTGAGAGGACCGGCCTGTATTCAGTTTTTTCGTCTCCTGCAGTCAAAGCCCAGAGCTACAGCTGTGTCAAGATGCCTGAATGCTGGGATGGGGAACATGACATTGAGACCCCCTATGGGATGCTCCATGTTGTGATCAGAGGGGCGCCCAAAGGCAACCGGCCTGCTATCCTCACCTACCATGATGTTGGACTCAACCATAAACTGTGTTTCAACACATTCTTCAACTTCGAGGACATGCAGGAGATTACAAAGCACTTTGTGGTGTGCCATGTGGACGCACCAGGACAGCACACCGGAGCCTCACAGTTCCCTCCGGGATACCAGTATCCCACCATGGACCAGTTGGCTGGAATGCTGCCCAGTCTAATCTTCCCAGACCTGGTTGAGGGCTTGGTTTTGTTGAACATTGACCCCAATGGAAAGGGCTGGATTGACTGGGCAGCGACCAAGCTATCAGGATTGACCAGTTCTCTGCCAGATACTGTTCTGTCTCACCTCTTCAGCCAGGAGGAGCTCATGAACAACACTGAGCTGGtacagagctacagacagcaGATTGGCAACAGTGTGAATCAGTTCAATCTGCAGCTCTTCTGGAACATGTACAACAGCCGTCGAGACCTGGAAATGAACAGGCCTGGGACAGTGCTCAATGCCAAGACCCTGCGGTGCCCCGCTATGTTGGTGGTTGGAGACAATGCCCCGGCAGAAGAAGGAGTGGTTGAATGCAACTCTAAGCTGGACCCAACTAACACCACCTTCCTCAAGATGGCTGATTCTGGTGGACTGCCCCAGGTCACACAGCCTGGAAAGTTAACTGAAGCATTCAAGTACTTCCTTCAGGGAATGGGATACATTGCGTATCTAAAGGATCGGAGGTTGAGTGGAGGAGCAGTGCCCTCCGCTAGTATGACTCGTCTGGCCCGTTCGCGGACCGCCTCCCTGACCAGCGCCAGCTCCGTGGATGGCCCTCGCACCCGGGCGTGCACCCACTCGGAGAGCAGTGACGGCGTGGGTCAGATCAACCACACCATGGAGGTGTCCTGCTGAAGACTCACAGCAGagtgactgacagacacagggagaggcCGCGGCTTACTACAAGGGGCACTCGTGCCGAGTCGCTGTATCGGAAAGTCAATAACCCTTCCCCCCGTTCCTTCCCTCCTCTCCCTTTTGCTCTGTAACTTGACACGAAATGTATTCCTTAACTTAAAAACAGTAGCCATTGTTTCTAGCTGGTTTCACGTGAtggttgtttgtattttgcaatgtcccccgcccccccctcctGCCTTTCATATCCTGTTCCTTGCTCTCTATCAtccctgtataaataaatatgctatGTCAGAGGTGATGGAGGTAGGGACCTTAATATGAACTCCAGCCTTTGGGTGTTTTCAGATTGCATTTGAGAAGGTTGTTGCTGGGGCATAACTTTAAGTACTTTTGGTTCTTCCATACTGACATCATCTGTAGAGCACCACACTGTTAAGAAAAGGCTATGGATCATATCCTAGGTGTACCTGGGAATTCAAATGTGGCAGCACACAAAGCCATTCATGTTGGCTTGGTAGCTTTTACAATTTCTGCTTTAATCACGTGGTTTTGGGATCTTTCTAGGTCATATAAGAaagatttataattatttccctTAAAATATTTCCGAGCAAGAAAGGTGATTCTATTCTTTGTCAAGCTGAAATCTTGACTTTACTGTAATGTTGTAACCTGTAATTCAGACTTTTGCAATTCTTAAGCATGTACCTTTAAAGATCTCCTGACAGTATTTGGTGAGAACTTGAGGGTTCCAGTGTATGAACCATTGCATGAACTGGTTTGCACATACTGGTTGCATGAAATACAGTTTTGTAATCTGCATGAGGAGCTATCTGCGTCTGGTAGTAACTGTGAGGCTTCCAACCAACTCTTTGGTCTTGTTTTCATCTCACTCAAATGGCACTACAAAGCTGTAATTTAATGgcatgatgtattatttattgtggaCTGAGCAGGCCGCAGTGATCTGTGTGGGAAGAACTGAGACAATTAAACTGAGATTGGCGAGATTATAGACCAGGAGTGAAATTATATTGCTAAGGGCAGGTTGTGGGGTACTACCAGATATTAATGAACTCAAACTAAATAAGCATGTCCTTAATCAGTCCATGTTGATATTATATGGTGGCTCAGTGGTGACAAAGATGTCATGCTGCCATGTTGCTCTTCAGAAACATACCCAGTATTTGCCCAGGACAGCAGAAGTTATCTGACAGCTTTGACACAACGCTGGCCTTACTGCTGGAAATCAGCAACTAGCAATAATCTACCATATTGACAGACCTATAGATTTGGCTTAGTAGAAATCTACCTGGCCAGTAGGAATGGTAGTGTTAATGATAACGAGAAAATAGAGATTCAGATACATAGTATCAGTAGATACATATGACATATGAACAAGACTTCCATGGTATCAGCCAGTGAGAATCCAGCGAAGCAAAGCTGGCAGGTCCGAATTGAGGCGTTTGTTTTGCCAGTGATCAGCTCTCAAAGGTCTTCTCAAAATGACAATCACATTAACCATATACCAAAAGTGACATTGAGGCTGTGGCAATGCCAAATTTGACCAGCTGAGGATTATTTCCCCTGAGCCAGACACTCACGGCTTGTTATCAGAGCGGCAGGTGGTCAATTACATTTCGAGTTTCCCCACAATGAGAAGTTGGTTGTTTTCATGACATTTATACCAAAGGGGAAGTAAGAATAGTGACTTTACACTGTGGGGAGGTCTGACCATAATTTACCATCtagaagaaaattatataaaaaatgcatttcatagtGATCCTAAATAAACTATGaagtgaaatgcattaaaataaaattacaaatccaatggagacatttaatatttattcaaagcACATAAGACTCatgcaaatattacatttaaattatacatttttaatcagtaattaaaatatgttcctTGGGGCTACAcaaggatttttgttttgtacagtttttCTGCAACAAAAAACATAGTTTCCATTCTAGAGTAAAGTCACTGTCAACATTTTTCTATGAAGGAAGGTTTACTAAAAGATAAAATAAGTCAACTAccaacctttttatttatttgtttctattttttaaaccaatgtgCAAGTATTTCCCCAAGTATTGTTATAAAAACATGTGTTGCCACTGAGTCCCAGGTATTAGTTGGTGTAGTGGTTCATAGCTTTTGTTGCGAGTGGTTCTCTTAGACACTCATTCTTTGTAGCAGTTTTTCACATTAGCTTGAATGTCAACTCCACAGCCAGCCTTTATGTAATTGGCTGGTTAACACAGCAGGGGATTAACAGCTGTCTATAAGGGGTGGGGCTATTAGAGCCTAAAGCTCTGAGCTCAGAATGTAGGGCACCTCCCCCAAAGCACTTGTGCCCTGCCCCTCATAGATACTATTAATTGCCTTACAAGGGCTATCAGAATAAATGCAATTCCCTTCTATGAACCAAACTGGCACCAGGGGAGCTGTGGGACcaattgcaaaacaataatgttgtattttaagaaagaCATTTTGGATAATGTGGTTAATATTTTTGACTTCAGTGTAAAGCATTTAACagagaaatcaatattaatcAGATTATTTAAGTGGTATGTAACTACATAACAAAGTAATTGGTGATATCTTATTATTGGTTACATGGGTGGGTGGCCCATTTTTCCCTTTAGGAAATGTGAATTATACTGTAGCATAATGAGCACTATTGCCAGGGACAGTGGTCaccccacaacaacaacaacaacaacaaaacaaaacaaaacaaaagtcagtCTAAATCACTAGTAAGAGACATGGACTCAATCAAATCTATTGAGgtggaaaacaacagcaacagataCCAAGCTAACCTCCTTGACATTTAGCTGTAGTTGAGACCTAGCTGAAATTCTCCTTCAATAGAATGATCTGGACATTGTTGGCCATTTAGAGCTGATGTTATAAGACAAGGAGAAGTCCCGCAGCCAATATGTCTTTGTGTGGGGGTCTCCTCTGCCAATTTTAAAGCCATCTTTCTACCAGCAAAGCCTTCTCTTATTGAAGAAATCTGAATACTCAAGGTCCCTTCCTCCCCCTCCATCCAGCTCATCTCCCTTCCAATACTCCTTGTGCTGTACATTACGCTGACTCTATATCGCACGAGCGCTGCCTGTCTAGGTTTGCTTAACAGCTTTTGCTCTTTGCTCTGTTCTCTGTATTGACTCTTTCGCttcttctgcattttttttttcttttccctattCCACCCCATTTGCACTACGGGGTGCCACCACAACTCCAACCACAGTCTAAAGATgctatgtttaaaaaaaaaaaaacacctgtcccactgattttaaacattttatttttgtgacgCAATAGATTAATGGTGTGCAATCGGTCAGAGATGTTGTGATTCCCTTTTCAAATTTTGTATTCAttggcttatttattttcagcagcagagcgcacaaaataattttaattcagtttaggGGTACTGGAAAGTCTGTCTGGTTTAAGCAAATTAAGAAGAAAAGGAATCCACAAGCACTCTGGAAATTCTCTGTGGTGCCGGGGGACCGACTTCCAAAGCAGAGTATTGAGAATGAGAAATAATCTGCCCCTAACACACTTAAACAAAGGTCTGCTGACCAGAACGTTGGCCttttactaataaaacattttcgGAGAGGAGTTTAAGTGTGTGTGCGGGAGATTGTTTCTACTTCTCAAGTTTGTCTGGTTCATCACGCAGAAAGAGTTCTCGGTTATAAGTGGTAAAGGGAATGAACTGGGGAACATTTTAGGAGGAAGAATAGAAATTCAAGTGAAAAGCTCTTACTCAGGTACTATCATCTGGAGTGAACTGAGTGGTG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Function

GO:

id name namespace
GO:0060038 cardiac muscle cell proliferation biological_process
GO:0001947 heart looping biological_process

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU80261 lncRNA upstream 79491 24809964 ~ 24811811 (+) True G64158
TU80222 lncRNA upstream 194493 24696602 ~ 24696809 (+) True G64122
TU80221 lncRNA upstream 195748 24691997 ~ 24695554 (+) True G64121
TU80159 lncRNA upstream 293515 24594130 ~ 24597787 (+) True G64069
TU80134 lncRNA upstream 325810 24520836 ~ 24565492 (+) False G64048
TU80291 lncRNA downstream 28353 24945261 ~ 24946210 (+) True G64185
TU80321 lncRNA downstream 141261 25058169 ~ 25060329 (+) True G64210
TU80331 lncRNA downstream 147093 25064001 ~ 25064372 (+) True G64220
TU80335 lncRNA downstream 161234 25078142 ~ 25080879 (+) True AMCG00020573
TU80339 lncRNA downstream 174884 25091792 ~ 25093030 (+) True G64224
AMCG00020567 mRNA upstream 10610 24867971 ~ 24880692 (+) True AMCG00020567
AMCG00020568 mRNA upstream 36894 24849908 ~ 24854408 (+) True AMCG00020568
AMCG00020563 mRNA upstream 82036 24801317 ~ 24809266 (+) True AMCG00020563
AMCG00020557 mRNA upstream 135017 24747423 ~ 24756285 (+) True AMCG00020557
AMCG00020558 mRNA upstream 153402 24735974 ~ 24737900 (+) True AMCG00020558
AMCG00020571 mRNA downstream 20830 24937738 ~ 24943291 (+) True AMCG00020571
AMCG00020570 mRNA downstream 34648 24951556 ~ 24970823 (+) True AMCG00020570
AMCG00020576 mRNA downstream 113775 25030683 ~ 25031957 (+) True AMCG00020576
AMCG00020572 mRNA downstream 145465 25062373 ~ 25076688 (+) False AMCG00020572
AMCG00020573 mRNA downstream 161956 25078864 ~ 25084873 (+) False AMCG00020573
TU80130 other upstream 409188 24478835 ~ 24482114 (+) True G64046
TU79996 other upstream 835710 24051989 ~ 24055592 (+) True G63939
TU79994 other upstream 837425 24051989 ~ 24053877 (+) False G63939
TU79808 other upstream 1816357 23070411 ~ 23074945 (+) True G63786
TU79558 other upstream 2518542 22358828 ~ 22372760 (+) False AMCG00020487
TU80333 other downstream 157149 25074057 ~ 25076690 (+) True AMCG00020572
TU80336 other downstream 161234 25078142 ~ 25084754 (+) False AMCG00020573
TU80525 other downstream 634003 25550911 ~ 25553320 (+) True G64372
TU80958 other downstream 2499088 27415996 ~ 27418520 (+) True G64730
TU81160 other downstream 3956722 28873630 ~ 28874072 (+) True G64887

Expression Profile