RNA id: TU80221


Basic Information

Item Value
RNA id TU80221
length 3558
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G64121
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 24691997 ~ 24695554 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ACTGTGATTGACAATGTTGTTtactggttaaaataaatatacagtagctCATAAACGACAACCAGACACTTGTATTAATAAGTTATTGTCTTACCTGTTTAACTCTTCGCGTGGAATACAATACTGTCACAGAACTCGCTGTGCATCACCTTATGTTTCAAACAATCTTCCTCAAGCAGTGTCATAAGTGACACTGGAGTTGAACTGACAAGTGTCAGGTAAGCCGATACCTTATGCTTTCATGaactgtgttgtgctgtccCTGTTATCTAACAAGGTGCACATGGGGTTAAAATGTTTGTTCCAGTATTACTCTGCCAAAGCCAAGATGAACCCTTAACATTTTGCATAGGCACTGCAGTGTGAAGATGAAGTACCCATTGGTAAATTAGATGTCTCAGATGTCTCTGAAAGTTCATGCAGATTCTCAATTCCAAATCCTTATGCTTCCAAATGACCCCATGACCCTCAGTTGCAAGTGAGGAAAGTGTTGTAATGTTGTCTCCAATCTGAAATGCATAAAAGCGAAACCTTAAGTCTTTGGGTTAACAGTCATGTTGATGTTACCAAAAACAATAAGCTGCTTTAGATGGGCTGGTGACAGCAGTTCACAAACCTAAACACCATTGAAATGTTGGGGGATGAGCTTGACTTAATACACAGTTGTGATGTTATGAAGAGACGAGTGTACATTTCAATCACGTTTTGTTTTGACAACTCCAATATGTTTTTACCCATTCATTGTTCATACCCCTCTTGTTATCGATCACAGCTGCTCGAGGCATTTTGTCACCATTTTAGCAGTGTATCACCATCTGTGCCTACCATTTCCTTTTTAGTCCATATTAATCTCCAGGAGCGTATCTATATGGTGTATCGTTTTGTGTCACCCTACAACAGGCCAGTGCAGTATTATCGGGTAACTGGTAAGATTGTTGATCTGGAACAACGCCATCTCTGAAGTGTTTGAACTGTATCTTTATCTTCTCAGACCCCCAAAACAGGGCTCGAAACACAGCCATTTCAGACCCCCCATTTTAGATAGCTGTGGCAACAGACTGGTGGAAATCAATAGGTAGTGTCCTTCTCAGCCTGGTGTATCACCTTTCCTCAGCTCTGTAACACTATCCTGGCTTTCCGGTCCCAGAACCTGACTTCTCCTGCATGTCACCGATTTAACAAGAACTCACAATAAATTTTTCACCACAGTCcatgtttaatttgcatgtcAGGAAACCATAGAGCCTTGAAGGGATTTTGCCTTTTGTGAAGTGAGCTTGCACCATGATTGAGGATTGATAACAATGCAAAGCTTTAGAAGTGACTATTCCAGTTATTATGCACACAGTTGGAATCACTGGACCATTTACATGTGTCCTGAGCAACATCGGTTTGTCTTACTACGGCTTCTAATGACATTCCCATCTCTTATCGCTGTTTGGGGTAGGGTAGGGTTTGAATCTGAAGCAACTAAAAGCCACCATGGGCTGAAAGGTAATGGGCCACCATCTCACATAGGGATTCAGAAATTCAGTTGAGTTACTTTGTCGCTTCaccatgaaaatgaaaacaaatcacaaccCCAAACGATCcatgtaaatgcatttaattttattcaatttgtttGGGGGAAAAAGTGTAGCTTTGAAAACGAGAAAACCAAAACTGTACAaatacaacagcaaaacaatagTTTCATATAGTGGAAaagagttaaataaatacacaaaataagtatGCTGAGAAGAGATGGAATAACTATGACAAATAGGGATGCCAACAAAAAGGATTTGCACTTAATGGTGtatcagttttaaataatagtgtggttatttaaaatagtttggtCCTTATCCTGAACTGGAACAGAAATTGATAAAATTGATTAAATCCCCTAGATAAAACCTACTTTGAAAAgagaataattatatttgagTAATAGAAATTCCAGAAGTGTCTTTCAAGGCTGGCATCcctaaatgtttaatatgtacaCAGCTGCTTTGACAGTCCAGTCTCACCATCTTCTTCCACCTTTAGAACAACTCATAGATgcacaaaaagagagagatgctCAGAAAGTAATTGTGTCTCAGTGCTTGTTGtgaatttaaaggaaaatggtGTGATTGCACTGTAGGCAAACTGCCCAATCTGATAAATCTCCAGTGTACTGGGtactttgttatatatattgggggaaataatttatctttttatttgtatacctTTTGGTTCTTATTTGTAAATactattaatttaaagtattttcaacTCACtcctgtatatttattttctttcatgcaTATTACTCTTCAGTAATAGCTGATGTGTTTGTGCTTTCAACATTGGTCTTTTGGTTTTAATGTACCCTGACATTTATGCCTTTGACATAGTTTTCAACATGAAAAGATGCTCTGCAAAATCAAATCTGATTGGTGTACACACCAATGTAAAAGTGAAGGATTTTCTAAAAGCCAAAAGGATGTTTCACCTCTTGCAATGAAGCTCCTCTGGCAGTTGGGTTCCTTTTATGGTTCTCTTCTTTTTGCCAGATAAAAAATGAATCTACTGTGGTAGAGGCTTTGCTCCATGTAATATCAGTAAACGACCTTGGGTTTGAAAGTGGCATTGAGAAGGAATAGTTGATACGTTTGAAGCTGCTGTGTGAAGCTTGACTTTAAAAGAGGAATAATTCATTTCAGTAGTTTCGAGCAGGGGTCATCCAGTAAGAACCCACAAGAGCATTGTAAGAAATGGATTTAAACCGATTCAAGAAAATACCTTTTTAGAAAGAGAGCAATGAGCAAAATGATCTGATCTTGCTATGGATATTTTAAATCGATGTAAagtatgtaaatattgtaattatgcaAAAGTATTAACCTTCCTCCCATTATGAGTACTATTATAACCTGAGtgtttataatgaatatttaaataggaAGGTGATTCACAGGTGTAATATTTGAGCTGCTAATGAATGTGCTTGGATGCAATTCAAATCAGTATCAGCTTTGTTTCCTTCTAGAGTTTTGCAAAAGTAactatttgaatatatttatatatgtaatttctAAATCTATATAATTCTAAAAATAGAGAGAATGTTTTATTGGACTCCTAGAGATAcagaacataaacaaacaataatacagtgttTGTCAAACTGAGGTCTAATTACCCATATTGTTCCTCAGGGATAGCCTGAGGTGTCTGCAAGAAACAATGGAAATATTTAACCTGTTGGTACAATCAACACTTTTACTCAGTAATTGGTTTTGCACTCATCGATGAAAATGCTTCCCCTGCACTGTCTTTAAAAATTGTGTTCTcagtgtttgcattttaataattctgTTGTGTGTTTACTTTCATGTTAGTGTAAACTGGGGGTCTAGtgttgaagtttttatttttattttagaaatgggGTTTGATAGTCAGAAATGTTAAAGGAGTCCtacattaatatacaaaaaatatatatgaagtgcttttaaaatacagttgttgtctgtatattttaattaaatccctGCAATAAAGTACAAAATT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU80159 lncRNA upstream 94210 24594130 ~ 24597787 (+) True G64069
TU80134 lncRNA upstream 126505 24520836 ~ 24565492 (+) False G64048
TU80136 lncRNA upstream 151290 24488904 ~ 24540707 (+) False G64048
TU80133 lncRNA upstream 166422 24520836 ~ 24525575 (+) True G64048
TU80086 lncRNA upstream 449320 24232739 ~ 24242677 (+) True G64009
TU80222 lncRNA downstream 1048 24696602 ~ 24696809 (+) True G64122
TU80261 lncRNA downstream 114410 24809964 ~ 24811811 (+) True G64158
TU80291 lncRNA downstream 249707 24945261 ~ 24946210 (+) True G64185
TU80321 lncRNA downstream 362615 25058169 ~ 25060329 (+) True G64210
TU80331 lncRNA downstream 368447 25064001 ~ 25064372 (+) True G64220
AMCG00020556 mRNA upstream 3582 24676689 ~ 24688415 (+) True AMCG00020556
AMCG00020551 mRNA upstream 50328 24639798 ~ 24641669 (+) True AMCG00020551
AMCG00020553 mRNA upstream 61293 24622544 ~ 24630704 (+) True AMCG00020553
AMCG00020552 mRNA upstream 72130 24613873 ~ 24619867 (+) True AMCG00020552
AMCG00020543 mRNA upstream 238397 24447276 ~ 24453600 (+) True AMCG00020543
AMCG00020562 mRNA downstream 10881 24706435 ~ 24707136 (+) True AMCG00020562
AMCG00020558 mRNA downstream 40420 24735974 ~ 24737900 (+) True AMCG00020558
AMCG00020557 mRNA downstream 51869 24747423 ~ 24756285 (+) True AMCG00020557
AMCG00020563 mRNA downstream 105763 24801317 ~ 24809266 (+) True AMCG00020563
AMCG00020568 mRNA downstream 154354 24849908 ~ 24854408 (+) True AMCG00020568
TU80130 other upstream 209883 24478835 ~ 24482114 (+) True G64046
TU79996 other upstream 636405 24051989 ~ 24055592 (+) True G63939
TU79994 other upstream 638120 24051989 ~ 24053877 (+) False G63939
TU79808 other upstream 1617052 23070411 ~ 23074945 (+) True G63786
TU79558 other upstream 2319237 22358828 ~ 22372760 (+) False AMCG00020487
TU80333 other downstream 378503 25074057 ~ 25076690 (+) True AMCG00020572
TU80336 other downstream 382588 25078142 ~ 25084754 (+) False AMCG00020573
TU80525 other downstream 855357 25550911 ~ 25553320 (+) True G64372
TU80958 other downstream 2720442 27415996 ~ 27418520 (+) True G64730
TU81160 other downstream 4178076 28873630 ~ 28874072 (+) True G64887

Expression Profile