XLOC_002424


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002424
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 42470616 ~ 42477259 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005939
aaggttgtaaccatttacttccagaaaaaaaaatgctaatgttaTTTTGACCCAAATTGGGTAACATATGAactaacccaaacattgggttaaatttggtcctattcatttagaaacaaagcaACTATTCCTATTACACCCAGAATTGGGTTGGAATATCACAGCATTTTATagagtagtatttgtttttcctactatggaagtcaatggttacacatttccaccattctttaaaatatcttcttttctgtttaacagaagatcCTTTATTTGTTACAAACCTTCATGAGATCTGACATTCttctgaacattcttcaaaatatcttcttttgtgtttaacagaaaagtaAAACTCGTTTAGATagcatttccaacattcttcaaaatatcttcttttgtgttaaacagaagaaagaaagtcaaaccacttaagagagagagatagagagagagagagagtaaataatGGGTAAATATTCATTTTCGCGTGAACTACCCTTTTAAGGATTGCAAGTCAGTGCTGTCTCTGATTACCGgatgtatatttaatttttaatgcgATTGTTCCAGCGATGACCTGTTATGACAGGAATGATTTATGAAGCTGCATTGTTTTAGAGCTCACGAGTTGTTGATATATTGAAAGTAAATGTTCTCTGTTAAAATGACTGTAGCAGGGAGTCAGTGCCCTCACCAAAGTCTTCATTCTGTTTAtgtgttgttgtggttgttgtttaatgcagtggttcccaaactttaTTCTGCATGCAAGGCCCCCtttatgaagagaaaaaaaaaacatttttagcccCTTCTACAGAAGTTTTCAGCATCATAACTCtgcataaatcataataaaatgctgattttttttcattgttttatagaGAATATACAGTAGTAATTCAGcagtaatttttacagtaaataaaaacattctcaGAGATGATTAAGACAGCTTCCCCTTACTATTTCAACTTCAAATTGTCAGAAacacaacattataataataCAGCATGAATTATAATGCATTATTTGTACCATTTTAATCTTATTGCATCTCACTGTTATTGCACAACCACTAAACCTGATATATTATGAATCTATATGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGGAAAAGTGGAGTCTTGTATCCCTCTAAAGACGATTATTTATCATAAAATGATGCATATTATATACATGATACTTCATACAACATGAATTATGATgcattatttgtataattttcaCTGTTATTGCTTGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACACCTAAATTATACATAAGATATGACAAATAGTGTTAAATTATGAACGTATATATGTCAGATATCTAAGTTATAAGTGTGATAGTAGGGTCGTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCACACGACATGAATTACAATGCATATTTGTATAATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaATGGTGTTAAATTGAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTCTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGAATTATGATGCATTATTTCTATGATTTTCACTGTTATTGCTTGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACATctaaattatacataaaatatgacAAATAGTGTTAAATTATGAACGTATATATGTCAGATATCTAAGTTATAAGTGTGATAGTAGGGTCCTGTATCACTAAAGATAATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCATACGACATGAATTACAATGCATATTTGTATCATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaAAGGTGTTAAATTGAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTTTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGAATTATGATgcattatttgtataattttcaCTGTTATTGCTTGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACAcctaaatatacataaaatatgacAAATAGTGCTAAATTATGAACGTATATATGTCAGATATCTAAGTTATAAGTGTGATAGTAGGGTCGTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCATACAACATGAATTACAATGCATATTTGTATCATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaATGGTGTTAAATTAAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTCTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGCATTATGATGCATTATTCGTATAATTTTCACTGTTATTGCTTGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACATctaaattatacataaaatatgacAAATAGTGTTAAATTATGAACGTATATATGTCAGATATCTAAGTTATAAGTTTGATAGTAGGGTCGTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCATACAACATGAATTACAATGCATATTTGTATCATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaATGGTGTTAAATTGAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTCTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGCATTATGATGCATTATTCGTATAATTTTCACTGTTATTGCTTGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACATctaaattatacataaaatatgacAAATAGTGTTAAATTATGAACGTATATATGTCAGATATCTAAGTTATAAGTTTGATAGTAGGGTCGTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCATACAACATGAATTACAATGCATATTTGTATCATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaATGGTGTTAACTTGAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTCTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGAATTATGATgcattatttgtataattttctcTGTTATTGCTTAAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACActtcaattatatataaaatatgacaaaTGGTGTTAAATGTCAAATATCTGCATTAAAAGTGTGAGAATGGGGTCCTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAATGATGTACATTACCCTTCATACGACAtgaattaaaatgcattatttgtataatttttactATTACTGCATGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACactcaaattatatatataaaattaaatttatatgttaaattatgaacTTATTTGTCAAATTTCTGCATTGTAAGTGGGAAAGTGGGGTCTTTTATCCCCCTACATACAATTATTTACCATAAAATGatgtatattatatacattatactttataccagtggttctcaactggtttggccatgggacccacatttttacatggtcatcaagccgcgacccaaatttttaggaattataatatgatattaggaattataattcatttgtatttaattgttaacatacacgactagtgacagataaattatgagaaaatcaccaagacttacaaataaacaatattttattgctctcATTTAACAAAAtagatcaaattatagaaatattacagagtaaaaacgtcaaatactgtaaacagtggttagtgCAAGGAAAAGTtaagttaccatgaactaaactgaactgtttataaaacattaacactgatctgGTTGAACTGAACAGCAACCAGCAAACTGAagtaaacttattaaaataatcataaccaatTTATAATAATCAGCAGTTATTTGCTGTTCTGCatttgtgtgggctttcttggccattgctacacggtgagcacagtaagatgtacttgtacttgttttgaacatgaatatGTCAGGCACTAGTCGTCTTAGAAAAATAGTCCACTGGTTTTTCCTTGtaactgggatgtttggtttctaaatgtcgttttaatttaggttTCATTTCTCTCGTgaaagcacctcactacatatgacacactgaggttttaagcctttttgtcgtcaaaatatgtaaatccacactttacatattcggggtcgtacttgcgctggaatttcacatgtcaaaaggGTATATGAGGAGCTTACgttagtgttgttcccatactgataaacttccggtgccTGTTATTGTGgactttttttcccattttatacggttccttttacagcatcgatgttgtaatgtcattaaaatacattcatttagttgctcaagcgaaAACGAGaaaaaaagccgtttactcgcacacgcccctcagaatcagcaggctagcgcagaagctccattaaatatactggggtaaaataaatgctcatattataaagacatggcggggggaaatgtaatttaatgcggcGCTTCTTGTATAATCTGaggcccactttatatcggatatcactcagccagtggagatcgctcgatttttaaagaaaacagaccttaaacgcgccggttT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>TCONS_00005940
TAGTAGGGTCGTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAACAATGTACATTTACCTTCATACAACATGAATTACAATGCATATTTGTATCATTTTCTCCATTATTGCATGAAAATGATCACTAAAACTGACAAAAGACtcaaagtatatataatatatgacaaATGGTGTTAAATTGAGAACTTATTTGTCAGGTATCTGCATTATAAGTGTGAGAGTGGGGTCTTGTATCACTCTAAAGATGATTATTTAGCATCAAACGATGTACATTACAAACATTATCCTTCATCCGACATGAATTATGATgcattatttgtataattttctcTGTTATTGCTTAAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACActtcaattatatataaaatatgacaaaTGGTGTTAAATGTCAAATATCTGCATTAAAAGTGTGAGAATGGGGTCCTGTATCACTAAAGATGATTATTTAGCATAAAATGATGTACATTACCCTTCATACGACAtgaattaaaatgcattatttgtataatttttactATTACTGCATGAAAACAACCACTAAAACTGATAAAACactcaaattatatatataaaattaaatttatatgttaaattatgaacTTATTTGTCAAATTTCTGCATTGTAAGTGGGAAAGTGGGGTCTTTTATCCCCCTACATACAATTATTTACCATAAAATGatgtatattatatacattatactttataccagtggttctcaactggtttggccatgggacccacatttttacatggtcatcaagccgcgacccaaatttttaggaattataatatgatattaggaattataattcatttgtatttaattgttaacatacacgactagtgacagataaattatgagaaaatcaccaagacttacaaataaacaatattttattgctctcATTTAACAAAAtagatcaaattatagaaatattacagagtaaaaacgtcaaatactgtaaacagtggttagtgCAAGGAAAAGTtaagttaccatgaactaaactgaactgtttataaaacattaacactgatctgGTTGAACTGAACAGCAACCAGCAAACTGAagtaaacttattaaaataatcataaccaatTTATAATAATCAGCAGTTATTTGCTGTTCTGCatttgtgtgggctttcttggccattgctacacggtgagcacagtaagatgtacttgtacttgttttgaacatgaatatGTCAGGCACTAGTCGTCTTAGAAAAATAGTCCACTGGTTTTTCCTTGtaactgggatgtttggtttctaaatgtcgttttaatttaggttTCATTTCTCTCGTgaaagcacctcactacatatgacacactgaggttttaagcctttttgtcgtcaaaatatgtaaatccacactttacatattcggggtcgtacttgcgctggaatttcacatgtcaaaaggGTATATGAGGAGCTTACgttagtgttgttcccatactgataaacttccggtgccTGTTATTGTGgactttttttcccattttatacggttccttttacagcatcgatgttgtaatgtcattaaaatacattcatttagttgctcaagcgaaAACGAGaaaaaaagccgtttactcgcacacgcccctcagaatcagcaggctagcgcagaagctccattaaatatactggggtaaaataaatgctcatattataaagacatggcggggggaaatgtaatttaatgcggcGCTTCTTGTATAATCTGaggcccactttatatcggatatcactcagccagtggagatcgctcgatttttaaagaaaacagaccttaaacgcgccggttTTTGCATTGCAGTTCGCCAAAAGCGCTttacccaggttactggcaaattaaaagtcccactAGCATGTTTCGGCAcgtacatttcaaaataaaaagtccaatataagcaaaatactttaaatattaaacttttgttgtttttttgatcacacactccgcgacccactgtgggttgcgacccaccagttgagaaacactgctttatacaaCAGTAATTATAATACATTACTTATAATTTTCACTGTTATTGGATAAAAACAACCACTAAAACTGACAAAAgacttaaattataaataaaatgacaaatggtGTTTAATTATAAACTTATTTGTAGATATCTGCATTATAAGTGTGATAGTGGGGTCTTGTATGACTCTGAAGATGATTATTTAGCATTAAATGTTGTACATTATATACATTCTCCTTTATATCTGTAGTTTGGGAATCACTGGTTTAAtgaattataccttttactattTATTGTGTTGCTTTGGTGAGATCGCTTACGCTGAGTTTCGACTATTGAATTGTGCCtctgtaatatatttaaattaggtGTTCGCTTAAAAACACTAGAGTAGATATACTGTAGGCCTACATGACTGTGCCGATACCGCTCTGGTATTCTGTATTTTCTTGACGATGGAAAGTGACTAAAGTGTTTGGTGTTGACGTTCTTGTTGCCTTATAAATGCTTTAGTgcaaataaatctgcaaaaatgacaAACATGTAATTTTCTTCTGTCACTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005939 False 5750 lncRNA 0.31 2 42470616 42477259
TCONS_00005940 True 2593 lncRNA 0.33 2 42474219 42477259

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002423 npy8ar coding upstream 6757 42423318 ~ 42463859 (+)
XLOC_002422 COX5B coding upstream 92092 42374770 ~ 42378524 (+)
XLOC_002421 dbnla coding upstream 97805 42358426 ~ 42372811 (+)
XLOC_002420 CU467905.1 coding upstream 290792 42169982 ~ 42179824 (+)
XLOC_002419 CR925773.1 coding upstream 307810 42159471 ~ 42162806 (+)
XLOC_002425 actr1 coding downstream 44684 42521943 ~ 42540839 (+)
XLOC_002426 kctd9b coding downstream 65258 42542517 ~ 42555822 (+)
XLOC_002427 fgfr1b coding downstream 112132 42589391 ~ 42661445 (+)
XLOC_002428 rhobtb2b coding downstream 201261 42678520 ~ 42716739 (+)
XLOC_002429 NA coding downstream 243582 42720841 ~ 42723221 (+)
XLOC_002417 NA non-coding upstream 484333 41982997 ~ 41986283 (+)
XLOC_002414 BX005006.1 non-coding upstream 630583 41839919 ~ 41840033 (+)
XLOC_002406 CU571179.1 non-coding upstream 1505804 40939664 ~ 40964812 (+)
XLOC_002398 BX001050.2 non-coding upstream 1721718 40747873 ~ 40748898 (+)
XLOC_002380 CR396590.1 non-coding upstream 1830812 40638776 ~ 40639804 (+)
XLOC_002430 NA non-coding downstream 252687 42729946 ~ 42731994 (+)
XLOC_002432 NA non-coding downstream 263826 42741085 ~ 42745580 (+)
XLOC_002433 NA non-coding downstream 342467 42819726 ~ 42820906 (+)
XLOC_002439 NA non-coding downstream 1041335 43518594 ~ 43525213 (+)

Expression


Co-expression Network