RNA id: TCONS_00017966


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00017966
length 6504
RNA type mRNA
GC content 0.35
exon number 3
gene id XLOC_009127
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 17844191 ~ 17870090 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtTTCAGTTTTTCTCATCTCTTTCCTGTATGAAGCATTTCTTCGATTCTCATGCATTGTACGCAATTCACCATTTGAAGCGAAATTGTGGCGGCATAGATTATCCTCAGGAAGACTCCCCTCATTTGCACAGCCGGCTTAAGAGCTCCCTCTTTCCTACTGGCTAACGAAGGCCAATCATAGGCGGAGGGAGGAGTCTGCACAGACGTAGGGCTAAATTGATTGGATGACAAAAACTTTTGACACTTACCCAAACTCAACTTCAACGGAATCGTCTCCTGGTTCCTCAATCCCACCTTCACCTCTGGAGCATGACGTCCAAATGCCCTCCGACTTGGAGGTTATGACCAATCTTCTCAAAGAGGAACTGGCTCAACTGGAGGATTATTACCTGTACGAATCGGCGCCTATGAAATTAGAGAAATGGCAAAAATGTGACAAAAGCTTACAAGCTATGGCTACGCAGTCATACTACCAGTTACCCTGCGCTTCATACAATGTAAACCAATCTGAAACAAATCCCAGGCTGGTTTCCCTGGCAGCTGGAGAGCTCGACTTGCGAGGCTTCTGTGGGGGTTCTGTGAACAGACCGAAAATGTCCAGACCTGCCCCCTACAGCTACATTCGGACACACTGCAACAGCCAAAGAATTTCATCGAACGGATGTAAGGACGTTGAAGTGTTTGAGAAAGAGACATGGACTTTTAAAGGGACTCATTCAGGTTACGCAGAGCTGGCTTTCGACCAATGCTCTGTCGATAAATCTTTCGGAAAGAATCACGGCAGTGCAAAGAAGGTTCGTGAATGTGCCATACTGTTGAAGGAAGAGGAAAAAAGTTGCTTCAGTGAAGATGTGTTTTACCGAGCGGAGATGATGAGAAGTTACGATCTGGCTGGGTCCCTGGAGCCCCACCACAGGAGAGAGAGTCAATGCCATGGGATGAAGATGCTCGGCCATGATGGGATTGCAATGCCGATTCTGCAGTGTGCCGAAAACGAGAGTTGCCCACCGCCATACAAGCAATCCGATGTAGCCGAGTGTTACTTCCATCAGATTACTGCCAATTTAGAGCCATATCACGGCTTCATGAATGAAAtcgatcagccaatcagaactgaTATCCAGAATAATGACTACTTGCACCATGAATGCCTTGGGGATcaaagctttgaatgtctgtccgGTGACAGTGTTGGGTCCTCTTTGGAGTTGCCTGTCCAGAAACCACTACAAAGGTCACGGGAAAGTCAGTGTGTGTTTAAACCAGATGTTAAAGTAGGTGTGGAGAGAAACCATGGAGAACGCAAGCAGAAGAAGAGAGACCAGAACAAGTCTGCAGCCCACAGGTACCGTCAGCGTAAGAGGGCGGAGCAGGACTGTTTGGAGGAGGAGCTTCATGGTTTGGAAGGGCGGAACAGAGAACTTCGGGACAAAGCAGAATCTGTAGAGAGAGAGATTCAGTATGTGAAAGATCTCCTGATTGAAGTCTACAAGGCTCGCAGTCAGCGCTTAAAAGAGGATTCCAGTGCCTAAACCCACTATTACCAGCATTTCACCAATACCAGGCTctgacagcatgtttttatgctcCAAATAGTATTACAATTGTTTTTTCCAAAGCGAAAGCCGCATGGGTTCCTGAACCTGAGAGCATAATatctgaagcactgtgatgataGCTTTGAATACATTCTAATGACCTAGCTTGGTATTTAAATTTACAGCGATATATTTAACGAAAAGCTGAATTTCACTTGGGACATTACACTTCTTTACCCCTGAGTTGTTTTTGTGACAAAATATGTGAAAGATTTTCTGTACAGACTCTCTCCGTTCTTTATTTACCATGAAAGATCATGCTTCAGTCAACCAcgacataataataacaatgaagaTTTGTGATAATGATCAAAATTTGTACTATTGTACTAATGCAAAGCACTGCAATGTAAATTGTcacttttttgttgtatttacccttttgCATTATATTTCTCCTTATTTGTGAAATATCTCATGTAATTCAATTTATAATACAGAAGAACAAGCGCTTCtgcaattatatttaaattgcttaaaaacatatttcaaaacaagGTTTATAGCATAttaatgacagattttttataattataacttttttttggcTCAGGTATGGAATGCATGTCTAATACATTGAAAAGCATGTTGGGTTACGATTTATTGCATGACCCAAAATATGAAATGAATGCTTTTGTGCATTATGACAATATGTAGAATTTTTGTTTCGGCCATTTCTTTTATTCTCATTAACATAGTGCTTTAAaaatatgtgcttttttttttaagttaatgtaTGTATTCAGTATGAGATATAGATTGTTTTATGCAGGTTTGCGGAAAACAATCACTGTTATTTGCTACAGGACTTTAAAATTCAAAAGAATTTGaaagattttaatgtttttgaccAGGTGCACATTACTACAGTAACATTCTGTGCCTCTGAAAACAGACAAGAGTAGCAAATCTGAATGCATTTATTTCTGCAGGTTCTAATGTGTTTCAGAATCTACCGACActtgattaataaatacaaattatattgtGCAGTAATTCTTATTTTTGGttgattaaaaatgtcaataaatgatTCTTAAATATTTTATGAATTTTGTGATGTTATTGTGCTtcttaaacacacatacacctgCTGATGTGTTATATCATGACCTATCAAATAATTTATGTACTTTTTAGaatcaaaatatatatcaattatttaaaacaatttcacaattatcaaataatacaaatgtataaatatacattGAATGAACCcgttttttctttttccatttgaaaaaaaaactgataaatacattttatttaaataaattttctctttggcttcaaaatgttattaattgcatgtattattattatcaatagtaGCTAATGACAGTATGTTCAGCATTGAGGCTAACGTCCGTACAATAATTTTCGTGTTTGAGACTTAACAGCACGcagaaattattcattttaacaaCAAGTTAATTCGTTATAACGTTAATTGTAATTTTACCTTCAAAGTTGTGTCATAAATGTTGGGGGCTGTAATGTGTGATGTGGCCTCACGATGGCATCAAAGGAATATATGAGACGGCAGGCAAACGACGGTCCTGTCCTGTTTGGTGAGTTGAGAGAAAACTATCCGGTTTATTTCAACCCAGGTCACAGCACTCAAGTCTTACAACATTCTTATGTATTACAATTGTTAATGTACGCTACACACAGTTCTTATCCCTAAATTGTTTCTATGGTTATTATTAAACGATTAATAGATTAACAGCGTGTTTACCTACTAAGCAATTTAAATGTAACTTACTAGCTTGCTAGCTGTCGTTTTCCTCCACATTTCACAAAAATATGTTCCAAAAAGAGCTTTTCGTGTCGACAcgattacaaaaagaaaaaaaaaagacgagAAACAAAAGTGTTTGGATGAAACGAACCATTTAAATTCAGAATCtttttaaagttaatattttGTTCCACGGAAGTTTTTATGGAAGTTGATGTTGAAGCTTCAGGGAATCACCGAAGACAACACGTTTAGTTTTATTCTTTAGGAGTAAACGAGCTTTCGTTCCGAAAAGCTACTGAATCAACTACCCAGAACACTAAACATGATTTAATTACGCCATAATTACCCAGAATTCAGTCCATTGTTGATGTGGTGacaattcagtaaaaaaaaaaataaataaataaaacatttataaactacTTAACTGGCGATTTTTCTGGaattctacactcaaaaaaaaaaaaaaagagtatccCTGTATGGCTTGAACTActactgcttatttaaaatgggcTGAATCAACATAATTCTTGACGATTTTTGGGACACCTTaatttcttttatgttcaatccacttaaatttgtaaaaacaattaacgttaacttaatcgatttgtgttggaacaacatgaagtaattaagtggaatccagcatttttttaaagtgtactttaATTTGAGTTAACTAAACTGTTAAAATCCaccattttaaataatgaataatattattagaTACATTAAAATCACAAATGCAATAATTTtatctttaaattttttattcagTTATTCTGACTTTACGGATTGCTACAAATTAATTTTGACACTGAAGTTTTAATGAACATTAGTGTTAATTTTACTTTAGGGGATGGTTAGGATATGACTGAGGGCCCAGTGTGATTTTAGAAAGCCAAGATTGACTATAAGGGGCCTGAGGCAATCTTAAATATAGGGAGTCTAATGCAAACACAATTTAATTGGTGTCTCAATTTGGCATGGGTCGGTTTAAGATTCTGACGATGTGATAACCTTGggtaaaaatatcatggtttcatgaTATCATGGTATTGTAAATACTgctgtaaaatgtgtttttttttaagtctgggtaaaaaactacttATTCCCCATTCAACATGGTATATATTTTTAACCCttaaacatttttgaaacaaTAAATGTCAGCAAACATTAAATTACTTCTGCTGTCTTAATtactttcaaaaacacagatttcttttccACTTGAAAAAGGCATCTTTaattatctttattttctttggatataaagtcaGCCACTGTACTGTTCAGCTCTACAGCATGCTGTATGTtggtttatatttgtttttcagatgtttcctgaatcatagactgaaaaaaaaacttaataaaattgtcttgaaaacataaaaaaacaacaacaaaacttacAAATACCTTAATGGTATAACAGAAGCTAttaactgttttaaaaccttgactttttaaaaccttgactttttcaaaaccGCGGTGAACTTTAATCAGTTAACCTAAACCAGTTATCATCCCACGCCTAGTCTCAATGTTAAAATAATCTTAGTGTTTTATTAAAGACTGTCTGATCCAAATCAGTGCAAGAGAGCGGAAGATTTTGAATAATTGCAAAAACCCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-2637 Predicted to enable DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human ATF5 (activating transcription factor 5).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000112838

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019141 lncRNA downstream 107281 17751150 ~ 17754926 (-) True XLOC_009125
TCONS_00017963 lncRNA downstream 107340 17751150 ~ 17754867 (-) False XLOC_009125
TCONS_00017959 lncRNA downstream 479713 17380525 ~ 17382494 (-) True XLOC_009122
TCONS_00017958 lncRNA downstream 479720 17379834 ~ 17382487 (-) False XLOC_009122
TCONS_00017957 lncRNA downstream 480854 17379832 ~ 17381353 (-) False XLOC_009122
TCONS_00017982 lncRNA upstream 297666 18166781 ~ 18169348 (-) True XLOC_009134
TCONS_00019142 lncRNA upstream 1416049 19285164 ~ 19286600 (-) True XLOC_009147
TCONS_00018008 lncRNA upstream 1712792 19581907 ~ 19583015 (-) True XLOC_009152
TCONS_00019143 lncRNA upstream 1915376 19784491 ~ 19793611 (-) True XLOC_009157
TCONS_00018021 lncRNA upstream 2060380 19929495 ~ 19932848 (-) True XLOC_009158
TCONS_00017964 mRNA downstream 48527 17788715 ~ 17813680 (-) True XLOC_009126
TCONS_00017962 mRNA downstream 242901 17608545 ~ 17619306 (-) True XLOC_009124
TCONS_00017961 mRNA downstream 243407 17603488 ~ 17618800 (-) False XLOC_009124
TCONS_00017960 mRNA downstream 456151 17397321 ~ 17406056 (-) True XLOC_009123
TCONS_00017950 mRNA downstream 648484 17196527 ~ 17213723 (-) True XLOC_009118
TCONS_00017969 mRNA upstream 79282 17948397 ~ 18067220 (-) False XLOC_009128
TCONS_00017970 mRNA upstream 79932 17949047 ~ 17960228 (-) False XLOC_009128
TCONS_00017971 mRNA upstream 100875 17969990 ~ 18091157 (-) False XLOC_009128
TCONS_00017974 mRNA upstream 233165 18102280 ~ 18115624 (-) False XLOC_009129
TCONS_00017975 mRNA upstream 234070 18103185 ~ 18115540 (-) True XLOC_009129
TCONS_00017944 other downstream 790961 17061577 ~ 17071246 (-) False XLOC_009112
TCONS_00017936 other downstream 989607 16794111 ~ 16872600 (-) True XLOC_009108
TCONS_00017917 other downstream 1901739 15959376 ~ 15960468 (-) True XLOC_009094
TCONS_00017896 other downstream 2478224 15383898 ~ 15383983 (-) True XLOC_009086
TCONS_00017891 other downstream 2637505 15221483 ~ 15224702 (-) False XLOC_009082
TCONS_00017972 other upstream 114450 17983565 ~ 18002215 (-) False XLOC_009128
TCONS_00017973 other upstream 151430 18020545 ~ 18023109 (-) True XLOC_009128
TCONS_00017978 other upstream 282550 18151665 ~ 18151780 (-) True XLOC_009132
TCONS_00017983 other upstream 308826 18177941 ~ 18180824 (-) True XLOC_009135
TCONS_00018000 other upstream 1225396 19094511 ~ 19095107 (-) True XLOC_009145

Expression Profile

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