RNA id: TCONS_00043203



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00043203
length 544
lncRNA type antisense
GC content 0.50
exon number 2
gene id XLOC_021777
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 30764287 ~ 30772886 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TGTAAACATTGGCCAGCTGACTCTGTGACGTCACGCACACAAACAGAGGAAATATGTGGGCCATGGAGCACATGGTCCTGCTGCACTACATTATTAGTGATATAttctcaaacaaacaaacgacaatCTCTGGTCTTGATAAGGATTGGATAAACCAAAGCCAGGAAGAGTCGACAGCCTTTTACACAGGCTCCATCTGTACCTGCGATGAGTGAGGAAGCTGCCATTGGCATGTCCTGATCCATCACATCCCGGCGTGGGGCAGGTCGGGCCCTCAGTCTTGAAGGCCTTCCAGGAGAATGGTGTGCCATTTAACATGCCCTCTTTCTGCCGGCGTGCTGCCAGCGGGCACCCATAGGCACTGCGGTGGGTGGCGTATTTCCCACTGATATGCCCCAGACTGTCACAACCTGGCACCGGGCACCTATAGAGAGGTAAGTGATGAGCTGGCAGTCAGTTTTGGCATTCTCTAAAGACGCAGGCTGTGTTTAGTAAATCCGCTGGCTTTGTGCAGCATAGTAGGTTTATTAAAAACGTACTTTAT

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000153599

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044849 lncRNA upstream 330902 30402314 ~ 30433385 (+) True XLOC_021774
TCONS_00043197 lncRNA upstream 754245 30006206 ~ 30010042 (+) False XLOC_021772
TCONS_00043195 lncRNA upstream 754888 30006206 ~ 30009399 (+) False XLOC_021772
TCONS_00043198 lncRNA upstream 755097 30006236 ~ 30009190 (+) True XLOC_021772
TCONS_00044848 lncRNA upstream 917408 29840859 ~ 29846879 (+) True XLOC_021767
TCONS_00044850 lncRNA downstream 305678 31078564 ~ 31085951 (+) True XLOC_021785
TCONS_00043214 lncRNA downstream 472545 31245431 ~ 31248945 (+) False XLOC_021787
TCONS_00043215 lncRNA downstream 472906 31245792 ~ 31248790 (+) True XLOC_021787
TCONS_00044851 lncRNA downstream 1090853 31863739 ~ 31885913 (+) True XLOC_021795
TCONS_00043238 lncRNA downstream 1255739 32028625 ~ 32038219 (+) False XLOC_021802
TCONS_00043201 mRNA upstream 11734 30730121 ~ 30752553 (+) False XLOC_021776
TCONS_00043202 mRNA upstream 12318 30736895 ~ 30751969 (+) True XLOC_021776
TCONS_00043200 mRNA upstream 39378 30707837 ~ 30724909 (+) True XLOC_021775
TCONS_00043199 mRNA upstream 708568 30048849 ~ 30055719 (+) True XLOC_021773
TCONS_00043196 mRNA upstream 754514 30006206 ~ 30009773 (+) False XLOC_021772
TCONS_00043204 mRNA downstream 55073 30827959 ~ 30845859 (+) False XLOC_021778
TCONS_00043205 mRNA downstream 62703 30835589 ~ 30845859 (+) True XLOC_021778
TCONS_00043206 mRNA downstream 86200 30859086 ~ 30890850 (+) True XLOC_021779
TCONS_00043207 mRNA downstream 125127 30898013 ~ 30919307 (+) True XLOC_021780
TCONS_00043208 mRNA downstream 194800 30967686 ~ 30981438 (+) True XLOC_021781
TCONS_00043184 other upstream 1175729 29588444 ~ 29588558 (+) True XLOC_021766
TCONS_00043178 other upstream 1401442 29357790 ~ 29362845 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043179 other upstream 1401754 29357952 ~ 29362533 (+) False XLOC_021762
TCONS_00043174 other upstream 1838247 28925923 ~ 28926040 (+) True XLOC_021760
TCONS_00043173 other upstream 1860831 28903330 ~ 28903456 (+) True XLOC_021759
TCONS_00043209 other downstream 206499 30979385 ~ 30979499 (+) True XLOC_021782
TCONS_00043219 other downstream 660387 31433273 ~ 31433348 (+) True XLOC_021790
TCONS_00043220 other downstream 660693 31433579 ~ 31433663 (+) True XLOC_021791
TCONS_00043223 other downstream 894543 31667429 ~ 31667543 (+) True XLOC_021793
TCONS_00043229 other downstream 1160789 31933675 ~ 31940874 (+) True XLOC_021797

Expression Profile


//