RNA id: TCONS_00051708


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00051708
length 358
RNA type IG_V_pseudogene
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_026534
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34035192 ~ 34035631 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTGGATATTGTGTCCAAACTGGCATTTATCATGTTTGCTCTCACAAAACTCTGTTGGTGTCAAACACTGACCGAGTCTGAAGCGGTGGTCATTAAACATGGATCATGCATCAATCTCACACACTTGTACAGTCTTTGGATTCAGTGGTGATCCGTATTTGGCTTGGATCAGACAGACTGCGGGAGGAGGTCTGGAGTGGCTGGCGTACATTTCAAGTAGTGGTAGTACTACATACTACTCTCAGTCAGTTCAGAGACGCTTTACTATCTCCAGAGACAACAGCAAGAAACAGATGAATCTGCAGATAAATAATATGATGATTGAAGACACTGCTGTATATTATTGTGATGTATACAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000131464

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051677 lncRNA downstream 96371 33936453 ~ 33938821 (-) True XLOC_026512
TCONS_00051675 lncRNA downstream 99754 33922620 ~ 33935438 (-) False XLOC_026512
TCONS_00053065 lncRNA downstream 115997 33918566 ~ 33919195 (-) True XLOC_026511
TCONS_00051667 lncRNA downstream 344438 33681518 ~ 33690754 (-) True XLOC_026509
TCONS_00051659 lncRNA downstream 597460 33435754 ~ 33437732 (-) True XLOC_026506
TCONS_00053066 lncRNA upstream 104006 34139637 ~ 34141181 (-) True XLOC_026572
TCONS_00051762 lncRNA upstream 144176 34179807 ~ 34180432 (-) False XLOC_026573
TCONS_00051763 lncRNA upstream 144176 34179807 ~ 34180451 (-) True XLOC_026573
TCONS_00051771 lncRNA upstream 434523 34470154 ~ 34477363 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051773 lncRNA upstream 490311 34525942 ~ 34546406 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051707 mRNA downstream 694 34034048 ~ 34034498 (-) True XLOC_026533
TCONS_00051706 mRNA downstream 3173 34031577 ~ 34032019 (-) True XLOC_026532
TCONS_00051705 mRNA downstream 4257 34030460 ~ 34030935 (-) True XLOC_026531
TCONS_00051704 mRNA downstream 6298 34028457 ~ 34028894 (-) True XLOC_026530
TCONS_00051682 mRNA downstream 8014 33965579 ~ 34027178 (-) False XLOC_026515
TCONS_00051709 mRNA upstream 988 34036619 ~ 34041878 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051710 mRNA upstream 988 34036619 ~ 34042028 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051711 mRNA upstream 996 34036627 ~ 34037064 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051713 mRNA upstream 3122 34038753 ~ 34039242 (-) True XLOC_026536
TCONS_00051714 mRNA upstream 3999 34039630 ~ 34040063 (-) True XLOC_026537
TCONS_00051702 other downstream 11579 34023165 ~ 34023613 (-) True XLOC_026529
TCONS_00051678 other downstream 86404 33948669 ~ 33948788 (-) True XLOC_026513
TCONS_00051656 other downstream 610864 33424192 ~ 33424328 (-) True XLOC_026505
TCONS_00051635 other downstream 1061658 32972974 ~ 32973534 (-) True XLOC_026495
TCONS_00051585 other downstream 1847807 32186134 ~ 32187385 (-) False XLOC_026474
TCONS_00051712 other upstream 1850 34037481 ~ 34037881 (-) True XLOC_026535
TCONS_00051715 other upstream 11548 34047179 ~ 34047616 (-) True XLOC_026538
TCONS_00051716 other upstream 12574 34048205 ~ 34048653 (-) True XLOC_026539
TCONS_00051722 other upstream 23048 34058679 ~ 34058717 (-) True XLOC_026544
TCONS_00051725 other upstream 28324 34063955 ~ 34064936 (-) True XLOC_026547

Expression Profile

//