RNA id: TU198155


Basic Information

Item Value
RNA id TU198155
length 6934
RNA type TUCP
GC content 0.36
exon number 12
gene id G146753
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053125.1
NCBI id CM020922.1
chromosome length 39125861
location 28555552 ~ 28585067 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

agagagagagagagagagacagagagagagagagagagagagagacagagagaaagagagagagagagagagacagacagagagagagagagagaagtgagatTGTAGATtcagcacattttttttttacgttttctctcttttccctctctgcCCAACTCGATCTCGACCGGCTCCTGCCGGGCGCTTTTTTGCTAATCTGCATATTTCCCATGATGCCGATGGGTTTTTTAACTCCAGTCGGCCATgacgaaagagagagagagggaggagaaggagaaggtgACGGAGGAGGGAGCACGGAGACACTCGGCCGGTGTGTTTTACTCTTTTCATCTCGGGACGAAACGACTGCAgcaggattttattttttatttttttgaatcgATGGATTATTTTCCTCCCGGTGCCTCTTTTTCTCCCCCGGTTTAACGGAGGCTCGTGCtatttttcctcttcctcttctgctTCGTCTCTCCTTTCCTTGTTCTGTCTGTAAATCCATCACGTAGCAGCAGGAAGAGCTCACGAGAAATCGTCTTTCAGCTGCTGCAGACCGACATTTATTTAACTCTcctgtgcaaaaaaaaatcactagAAAATAATTCAAAAGTGGATTCAGGGTGCAGCTGGAAAACTCTGAAGTTAAATATTGCATATGCAGCGTCGGAGGGTGGTTGTGTTACTCTGCAGCTACTCGGATTACTTCTGGTTGTTAAcaagtaacgagtaactaaCCGAAAACAACGCTGAAGACGTACCGAAGGCTGCAGTCGAAAGTCTGGTGTCGAATTAATATTTTTGAAGTTATTTTTCAGTCAGACAGTTCCAGATTTAAATCTAAATTTGAGCCAGTTTCATTTAGTGTTATAGTCAAGAGTTCCTCGTTGTATTAAACGTTagattaaaaagagaaaatacatcTGATTGAGAGAGAGCTGCGACGCTGTTCAAAAAGTTGTGAACTTCTTAACTTTCCTGTTGTCCTCAGGAGTCAAATTTCTAATTTTacccctttttttaaaaaagtttctacatcagaactatgacaaaagaaagttgaaaaaagtgacaattgTTGGAAAAAACACAGGagaaaaatcgacaaaaacatcatttttttaacaaaaagcactgaaaaaagtgagcaaaatttggaaaaagtgacaacaaaaaaacaacatcaaaaacatcgtcaaaggtgacaaaaacttgttaaaaaaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaatcttgtttataaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgtcaattttttttttttttaaaaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaatcttgttaaaagaaaagcgagaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaaaattgttaaagaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaatctTGTTaaagaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaaaattgttaaaaaaagtgagaaaaaacatcggaaaaagcgcCGAAAATCTTgttgacaaaaacatatttaaaaaaaaaaaaaacggcaaaaaTTGACcacaaaaaaattggaaagaaagtgacaaaaaaataattggaATAAAATCGACAAAATCTTCAAGCAAAGGGTAGAAAAAGAGGGTTAAATAACTCAGCTTGTGTTTAGATTCCACAACTTTGACTCGAAAAAACTCattatatttttcaaaaaagtcTGTTTTTGGAGTCTGAATTACAGCATCGTATGTGAGttctttgtcgttttttttgtcTGCGCTCTTGACGTTTTCGTTCttgtttttccgacatttttgtcacgttTTTTCAACGTTCTCTCATCTATTCTTTTCTCCAAATGCcataatattgaataaaaaagtAGTGAACATTCATTATTACTtgtgatgtagaaactttttgGAAAACAGCTGGGTCAAATTGGACCCTGAACACAACAGGAGAGCTAAACAGACATTTTAAagacgatttaaaaaaaaaagacaaatacatCTGGTTGGCAAAGAGCTGTGACAGTGTTCACTCGGAAAGTTAAGTCAACTTATTAAGTAACTCAGCTTGTGTTTAGATTCGAGAACTTTGGCTCGAATAAAAAAACCATCATATATTTCTAGAAAAAAGGGTCTGTTTTTGGAGACTGAATTACAGTATTGTATCTGCAACTGCAACGAGCGCTTTTTCAGAGTCCTTACAAAAAATATGTGACATTTCctaaaggcaaggcaaggcagatttatttgtacagcacattttcagcaacagggcaattcaaagtgctttacataaaacattaaagagcagtttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaataactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaataactattcaaaaacattaaagagcagttaaaatctattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattaaaaaacatcaaagagcagttaaaaacgattaaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagattagttaaaaacgattaaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgatgcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagctgTTAAAAACGattcaaaaacattaaagagctgttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaataactattcaaaaacattaaagagcagttagaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaacagcagttaaaaactattcaaaaacattaaatagcagttaaaaaccattcaaaaacattaaagagctgttaaaaatgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttacaaaacattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaacagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaacagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagctAAAAACGattcaaaaacattaaagagcagttaataacgattcaaaaacattaaagagcagttaataacgattcaaaaacattaaagagcagttaataacgattcaaaaacattaaagagcagttaataacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaacgattcaaaaacattaaagagcagttaaaaactttCTGGAGGTACAGAAAAGGTAAAGAGTAGCATTTGTCTTTTAtactttactttattttgtaaaaccgaaaaaaaataaaacactgaagATGTACTGTCGAAAAGTCGAAAGTCTGGTGTCCATTGAATATTTTTGAAGTTATTTTTCAGTCAGACAGTTCCAGATTTAAATCTAAATTTGAGCTAGCTTCATTTAGTGTTATAGTCAAGAGTTCCTCGTAATATTAAATAGACATTTTTAAAgacgatttaaaaaaagacaagtaCAATCTGATTGACAGAGAGCTGTggaagtttctatatcagaactatgacaaaacaacgttgaaaaaaaagtgacaaatgttggaaaaatcgacaaaaacatggtttttatttaaaaaaaacactgaaaaaagtgagcaaaatttggaaaaagtgacaaaaaataccccatcaaaaacatcgccaaaggtgacaaaaacttgttaaaaaaagtgagaaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaatcttgtttaaaaaatttacaaaaacattaaaaaaataaaataaaacgctaaaaacactgaaaaaagtgaGCAAAATTAGGAAAACAAttaggaaaaagtgacaaaaaaatttgaataaaattgacaaaaacaacttttttattaaaacactgaaaaaagtgaGTAAAATTAGGAAAACAATTAGGAAGAAGCTACAAAAAAACCcgacaaaaacatattttaaaaaaaacactgaaaaaagagACCAAAAATAAGTttgaaaagtgaccaaaaaaaaagcaaatctaAAACATCGCCAGAGGtgacaaaaaagtgagaaaagacACCGAGTCGAAAGAGGTCCCGGCACCTGTCAAACGATTGGACAAACGTTTATAGAAAATATTATTATGTAATAAGTAGTTTCAACAATTTAAAATAACcagataaaaagaaataaagctgCACTCTTTAATGTTTACACGTTAGCGTACAGCAGCCAACTGTCTCTTAGCTCTCTTCTGCTGTTTTTGGggttgtattgtttgtttcGTATGTCATCGTAGTTGTTTAGAGTACGTTAACGTAGAGCGAACGTTATGTGGCtgaaaagggaaagaaaagtcattttattttgaaaaacaggGAGGACGttttgaggcttttttttttttttaacactgaaaaaagtgagcaaaaaaaacaccacatcaAAAACATCGTCAAAGGTGACggaaacttgttaaaaaaagtgacaaaaaacatcggaaaaagcgacaaaaatcttgtttaaaaaattgactaaaacatattttttttaaacgcccaaaagtgaaattttttttgattaaaatcgacaaaaacatctctttttttaaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU198201 lncRNA upstream 6858 28539345 ~ 28548694 (+) True LOC120572290
XR_005641415.1 lncRNA upstream 7443 28541107 ~ 28548109 (+) False LOC120572290
TU198204 lncRNA upstream 10603 28544240 ~ 28544949 (+) True G146783
TU198175 lncRNA upstream 10803 28465443 ~ 28544749 (+) True G146765
TU198193 lncRNA upstream 26384 28520927 ~ 28529168 (+) True G146778
TU198513 lncRNA downstream 139143 28724210 ~ 28778995 (+) False G146986
TU198512 lncRNA downstream 150286 28735353 ~ 28778995 (+) True G146986
TU198519 lncRNA downstream 174574 28759641 ~ 28763053 (+) True G146989
TU198510 lncRNA downstream 189892 28774959 ~ 28778995 (+) False G146986
TU198516 lncRNA downstream 193499 28778566 ~ 28778995 (+) False G146986
XM_039821513.1 mRNA upstream 88431 28451993 ~ 28467121 (+) True LOC120572276
XM_039821514.1 mRNA upstream 88431 28455026 ~ 28467121 (+) False LOC120572276
XM_039821902.1 mRNA upstream 108892 28409545 ~ 28446660 (+) True txk
XM_039821535.1 mRNA upstream 170242 28382955 ~ 28385310 (+) True LOC120572286
XM_039821531.1 mRNA upstream 259570 28275399 ~ 28295982 (+) False LOC120572284
XM_039821538.1 mRNA downstream 27709 28612776 ~ 28613543 (+) True LOC120572291
XM_039821904.1 mRNA downstream 32798 28617865 ~ 28651546 (+) True tec
XM_039821412.1 mRNA downstream 77553 28662620 ~ 28670821 (+) True LOC120572212
XM_039821906.1 mRNA downstream 97954 28683021 ~ 28704147 (+) True LOC120572584
XM_039821907.1 mRNA downstream 121556 28706623 ~ 28711060 (+) True LOC120572585
TU198128 other upstream 136440 28331156 ~ 28419112 (+) False G146744
TU198160 other upstream 154202 28399266 ~ 28401350 (+) True G146757
TU198127 other upstream 183131 28331156 ~ 28372421 (+) False G146744
TU198139 other upstream 201884 28350866 ~ 28353668 (+) True G146747
TU198142 other upstream 201884 28350866 ~ 28353668 (+) False G146747
TU198209 other downstream 32857 28617924 ~ 28631108 (+) False tec
TU198224 other downstream 53683 28638750 ~ 28651513 (+) False tec
TU198223 other downstream 54013 28639080 ~ 28651513 (+) False tec
TU198568 other downstream 444415 29029482 ~ 29065509 (+) False G147035
TU198572 other downstream 444415 29029482 ~ 29065509 (+) False G147035

Expression Profile