RNA id: TCONS_00003080


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003080
length 286
lncRNA type antisense_over
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_000335
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 28472199 ~ 28473413 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTCTGTTCAAGTTTAGTGTGCCGTGAAACCAAAAGTCAAAACGACTACAGTTTTTGCAGCCTCAACTGAAAATCCAGACTCCACCCAACTCTAAACCTCATGAGGTCAAAGAACTGACTGAATTCCTCACATCAAAAAAGATACCTACCCTTGGCCACAGTGGACGGAGTTGGCACATGGTGTCCCCATCCTTGATTGCTTGACTGAAATTCTTCATTTCCATACACAACTCTGCCCGCTGAGCCAGGAGCCTACCTATAGAGGGCTCTGTGAAGAAATAAAGATG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000568 lncRNA upstream 436051 28031697 ~ 28036148 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000570 lncRNA upstream 436051 28031708 ~ 28036148 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000566 lncRNA upstream 477146 27977389 ~ 27995053 (+) False XLOC_000332
TCONS_00003079 lncRNA upstream 755948 27713379 ~ 27716251 (+) False XLOC_000329
TCONS_00003078 lncRNA upstream 1731050 26740115 ~ 26741149 (+) True XLOC_000327
TCONS_00000576 lncRNA downstream 430357 28903770 ~ 28904635 (+) True XLOC_000336
TCONS_00000577 lncRNA downstream 595236 29068649 ~ 29071356 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000585 lncRNA downstream 700782 29174195 ~ 29180648 (+) True XLOC_000340
TCONS_00000588 lncRNA downstream 704732 29178145 ~ 29179934 (+) False XLOC_000341
TCONS_00000587 lncRNA downstream 704732 29178145 ~ 29179934 (+) False XLOC_000341
TCONS_00000575 mRNA upstream 276932 28089703 ~ 28195267 (+) True XLOC_000334
TCONS_00000574 mRNA upstream 424957 28031892 ~ 28047242 (+) True XLOC_000333
TCONS_00000569 mRNA upstream 425393 28031697 ~ 28046806 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000571 mRNA upstream 426202 28031708 ~ 28045997 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000573 mRNA upstream 435728 28031754 ~ 28036471 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000578 mRNA downstream 595241 29068654 ~ 29093562 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000580 mRNA downstream 597248 29070661 ~ 29092999 (+) True XLOC_000337
TCONS_00000581 mRNA downstream 623468 29096881 ~ 29100923 (+) True XLOC_000338
TCONS_00000582 mRNA downstream 667471 29140884 ~ 29164911 (+) False XLOC_000339
TCONS_00000583 mRNA downstream 667568 29140981 ~ 29142498 (+) False XLOC_000339
TCONS_00000565 other upstream 470262 27977370 ~ 28001937 (+) False XLOC_000332
TCONS_00000567 other upstream 476588 27984393 ~ 27995611 (+) True XLOC_000332
TCONS_00000557 other upstream 741219 27713349 ~ 27730980 (+) False XLOC_000329
TCONS_00000518 other upstream 2352575 26111385 ~ 26119624 (+) True XLOC_000317
TCONS_00000495 other upstream 3351994 25120089 ~ 25120205 (+) True XLOC_000301
TCONS_00000579 other downstream 595249 29068662 ~ 29080336 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000608 other downstream 1358346 29831759 ~ 29860373 (+) False XLOC_000356
TCONS_00000617 other downstream 1692540 30165953 ~ 30166065 (+) True XLOC_000360
TCONS_00000618 other downstream 1753978 30227391 ~ 30227505 (+) True XLOC_000361
TCONS_00000628 other downstream 2482512 30955925 ~ 30965004 (+) True XLOC_000366

Expression Profile

//