RNA id: TCONS_00000576


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000576
length 330
lncRNA type lincRNA
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_000336
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 28903770 ~ 28904635 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aataagaacCTCTGATGGCTCTAACACCATTTGTTCTGTTTTCACACCTCTGAGGGCACTGTCCTGTACTTCCCATGGTTGAGTCCGCAAAAAACTATGCTAATGAAGCTGCACTGAGACAAACATCAGAAAAGCATGGAAAAGAACCTCTATccattACCATTAATTAGATGTTGAAAATCTGAATGCATATTTAGACAAATGGCTGCATCTGAGCAAGTGTCGTGATGACGTGTGCAAGAAGTACAGCATCAAGCACTCAAACAGTTGATTTTGGGCATTGCTGGACATTAAAAGAGctccccattcacacggggcttcagcatcaac

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000152730

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003080 lncRNA upstream 430357 28472199 ~ 28473413 (+) True XLOC_000335
TCONS_00000568 lncRNA upstream 867622 28031697 ~ 28036148 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000570 lncRNA upstream 867622 28031708 ~ 28036148 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000566 lncRNA upstream 908717 27977389 ~ 27995053 (+) False XLOC_000332
TCONS_00003079 lncRNA upstream 1187519 27713379 ~ 27716251 (+) False XLOC_000329
TCONS_00000577 lncRNA downstream 164014 29068649 ~ 29071356 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000585 lncRNA downstream 269560 29174195 ~ 29180648 (+) True XLOC_000340
TCONS_00000588 lncRNA downstream 273510 29178145 ~ 29179934 (+) False XLOC_000341
TCONS_00000587 lncRNA downstream 273510 29178145 ~ 29179934 (+) False XLOC_000341
TCONS_00000591 lncRNA downstream 279337 29183972 ~ 29185269 (+) True XLOC_000342
TCONS_00000575 mRNA upstream 708503 28089703 ~ 28195267 (+) True XLOC_000334
TCONS_00000574 mRNA upstream 856528 28031892 ~ 28047242 (+) True XLOC_000333
TCONS_00000571 mRNA upstream 857773 28031708 ~ 28045997 (+) False XLOC_000333
TCONS_00000578 mRNA downstream 164019 29068654 ~ 29093562 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000580 mRNA downstream 166026 29070661 ~ 29092999 (+) True XLOC_000337
TCONS_00000581 mRNA downstream 192246 29096881 ~ 29100923 (+) True XLOC_000338
TCONS_00000582 mRNA downstream 236249 29140884 ~ 29164911 (+) False XLOC_000339
TCONS_00000583 mRNA downstream 236346 29140981 ~ 29142498 (+) False XLOC_000339
TCONS_00000565 other upstream 901833 27977370 ~ 28001937 (+) False XLOC_000332
TCONS_00000567 other upstream 908159 27984393 ~ 27995611 (+) True XLOC_000332
TCONS_00000557 other upstream 1172790 27713349 ~ 27730980 (+) False XLOC_000329
TCONS_00000518 other upstream 2784146 26111385 ~ 26119624 (+) True XLOC_000317
TCONS_00000495 other upstream 3783565 25120089 ~ 25120205 (+) True XLOC_000301
TCONS_00000579 other downstream 164027 29068662 ~ 29080336 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000608 other downstream 927124 29831759 ~ 29860373 (+) False XLOC_000356
TCONS_00000617 other downstream 1261318 30165953 ~ 30166065 (+) True XLOC_000360
TCONS_00000618 other downstream 1322756 30227391 ~ 30227505 (+) True XLOC_000361
TCONS_00000628 other downstream 2051290 30955925 ~ 30965004 (+) True XLOC_000366

Expression Profile

//