RNA id: TCONS_00008640


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00008640
length 384
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_003573
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 33218729 ~ 33224745 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atttattcagttcCACTCCGAAGAGGCATAAGCTTCACCATCAGAAATATGTTCCTGCAAGAGAAATTGAAGTCTACAAATAAGTCCATAAGAGACTCATGCATGCATGTTTGACTGACAGATGGAGGACTGAATAATGCAACTCAGACTTTGCCAAAAACAGCACTACACAGTTGCTATGGAGGCAATGCTTCAACACAGCACTCCAGGctaaataatgaaatgtaaatgagGGCCATAGGAAGTTGGGTAAAGACAGAAGGTATAGCATGGAGCTCAAGAGAAATGGCTGCTGAGATCTGGATCTCCAGACTCACTCGTTTTCCCTCACCTCCAGCTTATCTTTTTAGCCTCGGGTGGAGTTGAATAAACATGCAATCCCAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00006986 lncRNA upstream 43048 33172345 ~ 33175681 (+) True XLOC_003572
TCONS_00006984 lncRNA upstream 43411 33172336 ~ 33175318 (+) False XLOC_003572
TCONS_00006985 lncRNA upstream 44397 33172338 ~ 33174332 (+) False XLOC_003572
TCONS_00008639 lncRNA upstream 458561 32751641 ~ 32760168 (+) False XLOC_003571
TCONS_00006983 lncRNA upstream 458561 32752320 ~ 32760168 (+) True XLOC_003571
TCONS_00008641 lncRNA downstream 87831 33312576 ~ 33342244 (+) False XLOC_003575
TCONS_00008410 lncRNA downstream 87948 33312693 ~ 33329758 (+) False XLOC_003575
TCONS_00008642 lncRNA downstream 619463 33844208 ~ 33850289 (+) True XLOC_003579
TCONS_00008645 lncRNA downstream 1172822 34397567 ~ 34402807 (+) False XLOC_003581
TCONS_00008646 lncRNA downstream 1172822 34397567 ~ 34402807 (+) False XLOC_003581
TCONS_00006973 mRNA upstream 1063517 31864921 ~ 32155212 (+) True XLOC_003562
TCONS_00006969 mRNA upstream 1153695 31680513 ~ 32065034 (+) False XLOC_003562
TCONS_00006970 mRNA upstream 1392843 31680557 ~ 31825886 (+) False XLOC_003562
TCONS_00006971 mRNA upstream 1392845 31730680 ~ 31825884 (+) False XLOC_003562
TCONS_00006966 mRNA upstream 1597055 31609481 ~ 31621674 (+) True XLOC_003560
TCONS_00006987 mRNA downstream 60092 33284837 ~ 33291898 (+) False XLOC_003574
TCONS_00006988 mRNA downstream 60173 33284918 ~ 33291390 (+) True XLOC_003574
TCONS_00006989 mRNA downstream 87856 33312601 ~ 33558093 (+) False XLOC_003575
TCONS_00006990 mRNA downstream 201509 33426254 ~ 33558093 (+) False XLOC_003575
TCONS_00006991 mRNA downstream 201765 33426510 ~ 33554791 (+) True XLOC_003575
TCONS_00006982 other upstream 622141 32596473 ~ 32596588 (+) True XLOC_003570
TCONS_00006976 other upstream 1026858 32191757 ~ 32191871 (+) True XLOC_003566
TCONS_00006975 other upstream 1232685 31985928 ~ 31986044 (+) True XLOC_003565
TCONS_00006974 other upstream 1295504 31923111 ~ 31923225 (+) True XLOC_003564
TCONS_00006972 other upstream 1378540 31840068 ~ 31840189 (+) True XLOC_003563
TCONS_00006992 other downstream 204129 33428874 ~ 33428992 (+) True XLOC_003576
TCONS_00006995 other downstream 593444 33818189 ~ 33827111 (+) True XLOC_003578
TCONS_00006996 other downstream 1010611 34235356 ~ 34237091 (+) False XLOC_003580
TCONS_00007005 other downstream 1823897 35048642 ~ 35055532 (+) False XLOC_003587
TCONS_00007007 other downstream 1868860 35093605 ~ 35093722 (+) True XLOC_003588