G212912


Basic Information

Item Value
gene id G212912
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000050
NCBI id null
chromosome length 7556436
location 2783623 ~ 2797904 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU241476
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU241476 True 13698 lncRNA 0.37 2 2783623 2797904

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000050_02778979_02781848 NA coding upstream 978 2778979 ~ 2782645 (+)
CI01000050_02758917_02764495 SLD5, GINS4 coding upstream 18593 2758917 ~ 2765030 (+)
CI01000050_02745996_02750915 NA coding upstream 32391 2745996 ~ 2751232 (+)
CI01000050_02697366_02720081 DBNL, DBNLB coding upstream 62426 2697366 ~ 2721197 (+)
CI01000050_02676712_02678594 UBE2D4, UBE2D4.L coding upstream 104990 2676712 ~ 2678633 (+)
CI01000050_02814263_02825948 POLR3D coding downstream 16359 2814263 ~ 2826153 (+)
CI01000050_02833976_02838912 NA coding downstream 35984 2833888 ~ 2839484 (+)
CI01000050_02852118_02864754 RNF122 coding downstream 54214 2852118 ~ 2865822 (+)
CI01000050_02878198_02942065 VPS13A coding downstream 80294 2878198 ~ 2942735 (+)
CI01000050_02978801_02980782 CEP78 coding downstream 180897 2978801 ~ 2980782 (+)
G212930 NA non-coding upstream 6851 2776343 ~ 2776772 (+)
G212929 NA non-coding upstream 7403 2775994 ~ 2776220 (+)
G212928 NA non-coding upstream 7746 2775441 ~ 2775877 (+)
G212888 NA non-coding upstream 172148 2609021 ~ 2611475 (+)
G212840 NA non-coding upstream 186036 2594983 ~ 2597587 (+)
G212933 NA non-coding downstream 6088 2803992 ~ 2804311 (+)
G212934 NA non-coding downstream 10656 2808560 ~ 2808917 (+)
G212943 NA non-coding downstream 31656 2829560 ~ 2830995 (+)
G212948 NA non-coding downstream 70661 2868565 ~ 2868795 (+)
G212950 NA non-coding downstream 72995 2870899 ~ 2871163 (+)
G212927 NA other upstream 8490 2774839 ~ 2775133 (+)
CI01000050_01691894_01697791 SULT1ST2, SULT1ST3 other upstream 1086215 1691374 ~ 1698973 (+)
CI01000050_01296683_01297763 SELENOK other upstream 1484017 1296365 ~ 1298255 (+)
G212184 NA other upstream 2349417 433684 ~ 434206 (+)
G212006 NA other upstream 2645612 82604 ~ 138011 (+)
CI01000050_03807697_03808793 CLCN5B, CLCN5 other downstream 1007239 3805143 ~ 3808870 (+)
CI01000050_03938328_03956122 RHOBTB2 other downstream 1152698 3931890 ~ 3957044 (+)
G214717 NA other downstream 1309678 4107582 ~ 4108280 (+)
CI01000050_04591548_04592778 NA other downstream 1793651 4589926 ~ 4593049 (+)

Expression


Co-expression Network