RNA id: TCONS_00034007


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00034007
length 6733
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 3
gene id XLOC_016985
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 57490867 ~ 57580290 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tttttccccaattttttttttatttgacttaatTATTCAAAACACACAATTGTATTTACCAATACTTTTCTTTTTAGTTCACTGATGTTCTATAACAGTTTACACTCAGGTTTAGCCACCTCCAAAGGATCAACATATGAACATACTGTAAGTTATACTGTACAGTTCATAACCATTGAGATCGAGACTGGGAAGAGAAACACTCAGAGCGGGAAAGCAGCTGTGTTAAACGTctgtttaataatattgtgattttacagattatatttaaatgaatagcaAATGTAAATCTGTGGGGCTCTATTTATCATTGGATGTGAAATATTCCTACTTCAAATCCAAAACCTTTTTTAATTaatggttaatattattattattattattatttattattgttatatggTAAATTAGTGAAATGTTGGAGTTTTCAATCGTGCTCACACTTTCAAAACAAGCAGATTTTTGTCAGTTAAGTTGCGTTAAACTCCATTATCATGCAGACTTTTAGTGTGTCATATTTACTGCATTTCTCCCGCCAAATTTTACTGACTTAAAAACTGACCAATATATTCAGAACTAAACAGCTGACACTCGGTAATGTTGTTTTCTTAGTTGCTCAGAACGGACAGAAACCAATATCAGGACAGAAGTGTTGAGCGTAGGcacttttttggggggggggaatggtggataatattatattttatatggaTCTCCTCACAACACCCTGAGTCACGTGAGGATGACGTCATTCGAGAGGAAGTTGGCGGGAACGCGAGGAGGAATTGGTTTCTTGGGGAAGGTGTTTGCATAGCTCTCAGTGCTGCGCTCGTCTGTTCGGATGGATCAAAATCAACACAGGTAAACAGCAGTTCAGTGTTTCATATGTCTAGTTGTCTAACAACCATCTGGATGCAAAATCTTAATTTTAAGGAAAATGTACACTCCTTGCCATGTCTACGGGTTTCCCGcgaaatttacatttaaatcgtCACCGCGGGTTTTTCCCGGGCAAATAAAGGTTTTAAGTAGTCCATCAATTTAATTTGACTGAAATAGTCTGTCTGTCATGATAAGATTAAGAGAGTCACTGAGGCTTGATTTCCTTTATGAAAACAAACTGTGTATGAATCATTCTACCCTAACAAaagtaaacaatgattttaatatagtaaaatgtattaaacatattttccctttgtcttttttttttggcaaacttTGACAATAGGTCTTGCCATGTCTTAAAATCATCACTGCAAGTTTCCCCCTAACAAGTTAAAAGTTTTATAAGTCGTGGACGcctctctctctattctgccgccacagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgccgccctctctattctgctgctctctctattctgccgccctctctattctgccgccctagacgcggatataattgaGGGCGCggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgccgccctctctattctgctgctctctctattctgccgccctctctattctgccgccctagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgctgccctagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgccgccctagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggaTGCCgcactctctattctgccgccctctctattctgctgccctagacgcggatataccTGAGGGCGCggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattttgccgccctctctattctgccgccctagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgccgccctctctattctgctgccctagacgcggatataactgagggcgcggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattctgccgccctctctattctgctgccctagacgcggatataccTGAGGGCGCggatggtgagggtagtgttggggatgccgctctctctattttgccgccctctctattctgctgccctagacgcggatataactgagagcgcgggtggcgagggtagtttcagggaggctgctctctctattctgccgccctaggcggtcGCTTTTATGGACGCGCTGGCCCTGGCTgtggtgctgtcccaattcttaggggctAAATTTTGAAGTCCTTCCcattaaccctcggttgtaagggggTAGTGGTACAAAAATTAGAATTGGGATAGGGcctaattatcttccttacaataacatctgtttttaatgttttttttaatgttttaattggaCCATTAGGAAAACAATCCTTACCATTAAGCCatgtgtaagtctgaaatttcattcgtAATATtctaaaaaatgtcttaaaaagtcttaaatttgacttgatgaaacctgtggAAACCCTggtacaaataaaatcaaacaccAATGTAGCAACAAATTACCCTTGCTTTTTCTGCACTAACCACACTTTAACCTCAGTATTTGTGAAACCCAGGTTATACAAATTATCAATCCACCAAAACATTGGCGTTCATGGTTAAACAGTGTATAATCTTTAACAAGATCTTGTAACATATGTATTTTGGGTATTGTAGTCGATTTTTTGGTTAGTTGGGTCAGTTTTGGTATACGACCTGGCAACCCTGCGTACAGTGAATTCAGGCATCATGCGTGTTTGGAAGAGCAGAAGGGttgtaaatgatgacattttggAGTGAATTAACCCATGGATCAAGCTGCTTCTGTCTAAAAGCCTCTGTGGAAAATGACTAAAATCAGAGCTGTTCTGCAATACAGTTACCATGGCAATCTGCAAGGAAAATCTATATTATGCTTTCAGAAGCGTGGAGCGTTTAAACACACAGCTGCATTCATGGCTCACGGCGTTTCTTTCCCAGTCTCGAGCCTTTACAGTGACCGTCTCTCTAGCGCTCTTTTCTCGTCTTTTGTTCTTCTCCTTATTGGAAATTGATTGTCTTCTACCATCACAAAGACACATGGTTCTGATTGATTCTCTGGTACCAGAGGAAGGAGGAGGATTCGCCCGCAGGGGTTTCGGATCTCCACACACTGGGAGATTTCGAACAATGCCTGTTGTTTACGTGTGTGTGAGATGTCTGCATCTTAAACCAAATAGGAATGGACAGATAAAAAAGTGAATCTTAAAAAAACCAGGCAAGAACGTGTCCAGCTCGTGTAACACTCAGAATCTGAAGAGATGTCAAATCAAATGCACGACAATTCTTATATTTAAAACCATGAGAACAGATATTTTGTATTATAAGCGATGTTTCTTTTCGCATCATAGTACAGTTTATATCAATTCAAAACATTTACATTATCAACAATAACTTGAATATACACTCTACAAAATGCTGAGTTGTCGTAACCCCACACTGAGTAAAATATGGCCAACTTAACATTGGGGTAATTctttaattacatttacattatcatTTTTAACTCAACAGTTGGGTGTCTATGTTTGACTCACCATTGGGTTAcaacagggatgtcaaactcaagctgcgtcccaaatggcacactatacactcatgcactatgatatgtatgtagtgtcgtcccaaatggcacactaatgtttttttctaagcggaaattcaaaccgtttccctgatgacgtttgacggttgccaaatcagtgaaataaatgagcaaactaTCAGATAAtcccatcgggaggcgctataatcactctagtaggagaattttgctttcaacatccaaaataaataaagttatccaacatgtgcgcccgatagctccgccccttccgctacatgagcaaacctgcggtcgttgagtgcgtgaagtgtccatcattacacacttcattatactggctgaatgagtgcatcatccgggtaattcaagtgcacttattattgttaGAGTTTTCGGTCTGAACACACTACTTGCACAATTTATActaaatggcgtagaatagtgcataagtatgcgatttgggacgcagcttcagttcctggagggccgcagctctgcacagttttgttccaaccctaattaaacacacctgatcaaactaattgagtcattcaggcttgttagaaacctgcaggtaagtgtgttgaagaagagttggaactaaactgtgggttgtggccctccaggaattgagtttgacatccctgagtTACAACATCCCACTGTATTTTAGAATGcgttattatttttagaaatgcacTCAAATATACTGGGTAGTTGTAACCCTTTATTGGGTTAAATGTGGACAAACTCAGCAATTTAGGTTAAaaagtatcatttaaaaaaaggaatcCAACATTACATTTGTCTATgtttgacccagcattgggttacAACATGccagtatattttaaaatgcattactaTTTTTAGTTAATATACTGGGTTGCTGTAACCCAACAATGGATTAAATATAGCCATTTATGTTAAAAGgtaatttagtaaaaataactCAACATTGGGTTTATCtacatttgacccaacattgagttacaacaacccagcattattAGAATGTATGATGATTTGTGCTGATGCGAAAAGCAGTACCTATAAGAACACCTCTGCTTTCTTAatgcaaacattttattattaggtCAAATATGAGTCAGACATTACTTTGTAATATTCACGTATCAATGTcgggttgttttaacccattgTTAGGTAATATATAGACAAGCAAAACCAAAATTGGgttaattttttcaattaaatttaaatgacacattttaaccCAATTGTTGTCCCTGGAATGATATGCAGGGTTGTTtgaacccaacattgggtcaaatatggattaACTC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Function

GO:

id name namespace
GO:0048468 cell development biological_process
GO:0006928 movement of cell or subcellular component biological_process
GO:0030154 cell differentiation biological_process
GO:0048869 cellular developmental process biological_process
GO:0060284 regulation of cell development biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033158 lncRNA downstream 99434 57459138 ~ 57473919 (-) True XLOC_016984
TCONS_00033429 lncRNA downstream 138732 57433995 ~ 57434621 (-) True XLOC_016983
TCONS_00033154 lncRNA downstream 152714 57417060 ~ 57420639 (-) True XLOC_016982
TCONS_00034003 lncRNA downstream 167625 57400996 ~ 57405728 (-) True XLOC_016981
TCONS_00034002 lncRNA downstream 168451 57400996 ~ 57404902 (-) False XLOC_016981
TCONS_00034008 lncRNA upstream 1381 57581671 ~ 57585368 (-) False XLOC_016986
TCONS_00034009 lncRNA upstream 1381 57581671 ~ 57586197 (-) True XLOC_016986
TCONS_00033430 lncRNA upstream 150046 57730336 ~ 57752904 (-) True XLOC_016988
TCONS_00034010 lncRNA upstream 221364 57801654 ~ 57811814 (-) True XLOC_016989
TCONS_00033162 lncRNA upstream 248420 57828710 ~ 57831141 (-) False XLOC_016990
TCONS_00033156 mRNA downstream 99362 57447105 ~ 57473991 (-) False XLOC_016984
TCONS_00033157 mRNA downstream 99373 57448301 ~ 57473980 (-) False XLOC_016984
TCONS_00033155 mRNA downstream 104238 57447105 ~ 57469115 (-) False XLOC_016984
TCONS_00033152 mRNA downstream 130143 57416844 ~ 57443210 (-) False XLOC_016982
TCONS_00033153 mRNA downstream 130143 57416851 ~ 57443210 (-) False XLOC_016982
TCONS_00033159 mRNA upstream 29001 57609291 ~ 57707039 (-) True XLOC_016987
TCONS_00033160 mRNA upstream 245142 57825432 ~ 57837838 (-) False XLOC_016990
TCONS_00033161 mRNA upstream 245271 57825561 ~ 57834983 (-) False XLOC_016990
TCONS_00033164 mRNA upstream 299057 57879347 ~ 57891504 (-) True XLOC_016991
TCONS_00033165 mRNA upstream 312376 57892666 ~ 57900437 (-) False XLOC_016992
TCONS_00033146 other downstream 286095 57268782 ~ 57287258 (-) False XLOC_016979
TCONS_00033145 other downstream 304195 57268781 ~ 57269158 (-) False XLOC_016979
TCONS_00033137 other downstream 469868 57103401 ~ 57103485 (-) True XLOC_016974
TCONS_00033134 other downstream 511560 57058078 ~ 57061793 (-) True XLOC_016972
TCONS_00033120 other downstream 1530723 56042512 ~ 56042630 (-) True XLOC_016962
TCONS_00033170 other upstream 360390 57940680 ~ 57941863 (-) True XLOC_016993
TCONS_00033188 other upstream 1056386 58636676 ~ 58636792 (-) True XLOC_017010
TCONS_00033190 other upstream 1287819 58868109 ~ 58869453 (-) True XLOC_017015
TCONS_00033196 other upstream 1457905 59038195 ~ 59038312 (-) True XLOC_017019
TCONS_00033197 other upstream 1521879 59102169 ~ 59102252 (-) True XLOC_017022

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) TU2402219 True 839 lncRNA 0.43 1 NC_048592.1 7221288 ~ 7222126 (-)