RNA id: TCONS_00051749


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00051749
length 376
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_026565
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34098259 ~ 34098731 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AACATCTCTAACCATGGTCTCCTCTGCCTTTTGTCTATATCTGCTGCTGGCTGCTGTCTCTTATGTCCACTGTGTTGAACTGACCCAGACTGACTCTATTGTATTAAAGCCTGGTGAGGTTTTGACTCTGTCCTGTAAAATCTCTGGATATTCAGTCACTGATGGCAGCTACTGGACCCACTGGATACGACAGGCTGCAGGAAAAGCTCTGGAATGGATTGGGCAGATTGGTGCCAATGGCTACACAAATTATAATGATAAACTGAATAGTAGATTTATATTGACCAAACACACTTCCAGCAACACGGAGACTCTGAGTGGACAGAATATGCAGACTGAGGACACAGCTGTGTATTACTGCGCCAGAGAGAGATAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000150999

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051677 lncRNA downstream 159438 33936453 ~ 33938821 (-) True XLOC_026512
TCONS_00051675 lncRNA downstream 162821 33922620 ~ 33935438 (-) False XLOC_026512
TCONS_00053065 lncRNA downstream 179064 33918566 ~ 33919195 (-) True XLOC_026511
TCONS_00051667 lncRNA downstream 407505 33681518 ~ 33690754 (-) True XLOC_026509
TCONS_00051659 lncRNA downstream 660527 33435754 ~ 33437732 (-) True XLOC_026506
TCONS_00053066 lncRNA upstream 40906 34139637 ~ 34141181 (-) True XLOC_026572
TCONS_00051762 lncRNA upstream 81076 34179807 ~ 34180432 (-) False XLOC_026573
TCONS_00051763 lncRNA upstream 81076 34179807 ~ 34180451 (-) True XLOC_026573
TCONS_00051771 lncRNA upstream 371423 34470154 ~ 34477363 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051773 lncRNA upstream 427211 34525942 ~ 34546406 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051748 mRNA downstream 1272 34096513 ~ 34096987 (-) True XLOC_026564
TCONS_00051746 mRNA downstream 3038 34094760 ~ 34095221 (-) True XLOC_026515
TCONS_00051745 mRNA downstream 5345 34092458 ~ 34092914 (-) True XLOC_026562
TCONS_00051744 mRNA downstream 6903 34091300 ~ 34091356 (-) True XLOC_026561
TCONS_00051743 mRNA downstream 7803 34089983 ~ 34090456 (-) True XLOC_026560
TCONS_00051750 mRNA upstream 1541 34100272 ~ 34100700 (-) False XLOC_026563
TCONS_00051751 mRNA upstream 2900 34101631 ~ 34102075 (-) True XLOC_026566
TCONS_00051753 mRNA upstream 7315 34106046 ~ 34106471 (-) True XLOC_026567
TCONS_00051754 mRNA upstream 8466 34107197 ~ 34107685 (-) True XLOC_026568
TCONS_00051755 mRNA upstream 14679 34113410 ~ 34113838 (-) True XLOC_026569
TCONS_00051740 other downstream 11776 34086041 ~ 34086483 (-) True XLOC_026558
TCONS_00051725 other downstream 33323 34063955 ~ 34064936 (-) True XLOC_026547
TCONS_00051722 other downstream 39542 34058679 ~ 34058717 (-) True XLOC_026544
TCONS_00051716 other downstream 49606 34048205 ~ 34048653 (-) True XLOC_026539
TCONS_00051715 other downstream 50643 34047179 ~ 34047616 (-) True XLOC_026538
TCONS_00051752 other upstream 4226 34102957 ~ 34103365 (-) True XLOC_026563
TCONS_00051772 other upstream 427211 34525942 ~ 34546399 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051781 other upstream 553579 34652310 ~ 34656737 (-) False XLOC_026581
TCONS_00051782 other upstream 554241 34652972 ~ 34654998 (-) False XLOC_026581
TCONS_00051787 other upstream 644848 34743579 ~ 34753541 (-) True XLOC_026582

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) LOC117598913 True 404 V_segment 0.45 2 NC_047607.1 22107604 ~ 22108104 (+)