RNA id: TCONS_00059551



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00059551
length 351
lncRNA type lincRNA
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_030490
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 56258431 ~ 56259830 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcaccagagctcatttgatagcacatattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggctttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattattgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattgtgaagttaaa

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000164813

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061795 lncRNA upstream 72487 56184865 ~ 56185944 (+) True XLOC_030487
TCONS_00061471 lncRNA upstream 164235 56093930 ~ 56094196 (+) True XLOC_030485
TCONS_00059543 lncRNA upstream 311750 55945798 ~ 55946681 (+) True XLOC_030482
TCONS_00061469 lncRNA upstream 351718 55905187 ~ 55906713 (+) False XLOC_030481
TCONS_00061468 lncRNA upstream 351721 55905158 ~ 55906710 (+) False XLOC_030481
TCONS_00061796 lncRNA downstream 173822 56433652 ~ 56438669 (+) True XLOC_030493
TCONS_00061797 lncRNA downstream 214780 56474610 ~ 56508203 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061798 lncRNA downstream 214785 56474615 ~ 56510202 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061799 lncRNA downstream 214883 56474713 ~ 56508203 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061800 lncRNA downstream 214890 56474720 ~ 56508203 (+) False XLOC_030494
TCONS_00059548 mRNA upstream 132662 56119975 ~ 56125769 (+) True XLOC_030486
TCONS_00059546 mRNA upstream 230655 56023186 ~ 56027776 (+) False XLOC_030484
TCONS_00059547 mRNA upstream 230655 56026031 ~ 56027776 (+) True XLOC_030484
TCONS_00059544 mRNA upstream 268658 55984270 ~ 55989773 (+) False XLOC_030483
TCONS_00059552 mRNA downstream 8606 56268436 ~ 56274174 (+) True XLOC_030491
TCONS_00059553 mRNA downstream 18036 56277866 ~ 56306081 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059554 mRNA downstream 18040 56277870 ~ 56305724 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059555 mRNA downstream 18049 56277879 ~ 56280674 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059559 mRNA downstream 705347 56965177 ~ 56997795 (+) False XLOC_030495
TCONS_00059550 other upstream 265 56256188 ~ 56258166 (+) True XLOC_030489
TCONS_00059549 other upstream 9696 56246736 ~ 56248735 (+) True XLOC_030488
TCONS_00059541 other upstream 586849 55671466 ~ 55671582 (+) True XLOC_030479
TCONS_00059516 other upstream 2149917 54106010 ~ 54108514 (+) True XLOC_030460
TCONS_00059514 other upstream 2395197 53824969 ~ 53863234 (+) True XLOC_030458
TCONS_00059556 other downstream 30305 56290135 ~ 56305811 (+) True XLOC_030492
TCONS_00059578 other downstream 1777942 58037772 ~ 58037886 (+) True XLOC_030510
TCONS_00059579 other downstream 1952331 58212161 ~ 58212284 (+) True XLOC_030511
TCONS_00059581 other downstream 2112393 58372223 ~ 58382646 (+) True XLOC_030512
TCONS_00059609 other downstream 3176670 59436500 ~ 59479829 (+) False XLOC_030529

Expression Profile


//