RNA id: TU242171


Basic Information

Item Value
RNA id TU242171
length 4396
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 3
gene id G178896
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053128.1
NCBI id CM020925.1
chromosome length 37416781
location 30088279 ~ 30183476 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

CACCGGCGCCACGCAGCATGCTCACACCTTAACTGTCGTTCGTAACCGACTCTCTTTGTAACGAACGTCGCGATGACGAGCTACTGAAGCTACGACAATGGTTGAAATTATAGTATCACGCTGTTTATGTAAACTTCCAGTTTCATCGTGGTGACATTGACTACAGTTATATGCTGTGGATGGTATTTTAATTGCATGATATTCCGAGTTAATAACATTGGTTCGTTGGGTGTTATCGTGcattttgtgttctttttttggACTGAACTGCTGGCACGCTATACTCTATTGCCTCTATTTTCTGGGCTCTGTAAGTGCATCAACTAttctttgtgtttgtatgaTAGCGTAGTTTATGAGGATACTGGCGAGGATCATGACAGAATATGCCTTTTAAAAGAATTTGCTGGATCCAgatcagctttaaaaaaaaaaatagctctTTACTGTatggaagacaaaaaaaatcctatttaatcactcacgttttttttttctcgaatAAATCTGACTGAAAATAATGCCACAACTCAGATTTCACGTCAGGGTCTTAAACGCACAATAGGCCTATGTCAGAACTAAAACTAAAAGGCACTTTCACTTTCTCCCGTTAGGATCCCTTCAGTGTTCATCGTTCAGGAGAGTTTTTAATCCTCAGAGGCAGGGGCGagtctaggatcagacctttaggggggctcagcccctaatgagaatgtgacatggATACAGTGCTTTGTCAGTGTTAAGCCCAACATCAGCTAAggctttttttgacactattaacagTATGATGGAACTAGACCTGACActtataagtcacagtaatagCGACCAATTCGACACACTGTGCTAACATTCAGTAATTTTTTttgcttacgtttcaatttgggttcttaTCTGCACCATGAaatgaccaacttcttctctggggagtACCAACGTTAAACTACACAACCGTCTCCTGCTCCCCCTCGgacagatcagatagagactcCCACAACCTCCTCCGATTGGCCAACACTATATTTCTGTTAATGGTAATttttttgtcctctgtcactaacagacaagttcacaaACTCTCACTTAATTtctaaaattgattaaaaaaataaatacaaaaaatgatattataatttttaggggggctgagatgaaattagGGTGGGCTTGAGCCCCcttaaaaagggtctaaaatcatcCATGTGCAGAGGTATCCTCCTCTCCAAAACAAACGGACCCGCTGATTAAAACCGGTAAAATAAACACACTGAACAAAACAGTTTCATGTTAAAAAATCAGAGTTGCTCCGACTCTGTTTTGGCCCGTCGGCGGACAGGCTGCGAGCCGCGCTGCTGCTAAAGTTTGCTCAGCTTGATTCTCTGTGAACGTAACCGTCTgtttgtcctcgggtcaaatttgaccctttttcaaaaagtttcttcatcagaaatttgggtttctttcaatcaaattgtcaaaaaaaaagattatgtgGATGGTTCCACAAACCCGCTCTTTCACGAGTAAAATAaacgatcagttcactacttacattgaatttgggtgttctattcaatttcatagcattcaAAAACAATTGcgaaagaacgttgaaaaaagcgtcaaaaaacgtgaaaaaaatgtgacaaaaacatcagaaaaagctacaaaagaatttcggaaaaagtgacaaacgttTTGCGAAAGACGAAAACTAAATGTTGCATgttcgacaggaagacaacacaagggttaagttgaCTAAAATCTTTCATCCATTTCATATACAGAGTTAAAAACCACAGAGATCGTAAAAAGTGTATCGTAAAAAATGTGTCCTAAAACTGGATAAAAAGTCTATTTATGAGCACTTCTGGCAGAATACCACAACGCttgactaaaaaattaggtataatgtcgtttaaattaggtttattgatcatgaatattaaaagaaattgaaaaagtgagaaaaacgtttaaaaaaggGGCATAAAAAGAggttatttttcaattttgacccggaaggacaagttcatggtcgacagggagacaacacgagggttaaaagATATTTAGTCGTAATGCTGATACAGGGGGGAATCTATAAACCTCAGTGAGGGCAGTAGAGTAGTTgtctggtctctaaaatgtcagaaaatggtgaaaacatttggatcagtgtttccccaaaagcccaagatgatgtcctcaaatgtcttgtcttgtccacaactcagatattcagttcactgtcccagaggagagaagagactacaacaatattcacatttaacaagctgacatcagagaaagTCGActtgtttttcataaaaaaaatgactcaaaccgattaatccaTTATCAAagtagttgacaactaatcgattcatctttgcagcacTAGTGTATTTTGTTACCATTGAAACTCCCATGtaggcagtggtgtagtctagtattttgtagtgagtatactgtgttttttccccatccATTTTTTTGTAACGTTACCGCGTACAGCATCAGCCTCATCTGGCTTATTTCCTGTAGTTTCTCTAACGTAAGCGTCTGCTGCAGTGCCACCCGAAGCTGCAGTAGCTTCAGGGGCAGGCTTACGAAAATAATGAGAGTTTAGTTTGAGTTGGCTTTCGTTTCATATCTACTTTAGCGATTCCCATTAGTTCATTTCATGTTTGCACAGAGAATGACCGTCAAGCTACTGTGTTGTTGTTCCTAGGTGACTTGCAACACAGACGGGGTCAATTTATGACCAAAACGTTACGTAACCTTGTGCTTTTGTAATATGGAAATTCTTGACCTTTAGTGGGTTTACGgcatatacctgcgtatcacacAGACCAGTgattctcaaacttttttcaataatgtaccccttttgaatAGTTGACAtggcactgtcatgaacacatgaaccctaaaccttaccctaactctaaccataacttgtcatgacaaaaaccgaatgttatttactaaaagaagcgttatgtcatgaatgtttatgacttgtttatgatgtttatgacacgttcatgacaatGTTGTGTCACTCTCATGTAGATACTtccaagtaaagtgtaaccattgtttctttaagccaagtacccccctgaccagcgctaatcatttCTGGTAGAAAAATAAACGTCTCTATAAAGAGTAGcaatagatttactaaacaacagctttgtaactgaaaaaaaaaacatttaaatgctgatgagaaaaggagacaaaaactgtaaaaaaaaaagacaaaaccttggagaaagatggtagaaagaaggaaggaagtaaggcaagaatatgttgaaaataatataacatttttcaaaaacagtgacataactttgaaaaaaatgagaaacttgtaaaaagtaggacagtagaaggaaggaaggatagaataggtccaaagaaggcgacacaaatgtcacataaTGGTAGGAAAAAAAGTCTACATAAAAAGGAAcgatgttctggacaacagcctcgTAACCATTAAACATTTGttgccactgtttgttgaaatagttcttatcatggtctcccctggctgtagataggtgggccaacgcatttttttttgtctcagtgcaagtaattagtttttttgtcttttgttggctcacttttgcTCATAACATGCTAactggcaacataggattccattcactacgctaagctaactagcggtggcgctgccggtgttgcaccggactaaaacgatgcatgcacaaaaaatgcgttggcccacctatctacagctagaggagaccccacctatctacagctaggggagaccccacctatctgataagtgataagaactatttcaacacaCGGTGGCGTAGCCCTTTAAggatctcacgtaccccctgcagtcctccaaagtacccctagggggacacgtacgccccatttgagaaacactgacgAAGACTATACCACTGAATTTAGGGTGTGAACCTCCTTCCTGTCCAGTCTAAACCATCATAGTATCAGTGCTTTAGTAGGATTACGTGAGGTCGCTCCCTCTGAGGCAAACAATCCTTATTTTGTTCGTTAGCGTTTGACCAGGGTGTAATGTCTACGCTACAACTCAAACGCTGTTCAAACCGCTTCACAAGAGCTTTGGGATTTATTTGTCTGTTATGATCGGGAGACGACTTGAGTGCCAGGAACAGAACTCTACTGTGTGTAAAACGAACTTTCTCTTGGTTTCTCGTTTATTTCTAACGTTATCATACGTATTCTGATAATGATGACGATGGTGTGCATTCAGAGTCTTATCAATATTAAAATGTGATCAGATGTAATCAGTGTGTGAACCAATAAAATGACAATGCAAGAGAGCACAACGCgctccttt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU242193 lncRNA upstream 21210 30156365 ~ 30156778 (+) True G178910
TU242196 lncRNA upstream 21210 30156365 ~ 30156778 (+) False G178910
TU242189 lncRNA upstream 52777 30124638 ~ 30125211 (+) True G178907
TU242182 lncRNA upstream 69433 30106993 ~ 30108555 (+) True G178902
TU242150 lncRNA upstream 154509 30023031 ~ 30023479 (+) True G178882
TU242205 lncRNA downstream 51742 30235218 ~ 30275572 (+) True G178918
TU242227 lncRNA downstream 140636 30324112 ~ 30331614 (+) False LOC120545414
TU242230 lncRNA downstream 181284 30364760 ~ 30368909 (+) True G178933
TU242231 lncRNA downstream 191338 30374814 ~ 30375165 (+) True G178934
TU242247 lncRNA downstream 240477 30423953 ~ 30430650 (+) True G178950
XM_039779719.1 mRNA upstream 291 30120358 ~ 30177697 (+) False LOC120545415
XM_039779693.1 mRNA downstream 6794 30190270 ~ 30227916 (+) False ogdhb
XM_039779692.1 mRNA downstream 9075 30192551 ~ 30228617 (+) True ogdhb
XM_039779695.1 mRNA downstream 75890 30259366 ~ 30310718 (+) False zmiz2
XM_039779696.1 mRNA downstream 77224 30260700 ~ 30310718 (+) False zmiz2
XM_039779694.1 mRNA downstream 80907 30264383 ~ 30310755 (+) False zmiz2
TU242148 other upstream 155771 30021319 ~ 30022217 (+) True G178881
TU242149 other upstream 155771 30021319 ~ 30022217 (+) False G178881
TU242091 other upstream 382674 29794144 ~ 29795314 (+) False LOC120545429
TU242100 other upstream 433913 29742623 ~ 29744075 (+) True G178845
TU241682 other upstream 1085662 29084949 ~ 29092326 (+) True G178529
XR_005636691.1 other downstream 80907 30264383 ~ 30310894 (+) True zmiz2
TU242927 other downstream 1204271 31387747 ~ 31480094 (+) True G179407
TU243294 other downstream 1895701 32079177 ~ 32099542 (+) True G179655
TU243292 other downstream 1905952 32089428 ~ 32092131 (+) False G179655
TU243298 other downstream 1905952 32089428 ~ 32099542 (+) False G179655

Expression Profile