RNA id: TCONS_00000626


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000626
length 3957
lncRNA type lincRNA
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_000365
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 30853969 ~ 30859524 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGATGGGTCCGACCAAGATGGCGCTCTAACAACAAGCAGATCGATGTGCTCTGTAAGCTCAAACATTGTAATTGGCTAGTAGTGTTATTAGTTGAAAGCTATTTTACTCTGTGCAAAGAgagaatataatataaatactacAGAATTAGTCCCTGTTTGTGATAAGATGGGTAAATCGGAGAAAAGGAAGAACAAAAACGTGTCTCTGGGGACAGCTAACGCTGCTAATGTTAGCAGTAACGTGAGTGAAACGTTGGGAGCCTCATGTAGTTATGAAACGGAAAAATTacacaattattcaaaaattaGTGTGGACTTTGACGAATTTATGATGTGTGAGGAAGAATTCCCTGCACTTCCAGAAACTCCATGCAAATCACCTGCTACAAAACAACGGAAAACTGAAAGTTCGGAGGTTGCCATTCTCTCCCAACTCGGAGCTCTTTCTCAATTAATAAACACCCGTTCTGATGCTTTAGAAAATGTGATCGGAGAAAACACAAGAGCGATTACCTCCATGAAGGAggtaattaatgaaaatacaaaacaaattacaaGTGTGAAAGAAGCTATCGAATTTGTGAGTGCTGAGGTTAACCATCTGAAAAAAAAGTATGGAGTGATGGAATCCACACTGAATAAGGTAGAGGAAACGTGCGTGGGACACGACCGAAGGCTGTCACAGTTAGAAAGTTACTCGCGGCGGTGGAATCTCAGGATGCACGGCATTCCGGAAAATGAAAGAGAGGATGTTCGTGGTAGGGTTATAGACGTTTGTCAGCATCTCTTACCAGAGTACAAGGACAGACTCTCCAGCGCCGTCGACACTGTACACCGGTTAGGTCGCAAGCAACCAAACAAGAACAGAGGAATTATTCTACAATTTGCTTCCCGTTTCTTTCGCGATGCTGTTTGGCGTGCAGCAAAGGACTCTGCCTTTTTGCgcgaaaataacattaaaatatcagAAGACTTATCCCTTGCAGATAAAGAAAGAAGAAACAAACTATGGCCAGCAGTGGAGAAAGCAAGAAAAGATAATAAACGAGCATACTTCATCGGAAGTAGGGCTTTTGTAGAGGGAAACGAAATATTCCCTCCTGCTTGAGACTTTACATGGGAAGGTGTGTGATGTTAATATTaagttggttaaaaaaaaaatgtttttttgttaaattgatGGCCTTTTTAAGAcaattaaaactgatttaataGTTTACTTCGCTAATTTCTTATTTTTACAAAGTTAAGCCAATAGTAAAGGGATATTTTACAAAAAGGGCCTCAATTTAGAATTTgactttacaattttatttatttattcttttttcttaCTTTTCTATTAACACACCTGAAAAAAAATATCACTGAATATAGTCTATAAAAACTTTATGGGCTAAAGTAAAATTGTTCAACTGAGTAGCTTCTATACTTTAGTAATTTAATCTGATTTACAAAAAATTTTTTGTTCTTTGATGTAAAATTTATGCACCTTAATTAACACTACATTATTTTTATAGTTCATATAGAGTTTGCAGTTCTCATCGTTCTGAATGTAGCTTTGCAAATCCTTTTTTGAGAATAATCTAGTTTAATATTCTAGGTTATATCTTCTTTGTTATGTCTCTTtctataatttcatttaatacaCGAGGGTTAAGAAATACTCTAAAAAGAAAAGCTATATTTTTGTATATGAAAAAgtttaaaactgatttttgttttttgcaagaaTGTCATTCTGTAAAAGAGGACTATAATTTTTGGAGATCTCAGTGGGGTTTAGATTTATGGATGGCTCATGGTACAAACAAATCAGCTGGTGTTTGCATCCTTAAAAATCAATTTAATGGGAAAATTATTTGCTCTGAATGTGACTCAAATGGCCATTATATTTGTCTTGTAACTGAAATATCCAAATCAATGTTTATCATTGTTAATATTTATGGGTTTaatcaacaaaaagaaaatgaaaaacttCTTGATCTAATAGAACAACACATTTTGAAATTACTTACTAAATACCCAAATGCTTTTTTAATCCTTGGCGGAGATTTTAATGTTGCATTGGATAATAGGTTAGACAGATGGCCTCCAAAATCACCTGATAActcaaatctttattttaaaactttcattGAACGATTCTGTTTAGTTGATAATTGGAGAGACACTCATCCTAATCAAAAATGTTTCACATGGGGAAATAACTCTCTTTCCAGACAATCCCGTATAGATTTGTGGCTTATCTCAAGAGATTTAAATAAGGCTAATTCAGACATTATTCCATCACCCTTTTCTGATCACAGATGCATTTCGATAACGATTCCTTTTTCAGAAACTGCCAACTCATGTAGAATCAATTCTTACTGGAAATTGAATTGTTCATTGCTTAACTATAAAGAAGTAAATGAAAAAATCGAATTTATAATTTGCAAGTACTGGAAAAAAGCAAACGAGGAAAATGTTTTTGGAAAGAATTGGGAGTTAGCAAAATATGAAATCGGAAAGTTTTTAAGAACATTTAGCAGTAAATTagcgaaagaaagaaaagaaaatgaaaatattataatatgcaAAATTTCTGATTTTCTATCTAAAACTATTTTGTCTGATAGTGAAAAGGTTGAATTTACccattatcaaaataaattagATCAAATCTATCAGGAAAAAGCAGAGGGAGCATTTATTAGATCACGGAAAAGATGGTTGGAAGAAGGTGAGCAgaattcttcttatttttttagattggaaaagcaacaacagcaaaaaaatctaattgaaaaacttataattaatcaatcaatatgtGAAGACCAGAAGACTATTGCTAATTTTTGTGctaagttttataatgatttgtacacctctaaatttaataaacaaaatgcttTAGATTTTTTCGAAACATTATCTTGTGTAAAAAAATTGGAGAATGCTGATCAGGCTTTTCTTGAAGCTCCAATCACATTAACAGAAGTTGAAGAagcaattaaatcattaaaacggAATAAATCTCCTGGCACTGATGGTTTCATTTCAGAATTTTACCATATGTTTAGTAAAAATATTGCTCCCTTCTTGTTAAGTGTTTATAAGGAAAGTACAGATAACTCTTTTCTCCCACCTACTTTATGCCAAGGTTTGATTACGCTAATCCCCAAACCAAATAAAGATCGAAATTTATTAGATAATTGGCGTCCAATAACTTTGTTGAACAACGACTACAAAATAATTGCTATAGTTTTAGCTAAAAGATTAAAAGTAATTTTACCTTCTATTATTGATGAAACTCAGTCAGGCTTTATGCCAAATAGACATATATCTAATAACATAAGATTAATTTTAGATATCCTAGACTATTCTGATATGATTGATGGAGacagtttcatattttttttggaTTATTATAAAGCCTTTGATACTTTAGAACATGGTTTTTTATTTCAAGCGCTTAAAGAAATTGGGTTTGGTGCAACTttttgtaaaatgattaaaatgttatataaaaacataaatagctCTATTAAGTTAAGCAGTGGTACTTccccaagattttttttacatcgtGGAGTAAGGCAGGGATGCCCAGTATCaccttatttgtttttaattgcagtACAGTTTCTTAATTTACATATCAAAAGGAGTAATTTAAAAGGAATTACTATTGGAAGTACAGAGTTAATTATAAGTCAACTAGCAGATGatacaacattgtttttaaaagattcatCTCAAGTGGCGGCTGCATTAAATACTCTACAAACATTTTCCAATGCATCTggtttaaatcttaatttaaataaatgtgaattacttCCCATTAAAAATTGTGGTGTTTCCTCAATTTGTGGAGTAGCTGTTAAAAACTCAGTATCTTACCTTGGCATAAATATAACTAACGATAAAAATAGATGTGATGCTAACTTTAATCCAATTGTtgcaaaaact

Function

GO:

id name namespace
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0008017 microtubule binding molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000152541

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000621 lncRNA upstream 126350 30723380 ~ 30727619 (+) False XLOC_000364
TCONS_00003081 lncRNA upstream 774440 30074635 ~ 30079529 (+) False XLOC_000358
TCONS_00002844 lncRNA upstream 774440 30074710 ~ 30079529 (+) False XLOC_000358
TCONS_00002843 lncRNA upstream 774440 30074734 ~ 30079529 (+) True XLOC_000358
TCONS_00000607 lncRNA upstream 1044473 29806494 ~ 29809496 (+) True XLOC_000355
TCONS_00000630 lncRNA downstream 196490 31054415 ~ 31055182 (+) False XLOC_000367
TCONS_00003082 lncRNA downstream 283194 31141119 ~ 31144527 (+) False XLOC_000369
TCONS_00000636 lncRNA downstream 283392 31141317 ~ 31144527 (+) True XLOC_000369
TCONS_00002847 lncRNA downstream 496660 31354585 ~ 31359319 (+) False XLOC_000370
TCONS_00002846 lncRNA downstream 496660 31354585 ~ 31359319 (+) False XLOC_000370
TCONS_00000625 mRNA upstream 118491 30723677 ~ 30735478 (+) True XLOC_000364
TCONS_00000623 mRNA upstream 119173 30723458 ~ 30734796 (+) False XLOC_000364
TCONS_00000624 mRNA upstream 119606 30723461 ~ 30734363 (+) False XLOC_000364
TCONS_00000622 mRNA upstream 125962 30723380 ~ 30728007 (+) False XLOC_000364
TCONS_00000620 mRNA upstream 298996 30551777 ~ 30554973 (+) True XLOC_000363
TCONS_00000627 mRNA downstream 88306 30946231 ~ 30974165 (+) False XLOC_000366
TCONS_00000629 mRNA downstream 161240 31019165 ~ 31064706 (+) False XLOC_000367
TCONS_00000631 mRNA downstream 196990 31054915 ~ 31063778 (+) False XLOC_000367
TCONS_00000633 mRNA downstream 252892 31110817 ~ 31130222 (+) False XLOC_000368
TCONS_00000634 mRNA downstream 254511 31112436 ~ 31130222 (+) False XLOC_000368
TCONS_00000618 other upstream 626464 30227391 ~ 30227505 (+) True XLOC_000361
TCONS_00000617 other upstream 687904 30165953 ~ 30166065 (+) True XLOC_000360
TCONS_00000608 other upstream 993596 29831759 ~ 29860373 (+) False XLOC_000356
TCONS_00000579 other upstream 1773633 29068662 ~ 29080336 (+) False XLOC_000337
TCONS_00000567 other upstream 2858358 27984393 ~ 27995611 (+) True XLOC_000332
TCONS_00000628 other downstream 98000 30955925 ~ 30965004 (+) True XLOC_000366
TCONS_00000632 other downstream 199315 31057240 ~ 31063850 (+) True XLOC_000367
TCONS_00000645 other downstream 848744 31706669 ~ 31722875 (+) True XLOC_000376
TCONS_00000653 other downstream 1193688 32051613 ~ 32065030 (+) False XLOC_000384
TCONS_00000657 other downstream 1656064 32513989 ~ 32514104 (+) True XLOC_000386

Expression Profile

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