G14346


Basic Information

Item Value
gene id G14346
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 28707296 ~ 28802417 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU19235
aaaaaaaaataataataaatcagtttctcagaaaatataactatatacgagaaattggtacttttttttgcagtgtgggcagtgtgccaagtcctgctggaaaatgaaatccacatcctcattaaaaagtgttcagcagagggaagcatgttGCTGGAAGTGCTggaagattttctgggaaaacactgcactgactggaTTTTTATAACACAAgtcttacataatattttaattttctgagacactgaattttggattttcattggctgtaaaccataaccatcaacaataaaacaagataataaacaattatttaactgaacaatttactgaaataaaatgtaattttttaatgatattcaaattttttgagatgcactgtATATGAAATCAGTATACAGACTGATTTTTCTATGGCGTCCCTCAGAGAACCCTCTGAAGCCCCTTCATGTTTAAGAGTGATCTTTATCACTTGCAGGTGCTTCTCTTGTTTTGTCCTTTAGTTTTTCTAGAGGAAATGCTGCATCGTTCTCCTGCTGTGCCCCGCCCCGTTTCTCAGTGTACAGTATTATTAATCTAGTCGTCCATGTTGTTTTGAATGCTtcttcagtgtgtttttaacGCCGTGGTGGACCGCAGTAGCAGCCGCTTCGCGCCGCTCGAGTAGAGCTAAAGAAATCCCGAGAAGTGACGACTCTGTGCCTCTGTCTGTTTCTGGCCAAGTCAGTATTGTATAGAGAGTTCGTGTATCACTGATTAAACCTGTGAACTGCTAACACAGTCATCgccattgtttttgtttacgCCACTATGTGAAATAAAAGTTTAACTATGATggaattattattgtaattccCTAGTCTGAAATATTTGTCAAgcaatatatataaagatatatatacacactgtatgtactaaataaaa
>TU19237
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>TU19238
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>TU19239
CTTTAATAGCTTTATTTCCTCTTTTCGTTCTCATCAAGAAGTCATCTCAAaacaatgtgtgtaataatcagTGTGTGACTGCTGGACGGATGGAGCACAAGATGCAAACAAATGGATGAGCTGAAGGAGGGAGAGATCAGAAAACCCCATAAGATCAGACCTGTCCAATAGGAGCAGTTCTTAGGTCCACACTCTGGCTAACACTGTGAAATTCTCCCACTGCTGTAACAGGtggttttacatatttttttgccAGTTGAGGGCAGTATTGCACAAGTCTTCACAATCAATGAATAGAGGTGAGACTGCATTTAAATCTATATGAATCAGATTAAACCTAGTTCTACACTAATGATGTAGATAATGCAGAAAAGATACTATTACATTATTATCAATGCAAATCAGAATCTAAACCAAAACTAGATCAAGGCTTAATTCTGTATATTGGGTCTCATTTACAGCTTATATGAGGAAAAGAAAAGCATCATTCTTCAcaacaatacaacaatacaatGTCGTGATCACTTTTTAAGAATAACCTCAAAGGCAATGAAGACATAAAAGAGGAATTCCAGCAAAATATCAGCATTTCCGCATAAATCAATGGATAATCATTCAGagggtttgggtttggttggaAGAGTAACTTGCTGCATGGTGGTAAAAGGAATCCAATGTCTGAAGGGATTATGGGTGAATTTAAAAAGATGTGCATGTGtgaacaacataaaataaacattaaatttgGTAAGAAAATCAGGTTTTGGACACTTTTCCTTACTGTATTAATGTAGCAAAAAAAGAtttgttttcagatttttaattataatctAATTTCCCCCCAATTTTCAGCTCTGTTCACATTACCAAGTTAAAGCGGCATAGATCTGATATTTTCAGGACTGTTTGGAATCAAACCAGATCATCTAAAAATCATATTTGGGTTACTTTCATTTGGGGTCATAGATTGGATATGTATCAGATTTGTCGCTATGCAACAAAAATGTCAATAGTCAGATTGGATTACatatgtctttctgtctgtactgctttacattatattcacattataaacagataaaaaggcCACTTGTGCCATGTTCACATTACATCCTTAATTAagatttttgctcagatcatATTCCACATTTCCATATATTTGCAAAATATTTCCTATGATACATGTCCCAGAGGGACAATTTGATGATGCCAAATTCCAACTCCCTACCAGAATTAGACTCCCATTAGGTGCTTTGCTCTGTTCGTTGTAGATTATATTCAGTTGTGTGAATACGACTGAAAGCCAAGTGGGGTCAGATTTGgcacaacaaagaaaaaactaatcccatctgacCATTCACATTATTGTTGCACTCCCACAAATCAGACACACAGACAATCTTGGTGCACATATTAACATGATTTAAATCCAATTTAGAAACACATGATTCCAGTTGCCCATTCAGACCTAAAAACTAAATCAGATGTGTCACAGTaaggaaaaataaatcacatttgtGTCACTATCATcataaacaaaactatataaaaacgATCCATGCAGGTTAATTTACAGACCTTGCAACATCTGGCTCCATTTACcaccaatgtaaaaaaaaaaaagtcagcaaATGCATTTACTATAATCCATTTTACTCCAAACCACTCTGAAAGACTATGCTTACATCTCAAACACTAAATTAGTAagaaatttgtttaaaatatggtGGAATTCCACTTCAAGAATGAAAGTATTCAGAGAATCAGAGAAACATTACAGCAATTGTAAAatgcacacagaaaacagaaaattattTAGTGGTTGCAAGGAGCATAGGAACAATGCATTTGTGTCTTTATAGAgtaacacacttcacacacacatacactgggCGGTGGAAAGATCAGAACTTTGTGTACAGTCATGTTGGCTCAGAACATCAGTGGCATTCATTCCCTTTTTAAAATGAGGAGAAATGGGGACTTAGGATGCAATCAGGGGTCAGTAGGGACACTATACATATAGAAATGCGTGCATGTGTGAGTTTGTGTAGTCGTGCAAAACTCTTGGCACCTCAAATGTTACTGCAAAatattaaatgcaaaatttTAAATCTTCATATGTGCAGCATCTAggcttatttaacttttttaaaatgaggAATAAATGTTATTAGACCGGGGGTGCCAAAACTTTTGCGCAAgtgttaattaattagttacaGAATAATATAATGAGAgttagtataataatatattaactgAACAGCTGTAACAAAAGTAAAGGGTGGATGctctaaacatttaaacagatgATATAAGATTTAGTTGCTCAGGCTTCAGTGACATTTTCTCTTATACGCATTTTCTGCCTTTTCTCCCAATGCTGAATATAACAAAGGttggtctgatttttttttgcacagtattGTAAGTTTTTAAAGCAATGTTAATTAGCAAGTCAATATTTGACCTTAAAATAGCAGCTTACAAATCATACAGATGGTAAACTGTCTGTAATAGAGAGAAATTTTGTCTCTGTCGTTGCCACTATGGGTCAAAACGCtgctactgcactatgtaactttggtggagctgtATGAGATCTCTCTTCAGAACTGCATAACGCTGCTTAAACCAAGTCTTATTATTgaaaaatcctgtaatattactctaccgcCTCAGACCACATGCTGCTTTTAGTTTCAAGGATGGTTCTGTGTCAATGAGCATGTTAACAAATGTATGAGGGGGTGCTAAAAGTCTAATCAATGTCAGCCAGAGCACTCAACATCCAGTCAACACGGGCCAGGGCAGTTATGATTTATCCAATATCGACCAGtaatgttccaaaaaaaaaaaaaaaagctaacatCTGGTAGAGCAGTTACTGTCTAACCAATGTCATGCACAGCAGTTAACATCAGGTCAACATCGGCTGGAGCAGTTACCATCCAGCCAACATCTGCCAGAGCAGTAATTGTCCAGCCAACATCTGCCAGAGCAGTAATTGTCTAACCAACGTCATCCAGAGCAGTTAACATCAGGTCAACATTGGCCAGAGCAGTTACCATCCAGCCAACATCTGCCAGAGCAATAATTGTCTAACCAATGTCATCCAGAGCAGTTAACATCAGGTCAACATTGGCCAGAGTAGTTACCATCCAGCCAATACTGGCCAGAGCAGTTCCATCTGACCAGGGCACCATTTCCCAAAAACTCAGCATTAAAAACTTTGTAACATGGAGAGAGCTCAACCATCTAAGAATCATCTCAGTGTTAAGAACCATTTGGGAACTCCACCCTAAAGCAGATAACATCAAGTAAACATCAGCCAAAGCTGTTACTGTCTAACCAATGTTGTCCAAAGACCTCCAATGTCCTCCAGAGCAGTTATGGTCTAGCCAATGTCGGGCAGATGTTCAGAGCAATTTACATCCAATCAAGGTCACCCAGAGCATTAAACATCCAGCCTACATTAGCCAGAGCAGTTACGCTTCTGCTAACATTAGCCAGAGTAGTCCCATCTAGCAATTGTCAGCCAGAGAAGTTAACATCCAGTCAAAGTAGTTAGCATCCAAACAATGTTGGCCAGAGCCCTTAATGTCTagccaatttaaaaaaatattctgattttaactatatcgtcgctgtccaatgaaaaacaagcatcacaatttttgctgatttttagtttactacataatttcaacagacaaactgtcccttacactgtgccgaAATTaacagaaatacttcaaaattacatgaaataaactctttaacattgacttccattgaaagattagaaggtttttctctctcctctaaaGTTAAGCTGATTTAGAGATGCTTCTTTTTCTTTGGACAGCGACAACATCCTCCCTAACTTTCTGAGCACATTCCTATTCAACCTAACAGCGTTAGTGGACGAGTCCAGCGAGATCACTTACTAAATATCACTTACCCAGTGTTAAAGAAATCGATCACAAAGCTGCATGCATTTCCTCACAATGCGTTTACTCCCTGATTCACCACCTTACACTTAGCAATTACATCCCATCTACCCTAATGATTACATTCAACGTTCCAATATAAAATCAAGATACACTGCATGGTGTTTATGAATAGGATGGACTGCGGACTCCTCTCGACTACATTCGCTGCCTTTCCACATATCCTTCTTAAAACCCATTATTTAAAACTCTGCAtaaaaatcaaaaagaaaaagaaagaagtgcTTTGTGTCAGGGTGCCGTAAAAGAACACCGTAAAAGAACCCACTGCATGACACACGCACTCAGGTGACTCCGTTACTAATGAACCTACCTGGAAGTACTGCTACCTTACCTTCTTCAGTCCCCTTACAAAGAATAGGCACacataaaaatctatttatattaaaaatatgggAGAGCCATAGAACGTTTTCTACATAGCAGCGGAATTACAGGCGTGAAGTGGACTGGAAGGTTCATATCAAGAGGATGGTCTACTAAAGACAATGCATATATTAATCAGAGCATATATTATTTACAGATATAATACACGGGCTGGGGTGGGGAGGAATGCAGGCAACCGAGACAGGGCTTTGTGTAAAATTCACCACCACTGGGGTTAAGGTTTTGGACTGGTAAGACTGAAATTCTCTTCAcctgaagagaaaaagagaacaaaacacaaaatataagaCTGTTAACAGTGTATATAAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU19235 False 924 lncRNA 0.36 2 28743674 28753133
TU19237 False 1132 lncRNA 0.40 2 28707296 28753191
TU19238 False 2611 lncRNA 0.43 3 28719859 28777294
TU19239 True 4712 lncRNA 0.41 2 28797685 28802417

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mettl22 mettl22 coding upstream 12368 28665212 ~ 28694928 (+)
fbxl16 fbxl16,LOC107685932,LOC107738613,LOC107568165,LOC107568127,LOC107690242 coding upstream 865240 27799416 ~ 27842056 (+)
LOC103031039 gsg1l,LOC103031039,LOC108436662,LOC107690243,LOC107738642,LOC107685933 coding upstream 959110 27703214 ~ 27748186 (+)
c2h16orf89 cunh16orf89 coding upstream 1104153 27591585 ~ 27603143 (+)
eef2kmt eef2kmt coding upstream 1129236 27573552 ~ 27578060 (+)
dnase1 dnase1l2 coding downstream 11701 28814118 ~ 28821841 (+)
LOC103022852 arhgdib,gdir2,LOC108432841,LOC107590585,LOC107685923,LOC107568023,LOC106601960 coding downstream 26185 28828602 ~ 28890929 (+)
LOC103022544 pde6g,LOC108432842,LOC107733865,LOC107690252 coding downstream 98606 28901023 ~ 28902504 (+)
LOC103024010 LOC106597007 coding downstream 149054 28951471 ~ 28963823 (+)
c2h16orf72 cunh16orf72,c2h16orf72,zgc:66160,LOC103025273,LOC105900007,LOC107590581,LOC107738628,LOC107685917 coding downstream 198494 29000911 ~ 29008385 (+)
G14352 NA non-coding upstream 8082 28698264 ~ 28699214 (+)
G14348 NA non-coding upstream 21546 28685296 ~ 28685750 (+)
G14338 NA non-coding upstream 86176 28620714 ~ 28621120 (+)
G14247 NA non-coding upstream 205149 28500479 ~ 28502147 (+)
G14245 NA non-coding upstream 226993 28479791 ~ 28480303 (+)
G14365 NA non-coding downstream 89489 28891906 ~ 28892162 (+)
G14364 NA non-coding downstream 101438 28903855 ~ 28924253 (+)
G14369 clcn7 non-coding downstream 123367 28925784 ~ 28927653 (+)
G14377 NA non-coding downstream 150234 28952651 ~ 29011035 (+)
G14363 NA non-coding downstream 162802 28965219 ~ 28966857 (+)
rbfox1 rbfox1 other upstream 100207 28112046 ~ 28607089 (+)
LOC103031366 LOC105899914 other upstream 629478 28050129 ~ 28077818 (+)
G14047 NA other upstream 1666767 27009548 ~ 27040529 (+)
LOC103023549 gpr171 other upstream 2912212 25788584 ~ 25795084 (+)
mfrp mfrp other upstream 3034060 25660898 ~ 25673236 (+)
G14444 NA other downstream 326650 29129067 ~ 29129373 (+)
G14480 NA other downstream 592743 29395160 ~ 29398166 (+)
nubp1 nubp1,LOC107690260,LOC107685912 other downstream 871693 29674110 ~ 29720592 (+)
G14505 NA other downstream 930888 29733305 ~ 29742723 (+)
G14638 rps15a,MGC114789,RPS15A,LOC107686992 other downstream 1458260 30260677 ~ 30268382 (+)

Expression


Co-expression Network