RNA id: TCONS_00052333


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052333
length 482
lncRNA type antisense_over
GC content 0.41
exon number 1
gene id XLOC_025180
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 15865921 ~ 15866402 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

taAGGTAACAATTTGAGCAGTTGTACTGTATTAACATTCAGTGCAGGTCATGTCACGTGACAACATTGGAGCACACTACCTTTTGAAAAATTCTTATTTATCAAGAAATGATTCTTTTTATCGCCAGCAAAGTGACATTTGTCTATTTGAATAGTGTTTTATTACTGCAAATTGAGTTGTCATTATTCATGCACACCCCTGGTGAAAACAATGATAAAAGAAATGGATGAATGTCacatttaatttgcatacatCCTTTGAAACACCCACACTTCCTGTTTATCTCCAGGATGTAAAAAAAGAGCACCTGGCAGTAATGCACCATATCAAATGACATTAAGCTAGAAAACAGCAGCTGTGGATGTTCTGTTTCCTCTCACCTCGGCTGCGTCCGGCAGGCCGCGGGACTGAAAACAATCGTGGGAGTTGCTGTCTAGTAAACTGGGCCCAAGTAAGGCTGTGCTACTGGATGGGGGCAGGGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052627 lncRNA upstream 173334 15685362 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00052628 lncRNA upstream 173334 15685494 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00052629 lncRNA upstream 173334 15685755 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00052626 lncRNA upstream 219254 15639452 ~ 15646667 (+) True XLOC_025173
TCONS_00052625 lncRNA upstream 244167 15618278 ~ 15621754 (+) True XLOC_025172
TCONS_00049732 lncRNA downstream 188607 16055009 ~ 16055732 (+) True XLOC_025183
TCONS_00052630 lncRNA downstream 286822 16153224 ~ 16161459 (+) True XLOC_025184
TCONS_00052631 lncRNA downstream 320191 16186593 ~ 16241340 (+) True XLOC_025185
TCONS_00049734 lncRNA downstream 363525 16229927 ~ 16232282 (+) True XLOC_025186
TCONS_00049755 lncRNA downstream 1007999 16874401 ~ 16876258 (+) False XLOC_025197
TCONS_00049728 mRNA upstream 29781 15828999 ~ 15836140 (+) True XLOC_025179
TCONS_00049727 mRNA upstream 30014 15828426 ~ 15835907 (+) False XLOC_025179
TCONS_00049726 mRNA upstream 41821 15817644 ~ 15824100 (+) True XLOC_025178
TCONS_00049724 mRNA upstream 54884 15805917 ~ 15811037 (+) False XLOC_025177
TCONS_00049725 mRNA upstream 55978 15809098 ~ 15809943 (+) True XLOC_025177
TCONS_00049729 mRNA downstream 26637 15893039 ~ 15902229 (+) True XLOC_025181
TCONS_00049730 mRNA downstream 40895 15907297 ~ 15988728 (+) False XLOC_025182
TCONS_00049731 mRNA downstream 41056 15907458 ~ 15987419 (+) True XLOC_025182
TCONS_00049733 mRNA downstream 363509 16229911 ~ 16232442 (+) False XLOC_025186
TCONS_00049735 mRNA downstream 399522 16265924 ~ 16285259 (+) True XLOC_025187
TCONS_00049721 other upstream 91743 15755723 ~ 15774178 (+) False XLOC_025176
TCONS_00049719 other upstream 146098 15691303 ~ 15719823 (+) True XLOC_025174
TCONS_00049704 other upstream 1181318 14674769 ~ 14684603 (+) True XLOC_025161
TCONS_00049690 other upstream 1466269 14399225 ~ 14399652 (+) True XLOC_025154
TCONS_00049684 other upstream 1621137 14244666 ~ 14244784 (+) True XLOC_025148
TCONS_00049736 other downstream 506610 16373012 ~ 16373127 (+) True XLOC_025188
TCONS_00049741 other downstream 702863 16569265 ~ 16588629 (+) True XLOC_025190
TCONS_00049746 other downstream 802201 16668603 ~ 16678650 (+) False XLOC_025192
TCONS_00049749 other downstream 858212 16724614 ~ 16729015 (+) False XLOC_025193
TCONS_00049766 other downstream 1528837 17395239 ~ 17461885 (+) True XLOC_025203