RNA id: TCONS_00052631


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052631
length 373
lncRNA type read_through
GC content 0.30
exon number 2
gene id XLOC_025185
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 16186593 ~ 16241340 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atatgttttttttttacatttaaagtaaacaatgtaaacattgtcaCAAATTCTGCtaactaaacagaaatatttctaaaaaatctTGAAAAGCAAGAATGTAAAATCCTCCTACTTTGACTAACAGCTCATAAACAGATTAGGAAAATGACAGAACATGACAGTTCAGTTAATTTGACAGAAGATCTCAATTTAAAGGCAATGCAAAGACATAAGAAAGCAAGGACAATGCAAGCTCATGAGCTAATATGATGCATGTAAGATGCTCACAAATATATACCATTGCATTAGGATTATTGAATACATTAATGCACACTAAGATGCACATTGTAAAAATGGCAAATGTTTGATTTTACTTGAACTACTGGAACAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052630 lncRNA upstream 25134 16153224 ~ 16161459 (+) True XLOC_025184
TCONS_00049732 lncRNA upstream 130861 16055009 ~ 16055732 (+) True XLOC_025183
TCONS_00052333 lncRNA upstream 320191 15865921 ~ 15866402 (+) True XLOC_025180
TCONS_00052627 lncRNA upstream 494006 15685362 ~ 15692587 (+) False XLOC_025174
TCONS_00049755 lncRNA downstream 633061 16874401 ~ 16876258 (+) False XLOC_025197
TCONS_00052632 lncRNA downstream 634154 16875494 ~ 16877696 (+) False XLOC_025197
TCONS_00052633 lncRNA downstream 634417 16875757 ~ 16883304 (+) True XLOC_025197
TCONS_00049777 lncRNA downstream 1412464 17653804 ~ 17655452 (+) False XLOC_025207
TCONS_00049802 lncRNA downstream 1764771 18006111 ~ 18008388 (+) True XLOC_025214
TCONS_00049730 mRNA upstream 197865 15907297 ~ 15988728 (+) False XLOC_025182
TCONS_00049731 mRNA upstream 199174 15907458 ~ 15987419 (+) True XLOC_025182
TCONS_00049729 mRNA upstream 284364 15893039 ~ 15902229 (+) True XLOC_025181
TCONS_00049728 mRNA upstream 350453 15828999 ~ 15836140 (+) True XLOC_025179
TCONS_00049727 mRNA upstream 350686 15828426 ~ 15835907 (+) False XLOC_025179
TCONS_00049735 mRNA downstream 24584 16265924 ~ 16285259 (+) True XLOC_025187
TCONS_00049737 mRNA downstream 208150 16449490 ~ 16458018 (+) False XLOC_025189
TCONS_00049738 mRNA downstream 214409 16455749 ~ 16457014 (+) True XLOC_025189
TCONS_00049739 mRNA downstream 325021 16566361 ~ 16590254 (+) False XLOC_025190
TCONS_00049740 mRNA downstream 325026 16566366 ~ 16591648 (+) False XLOC_025190
TCONS_00049721 other upstream 412415 15755723 ~ 15774178 (+) False XLOC_025176
TCONS_00049719 other upstream 466770 15691303 ~ 15719823 (+) True XLOC_025174
TCONS_00049704 other upstream 1501990 14674769 ~ 14684603 (+) True XLOC_025161
TCONS_00049690 other upstream 1786941 14399225 ~ 14399652 (+) True XLOC_025154
TCONS_00049684 other upstream 1941809 14244666 ~ 14244784 (+) True XLOC_025148
TCONS_00049736 other downstream 131672 16373012 ~ 16373127 (+) True XLOC_025188
TCONS_00049741 other downstream 327925 16569265 ~ 16588629 (+) True XLOC_025190
TCONS_00049746 other downstream 427263 16668603 ~ 16678650 (+) False XLOC_025192
TCONS_00049749 other downstream 483274 16724614 ~ 16729015 (+) False XLOC_025193
TCONS_00049766 other downstream 1153899 17395239 ~ 17461885 (+) True XLOC_025203

Expression Profile

//