RNA id: TU2377864


Basic Information

Item Value
RNA id TU2377864
length 1625
lncRNA type intronic
GC content 0.42
exon number 4
gene id G2079600
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048591.1
NCBI id CM023245.2
chromosome length 51556237
location 37627821 ~ 37631175 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TCCTTATCCACTGTTCttaacctctccctttctctccttatccactgttcttaacctctccctttctctccttatccactgttcttaacctctccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttctctccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttatcctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttATCCACTGTTCTTAACCTCTCCTTATCCACTAATCTtaacctctccctttcactccttATCCATTGTTCTtaacctctccctttcactccttatccactgttcttatcctcttcctttcactccttatccactgttcttatcctcttcctttcactccttatccactgttcttaacctcttcctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctcttcctttcactccttatccactgttcttatcctcttcctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttATCCACTGTTCTTAACCTCTCCTTATCCACTGTTCTTAAACTCTCCCTTTCATTCCTTATCCACTGTTCTtaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctcCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTTATCCTCTTGCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTTATCCTCTTCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTtaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccttatccactgttcttaaactctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaaactctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttctctccttatccactgttcttaacctctccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttatcctcttcctttcactccttatccactgttcttatcctcttcctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttatccactgttcttaacctctccctttcactccttATCCACTGTTCTTAACCTCTTCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTTTTAACCTCTTCCTTTCACTCCTATCCACTGTTCTTAAACTCTCCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTTATCCTCTTCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTTAACCTCTCCTTATCCACTGTTCTTAATCTCTTCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTTTTAACCTCTTCCTTTCACTCCTTATCCACTGTTCTtaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2377823 lncRNA upstream 81731 37544545 ~ 37546090 (+) True G2079563
TU2377713 lncRNA upstream 258085 37368859 ~ 37369736 (+) True G2079469
TU2377709 lncRNA upstream 261914 37365664 ~ 37365907 (+) True G2079465
TU2377705 lncRNA upstream 263437 37363277 ~ 37364384 (+) True G2079462
TU2377701 lncRNA upstream 265963 37361581 ~ 37361858 (+) True G2079459
TU2377870 lncRNA downstream 9169 37638886 ~ 37639112 (+) True G2079606
TU2377871 lncRNA downstream 24082 37653799 ~ 37654022 (+) True G2079607
TU2377873 lncRNA downstream 25811 37655528 ~ 37658864 (+) False G2079608
TU2377874 lncRNA downstream 25811 37655528 ~ 37684763 (+) False G2079608
TU2377875 lncRNA downstream 25811 37655528 ~ 37658864 (+) False G2079608
XM_036965780.1 mRNA upstream 58948 37536529 ~ 37568873 (+) False LOC110508012
XM_036965781.1 mRNA upstream 58948 37552714 ~ 37568873 (+) True LOC110508012
trnat-agu-152 mRNA upstream 122019 37505729 ~ 37505802 (+) True trnat-agu-152
trnat-agu-151 mRNA upstream 122187 37505561 ~ 37505634 (+) True trnat-agu-151
XM_036965198.1 mRNA upstream 270215 37318716 ~ 37357606 (+) True mre11a
XM_021588455.2 mRNA downstream 422916 38052633 ~ 38060113 (+) True LOC110508017
LOC110507217 mRNA downstream 840201 38469918 ~ 38474599 (+) True LOC110507217
XM_021588440.2 mRNA downstream 989833 38619550 ~ 38628170 (+) True LOC110508002
XR_005040116.1 mRNA downstream 1409856 39039573 ~ 39039625 (+) True LOC118944799
XM_036965220.1 mRNA downstream 2038272 39667989 ~ 39681560 (+) False LOC110508028
TU2377712 other upstream 259685 37366739 ~ 37368136 (+) True G2079468
TU2377335 other upstream 346989 37279105 ~ 37280832 (+) True G2079197
TU2377138 other upstream 350964 37273486 ~ 37276857 (+) True LOC110536894
TU2376553 other upstream 1188467 36438375 ~ 36439354 (+) True LOC110508005
TU2376427 other upstream 1325779 36300938 ~ 36302042 (+) True G2078493
TU2377942 other downstream 186161 37815878 ~ 37819286 (+) False G2079657
TU2377944 other downstream 186161 37815878 ~ 37819286 (+) True G2079657
TU2378436 other downstream 315215 37944932 ~ 37945151 (+) True G2080014
TU2380510 other downstream 2197941 39827658 ~ 39837383 (+) True G2081884
TU2380477 other downstream 2265950 39895667 ~ 39913078 (+) False LOC110507223

Expression Profile