RNA id: TCONS_00061405


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061405
length 642
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_029892
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 10761494 ~ 10784742 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCTCAACCATACGGCTGTCCAGATAATAATAATGTGGCATAAAGCAGCGAACTCTCACACGGACGTTTTCAGTGAACGGTGAAGTTATCACACCCAAAGCTTACGTATTGCTACTGCAAAGAAGAGTTTATGTATCACCGAAGTAACTTAGAGGATCACGTGAATGGCCTACACACCGTTGATGACATCAAATCACGCACCCAAGCAAACACACAGTGAACAGGAATCCTGCAGCACACGACTAGATGAAGGCCGCGGACGAGGACTTGGCCACCGGCCAGATTTGACAAAGCAATGGGTCATCATCCGCAAACAATCCCAGCACGCATCGCCATCTGTTTGAGGGAGAGGACAGAACATGGGTTCCTACGGCGTGATCGTCTATGACCCTTACTTGAGCGCTTTTCAGTGTGCACCACGGAGTTAAGGTTGGCCTTTTTGTTGGTCTAAATTGGGAATAAATTATGCAAGGCTCTATTTTAGATCTTTCGATACAGCCAACATGCATTGTAACCCATATTCAGGTTAAGAATGTACATAACTTGTTTAACtgattttagcccatcattgagtctatatttatttacctgtgtaaatgtgtttaaatttatctttattctgtttttatttattaatttcgtt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061651 lncRNA upstream 39757 10720167 ~ 10721819 (+) True XLOC_029890
TCONS_00058583 lncRNA upstream 161414 10430548 ~ 10600162 (+) False XLOC_029888
TCONS_00061648 lncRNA upstream 316398 10379331 ~ 10445178 (+) False XLOC_029888
TCONS_00061653 lncRNA downstream 198861 10963027 ~ 10964817 (+) True XLOC_029893
TCONS_00061406 lncRNA downstream 553003 11317169 ~ 11366499 (+) True XLOC_029894
TCONS_00061654 lncRNA downstream 733599 11497765 ~ 11501164 (+) True XLOC_029896
TCONS_00061655 lncRNA downstream 811073 11575239 ~ 11606706 (+) False XLOC_029897
TCONS_00061656 lncRNA downstream 811403 11575569 ~ 11577045 (+) False XLOC_029897
TCONS_00058579 mRNA upstream 668145 10084100 ~ 10093431 (+) True XLOC_029883
TCONS_00058577 mRNA upstream 705235 10046643 ~ 10056341 (+) False XLOC_029882
TCONS_00058578 mRNA upstream 705240 10046698 ~ 10056336 (+) True XLOC_029882
TCONS_00058574 mRNA upstream 715393 10014604 ~ 10046183 (+) False XLOC_029881
TCONS_00058589 mRNA downstream 526685 11290851 ~ 11361593 (+) False XLOC_029894
TCONS_00058590 mRNA downstream 643369 11407535 ~ 11414648 (+) True XLOC_029895
TCONS_00058592 mRNA downstream 1047923 11812089 ~ 11836557 (+) True XLOC_029900
TCONS_00058593 mRNA downstream 1076739 11840905 ~ 11864424 (+) True XLOC_029901
TCONS_00058596 mRNA downstream 1179626 11943792 ~ 11960218 (+) False XLOC_029905
TCONS_00058587 other upstream 11772 10747294 ~ 10749804 (+) False XLOC_029891
TCONS_00058588 other upstream 12213 10747740 ~ 10749363 (+) True XLOC_029891
TCONS_00058586 other upstream 40014 10719453 ~ 10721562 (+) False XLOC_029890
TCONS_00058585 other upstream 40017 10719302 ~ 10721559 (+) False XLOC_029890
TCONS_00058584 other upstream 249248 10511958 ~ 10512328 (+) True XLOC_029889
TCONS_00058594 other downstream 1085211 11849377 ~ 11849491 (+) True XLOC_029902
TCONS_00058595 other downstream 1136391 11900557 ~ 11900674 (+) True XLOC_029903
TCONS_00058601 other downstream 1766236 12530402 ~ 12541704 (+) False XLOC_029909
TCONS_00058604 other downstream 1846636 12610802 ~ 12610883 (+) True XLOC_029911
TCONS_00058611 other downstream 2163272 12927438 ~ 12927554 (+) True XLOC_029916

Expression Profile

//