RNA id: TCONS_00074959


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00074959
length 311
lncRNA type antisense_over
GC content 0.57
exon number 2
gene id XLOC_037576
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 2382341 ~ 2389808 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGAGCCATCAAGCTGAAGACGCTCTCATCCAGAAACACTGAAAGTGGCGAGCAGGTCTCAGATCAGCTTCCTGAAGGCTGGCCGAGCTCGTCCTCATCCTCGTCCTCTGTGCTGGGCTCAGCGGCGGCTCCGGCTGCAGGGCTGGATGCTGTGAGGACGGAGGCCGCTGTGGATGAGCTCACGCCGTTGGATGTGCTGATGGAGCTGTGCTGGATGGCCTCGTTCTGGGGGCTGCTGGGAACAGACATCTCTCCACAGCTGTCCTCTTTATCCAGTGCTGGAACACACAgaataaatgtgcattttattt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075279 lncRNA downstream 104705 2235893 ~ 2277636 (-) True XLOC_037574
TCONS_00074958 lncRNA downstream 175083 2180519 ~ 2207258 (-) True XLOC_037573
TCONS_00075278 lncRNA downstream 209144 2150922 ~ 2173197 (-) True XLOC_037572
TCONS_00075277 lncRNA downstream 211045 2150922 ~ 2171296 (-) False XLOC_037572
TCONS_00075276 lncRNA downstream 446172 1931428 ~ 1936169 (-) False XLOC_037564
TCONS_00075280 lncRNA upstream 164066 2553874 ~ 2557307 (-) True XLOC_037577
TCONS_00073813 lncRNA upstream 178536 2568344 ~ 2572791 (-) True XLOC_037578
TCONS_00075282 lncRNA upstream 387538 2777346 ~ 2780823 (-) False XLOC_037580
TCONS_00075281 lncRNA upstream 387538 2777346 ~ 2780823 (-) True XLOC_037580
TCONS_00073816 lncRNA upstream 471413 2861221 ~ 2866407 (-) False XLOC_037581
TCONS_00073807 mRNA downstream 392018 1986816 ~ 1990323 (-) True XLOC_037571
TCONS_00073806 mRNA downstream 396327 1981882 ~ 1986014 (-) True XLOC_037570
TCONS_00073805 mRNA downstream 397737 1981882 ~ 1984604 (-) False XLOC_037570
TCONS_00073804 mRNA downstream 404251 1975818 ~ 1978090 (-) True XLOC_037569
TCONS_00073803 mRNA downstream 412270 1967707 ~ 1970071 (-) True XLOC_037568
TCONS_00073810 mRNA upstream 170411 2560219 ~ 2573121 (-) False XLOC_037578
TCONS_00073811 mRNA upstream 170732 2560540 ~ 2572831 (-) False XLOC_037578
TCONS_00073812 mRNA upstream 177375 2567183 ~ 2572790 (-) False XLOC_037578
TCONS_00073814 mRNA upstream 202160 2591968 ~ 2594410 (-) False XLOC_037579
TCONS_00073815 mRNA upstream 202584 2592392 ~ 2594464 (-) True XLOC_037579
TCONS_00073809 other downstream 45038 2330861 ~ 2337303 (-) True XLOC_037575
TCONS_00073808 other downstream 104849 2226463 ~ 2277492 (-) False XLOC_037574
TCONS_00073798 other downstream 422789 1938985 ~ 1959552 (-) False XLOC_037565
TCONS_00073801 other downstream 426418 1953021 ~ 1955923 (-) True XLOC_037566
TCONS_00073800 other downstream 429308 1952956 ~ 1953033 (-) False XLOC_037566
TCONS_00073827 other upstream 1101023 3490831 ~ 3496579 (-) True XLOC_037591
TCONS_00073830 other upstream 1118510 3508318 ~ 3519711 (-) True XLOC_037592
TCONS_00073841 other upstream 2054110 4443918 ~ 4447104 (-) True XLOC_037598
TCONS_00073868 other upstream 4019349 6409157 ~ 6409271 (-) True XLOC_037613
TCONS_00073875 other upstream 4327869 6717677 ~ 6717801 (-) True XLOC_037618

Expression Profile

//