RNA id: TCONS_00002856


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002856
length 283
lncRNA type intronic
GC content 0.15
exon number 1
gene id XLOC_000431
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 36966000 ~ 36966282 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttttacttggtgaAAAAAACCAAGAGATATTTGAAAATTCTCAATTTCTTTGGATctacaatttatatttatttgtttgaataaaacatAATTGATGATTTGTTCTCCAGTTAACTGATAAGATTTCTttaaaatggaagaaaaaaaatcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattcatataaaataacaaaaatttacgTTTTCTTTAGTTACATTATTTTTACAct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002855 lncRNA upstream 308185 36651080 ~ 36657815 (+) False XLOC_000428
TCONS_00000727 lncRNA upstream 971791 35993297 ~ 35994209 (+) True XLOC_000424
TCONS_00003089 lncRNA upstream 1002938 35956461 ~ 35963062 (+) False XLOC_000423
TCONS_00000721 lncRNA upstream 1002938 35956461 ~ 35963062 (+) False XLOC_000423
TCONS_00000722 lncRNA upstream 1005945 35956493 ~ 35960055 (+) False XLOC_000423
TCONS_00000757 lncRNA downstream 245954 37212236 ~ 37259712 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000758 lncRNA downstream 318293 37284575 ~ 37292181 (+) True XLOC_000433
TCONS_00000764 lncRNA downstream 438708 37404990 ~ 37417631 (+) True XLOC_000435
TCONS_00002857 lncRNA downstream 624976 37591258 ~ 37638367 (+) True XLOC_000436
TCONS_00003090 lncRNA downstream 867065 37833347 ~ 37834392 (+) True XLOC_000439
TCONS_00000742 mRNA upstream 52909 36772348 ~ 36913091 (+) False XLOC_000430
TCONS_00000743 mRNA upstream 53381 36911471 ~ 36912619 (+) True XLOC_000430
TCONS_00000741 mRNA upstream 135825 36771954 ~ 36830175 (+) False XLOC_000430
TCONS_00000739 mRNA upstream 223632 36722122 ~ 36742368 (+) False XLOC_000429
TCONS_00000737 mRNA upstream 263645 36665602 ~ 36702355 (+) False XLOC_000428
TCONS_00000745 mRNA downstream 229183 37195465 ~ 37305827 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000747 mRNA downstream 229183 37195465 ~ 37310490 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000746 mRNA downstream 229183 37195465 ~ 37310490 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000749 mRNA downstream 229637 37195919 ~ 37291989 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000748 mRNA downstream 229637 37195919 ~ 37291989 (+) False XLOC_000433
TCONS_00000740 other upstream 219431 36728297 ~ 36746569 (+) True XLOC_000429
TCONS_00000735 other upstream 275101 36665543 ~ 36690899 (+) False XLOC_000428
TCONS_00000728 other upstream 811623 36154261 ~ 36154377 (+) True XLOC_000425
TCONS_00000717 other upstream 1162916 35790892 ~ 35803084 (+) True XLOC_000419
TCONS_00000714 other upstream 1450727 35494904 ~ 35515273 (+) False XLOC_000418
TCONS_00000744 other downstream 157360 37123642 ~ 37123772 (+) True XLOC_000432
TCONS_00000769 other downstream 1030177 37996459 ~ 37996577 (+) True XLOC_000440
TCONS_00000777 other downstream 1396066 38362348 ~ 38374799 (+) False XLOC_000445
TCONS_00000779 other downstream 1699472 38665754 ~ 38753029 (+) True XLOC_000446
TCONS_00000785 other downstream 1852030 38818312 ~ 38822163 (+) False XLOC_000448