RNA id: TU151725



Basic Information


Item Value
RNA id TU151725
length 9068
lncRNA type antisense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id G133454
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000026
NCBI id null
chromosome length 17172400
location 11144309 ~ 11153397 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


CTCCCATTCTCACACACGTTATGTCAGAGCACTTTTCAAAATAGTAGTCAACAATACAATTCACTTATGAACACAACATTTTCCCCTTGTTTAAATAACAGAATATTACATCGGATCTAAGTAACATAGTAGTTTAACCAACTATGCTTCCGAACATCATGTTTAGGGCTAGTGGTATGAGTGTGTGTGAGCAGTGTTCTCAGCCGGAGTTGTTGGTGTGCATGAAAATGTAGTGAGATGGGAAGCATTCCATGTCTTTCCATCACTAAGAATGTATGTACCCACCCCAAGTCTTTTGGCACCCGTGAGAGGATCAGTAAACTTTCTGTGTCCCTTAGGAACGTGCAAGGTGCTCCGTACTCTCGCTTTATCCCCTTCCTGGAAACAAGGAGTGTGAGCACCCTGCTTAGCATCAGTGTACTTTTTCATTTAGTGTTGCAGCCGCATAACCCTTCGACGAACAGTCAAGTCAGTTGGTAGGTCCACAGAAGCAGATGGCAAAAAAGACAGCCTTGTGCGCATTTGCCAGCCGAAGAGGAGCTGAAAGAGTGAAGTACCAGTTGCAGCATCTGGAGTGGCACGGTGCACCTGCAAGAAGTCAGTTACCACAGATTTCCATGGCTGATGTTGCTGGATGGCCATTTGGACAGTGTGTTTGAGCACACTGCTGAACCTCTCTATAGTTGCCGAGTAGTAGAGAGAAGAACAATGGTGATGAATATAGAAAAGCTGTGAAAGCAGCAGACGTAAACTGAACACTGTTATCAGTAACTCTACTCAGTGGATTTCCATGGTGGCTGAAGACTGAAGACTGATGACTGTCACTACTGATTCTGTGGTTTATTTCTGTGTGAGTAAAGGAGACCTCAGGCAATTTTCTGTAATAATCTGTTAATGTTATAGCAAACCTGCAGTCGGATGCAGCAGTGTCAAATGGCCTGACTATATCCACAGCCACTTTCTGCCATTGTCCATCTTGCAGCGGCACTGGCTGGAGAGGAGCAGGATGTGACTTGACAGTTTTGTCATTGAGCTGACACACTTGGCAGGAATGAACAGCATCATGAACCTGAGCATCCATCCCTGGCCACCAATAGAGATAACAAAGGTATTGTTTGGTTCTCACATTTCCCTGATGTCCTTTGTGCGCTATGGAGATCAGCACAGGTCAAAAAGCAGCAAGTGCAATCAGCTGTGAGCCTCGGAAGACAAAGTTGCCCTTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAACTTAAATTCTATCATTTACTCACCCTGATGTTGTTCCAAAGGCACACTTTCGTTCATCTTCAAAACACAAATGAAGATATTTTTAATGAAATCAGAGAGATTTCTGTCTCTCCATTGACAGTCTACACAAAGTTGACGCTTCAAAAAGTTCATAAAGAGATCGTAAAACTAATCCATATGAATAGAGCGGTTTAGTTCAAATTTTCTGAAGAGACACGATTGCTTTATACGATAAACAGATTTAATTTAGGCTTTTATTCACATATAAACATTCATCAACGCACACATTTGAGCTTCCGCAAGGACCAATGAGGTTCATTCTTGTGTGTTACACAGCACATTTGAGCTTCCGCAAGGACCGATGAGGTTTGTTCTCGTGTGTCAATGGAGGGACTCTCGGTTTTCATTAAAAATATCTTCATTGGTGTTCTGCAGGTGAATTCAACATCCAGTCCCTTGGGTGAAGGAGGTCAACCATTAGAAATCTGTGTACAAAGTTTGGTTAGAGCAGGACAAGAAGCACATGCAGCATGAACATCAGAAGCAGACAGAAAATTACAGGCAGCAGATAGAAAAGCAACAAACTCCTCATTAACAGGAGCTGGAGCAACAGCATTATCTGCAGGAGAAGCAGGTAAGGGCAAACGTGACATAATCAGGGGCGTTTTGGATATCTGGGTGGTACATCACATCATAATTAAATGACATGAGAAGTAAAGACCACCTTGCTACACGAAGTCCAGCACGGATGACACCCTTAGTCGTAAGCAGGGTTGTCAGTGCCTGATGACACATAAGCCACCTCTCAACAGCCCACACCCATGCTAGCGCTTCCTTTTCCACCGTGGCATATTTACGCTCAGCTGTAGACAGCATACGTGATGCAAAGGCCACAGTTTGTTCAATGCCATCCGAGCTGACCTGAGAAAATATGGCTCCCAGAACACAGTCAGAAGCATCTGTGGAGACAATCGTGTGTTGTGTGGGGTTGAACAATGCCAAAGCAGAGCTGTTTTCTAGCAGTCGTTTAGCTTTGGTCAAAGTTTGTTCAGCCTCCTTTGACCAGCTGAATCCATTTGGATCTTGGAGCTACAATGGTGGCAAAAATAAGAATAAACTTACTGTACCATGACATAAGTCCAAATAAAGAGCGTAAAGTAGATGCATCAGAAGGTGTAGGGGCATTGAAAAATCACCTGTACATGTGATTCATGAGGAAGAAGACCCTCCACTGAAACAGACACTTGTCTTTATTGAACTGCAAGCCAGTAGATTCTAGTCCTTGTAAGACCACTTGAAGTGCTTTGACATGCATATACATGTCATGTCAGTGGATAATAATGTTGTACAGTTAATTTTCAACCTCTGACAAGCCAGCCAGGATGATGGTCATCATCTTCAGAAATGTTGCAGGCTCTGAAGCCAATCCATAAGGAACACAACAAAAAACGGAAGAGTGCATCGTGAGTAATACAGTCCTCATGCAGCGGCACGTGGTAGCAAGCATTAGTCAGGTCGATGGTACCTTTTAGAGCAGAACCTTTTAGAGCATAGAGTAGTTCATCCATGTGTAGCAACGGAAAAGAGTCCACAATCACTGCTTTATTTGGCTCTCTGAGTTCAACGCACATCCTAATTTTACCTGACTTTTTATGCGTAACAATAATTGGTGCAGAGGAGTCAATGCAGTCTAACACCTCAGCCGCTGGCAAGTAATTTAATTCCTCTGACACACTGCTACAAACAAAGAGCGGCAGACGGCAACGTTTTTGGTGCACAGGTATGACCGTTTCATCCAGTTTTATGCAGTGTTTAAAGCTTTTAGCACATCCAAACTCAGTTGACTCAGCAACAGTGCACTGAAAGACTGGCACAGGAAGGGGATTAGGAGGCAGGACTTGATTGTTTTCAATCCTCACATGCAGTGTAGACATTAGGTCCCTCCCCATGAGTGTGGTACCTTTGTCCACAATGAAGAACTAGCAGGAGCTGAGTGGTCATGAAAGGAATTGTTCGTTGACAAACATCCAACCACCGGAATTTGGGCTTTTGAGTACGTCACAAGACTGGCTGTGTGTTGCAACAGCACAACGTTACTGAAACGGCAAACATAAGTGCTGTAGGGCAGGATAGATACGGAAGATCCACCACACAAGTCTGTGAGTCAGAAGTAGATATAGTCGCTGTGCTTTTAATGCTGGGCATATGAGCTGAATATTTCGTGCAGGCCTGGCGTCACGGGGGGGCAAAAGAAGGCACTGCCCCCTCAGGTCTGATTTGTGCCCCCTCAGTTTCAAATTCTTTCACCTCCGAAACGTGATTGATTTGCCTTTGATGCGTACGATCACACCAATGTGATTAGAAAGTTCAGTGCACTGCTAAACATGCTTTCGCGCTTTGACTGGCATGGACGCAATCAGAGCTTTTCATATTTCACAACTATTCAGTGTTTTCAACCACATAATGTTTATTTGAGGTTTCCGACATTTAAATAGATATTTAAATTGAATAGTTTGTTAAATTCAAATTCCCTACACTGATGTCTATGGAAGCTGCAATGATCTTTTCAATTATAATTTGACAAAGTGTTTTATTCATATCAGAGATACATTGTGTATGAAACAATAAAGTTTACTCTATTCTTCTCCCAGTTCACCGGCCACTTACTTTTATGTATTTCGGGAAGAAATTAATGAATTTACGTGATGTAAATCCGACAGATCCTCTGAATTGCGGTGCAAACTCATTGCACATTATATATATATCAACCAACATGATCATTATAAAGGTGTTTAAACGAAAAAAACACATTCACTTCAACATATTAGATAATCGGAATATATCATATAATTCATAATATAGTTAACAAGTTTGTGAATATTTTGAATAAAAAAACACTAAATAAATGCGATATGCCACACGTCATTATGTGGTTGCATGACGCATCGCCAAGGAGTTAACAGCCGTCCTAAAATAATGTTCGCCATAAAAACTCACGCAAAACATTTTCCCTTACTAGGGCAAGGCAGGAAAAAACTTGGGCAAGGCATGTTAGCAACAGCCATCTTCGTGACCAACTATAGTGAAAAAAGGCCTAATCCTCATTGCCAATTTGTGGTATCTGTCAGGAGTTATAAAACAATGAAGCACACAAGACAGGAGTAGCGAACTTAATCTTGTTTACTCATGTACTTCCGTTCACAACACTTTTCAAAATAGTACTCAACAATACAATTCATTTAGGAACACAACAAATGGTTAGTTTCTAGAACCATCTTTGCGATGACAAATGCAATCCTATTCATCAGCATAGCGCCATTTGCACTTGATTATTATCGATCATATCGATCCTTTCAATGTGATTTTAATATTTTAAAATTATATGTTTTAACCCTTTAGAACCTAAAGCTAAAATAGCCCGTTTTCACATATTATGTTGTTTTTTTATTATAAAATTCTCAAACAATGTGCTATCTTCAAGTGCAAGGTGTCATTTTTTTCAGAAAACAACTGGCTTTCAATAAATTACAGTTATTGACCATTAATATATGGTAAGTTTGTAAATAGAATTTAAATAGACAAAAATAAAAAAATAAAAAAAACGAATAAAAATTCTGATTTTTATTTAGAAAAAAAGAGAAAAATGATGATCGAAAGAATCTTAACACTTCAAACTTGAAAATTCAACTATATTACATATATACAAGTCTTTTTGTGACAATTGGTTGCACAGTTTTCATTCAGGAGAAATTTTTT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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU151709 lncRNA upstream 23559 11120509 ~ 11120750 (+) True G133444
TU151708 lncRNA upstream 24432 11119648 ~ 11119877 (+) True G133443
TU151707 lncRNA upstream 25287 11118711 ~ 11119022 (+) True G133442
TU151691 lncRNA upstream 236634 10907475 ~ 10907675 (+) True G133426
TU151685 lncRNA upstream 249150 10886053 ~ 10895159 (+) True G133420
TU151771 lncRNA downstream 39964 11193361 ~ 11193825 (+) True G133491
TU151781 lncRNA downstream 102612 11256009 ~ 11256267 (+) True G133501
TU151796 lncRNA downstream 167468 11320865 ~ 11321130 (+) True G133514
TU151797 lncRNA downstream 167858 11321255 ~ 11321553 (+) True G133515
TU151799 lncRNA downstream 168407 11321804 ~ 11324137 (+) False G133516
CI01000026_11075931_11078249.mRNA mRNA upstream 65853 11075784 ~ 11078456 (+) False CI01000026_11075931_11078249
CI01000026_11032284_11063044.mRNA mRNA upstream 80684 11031679 ~ 11063625 (+) True CI01000026_11032284_11063044
CI01000026_11012960_11021926.mRNA mRNA upstream 122383 11011340 ~ 11021926 (+) True CI01000026_11012960_11021926
CI01000026_10955581_10955874.mRNA mRNA upstream 188396 10954814 ~ 10955913 (+) True CI01000026_10955581_10955874
CI01000026_10930798_10950198.mRNA mRNA upstream 193996 10930798 ~ 10950313 (+) True CI01000026_10930798_10950198
CI01000026_11203781_11212074.mRNA mRNA downstream 50384 11203781 ~ 11212582 (+) True CI01000026_11203781_11212074
CI01000026_11239339_11240254.mRNA mRNA downstream 85942 11239339 ~ 11240433 (+) True CI01000026_11239339_11240254
CI01000026_11241496_11246081.mRNA mRNA downstream 88099 11241496 ~ 11246081 (+) False CI01000026_11241496_11246081
CI01000026_11262923_11264188.mRNA mRNA downstream 107684 11261081 ~ 11264534 (+) True CI01000026_11262923_11264188
CI01000026_11266022_11278889.mRNA mRNA downstream 112625 11266022 ~ 11278899 (+) True CI01000026_11266022_11278889
TU151694 other upstream 65229 11070768 ~ 11070876 (+) True G133429
TU151441 other upstream 982348 10159819 ~ 10161961 (+) True G133192
TU150881 other upstream 1575149 9568739 ~ 9569160 (+) False G132667
TU149067 other upstream 2637522 8501408 ~ 8506787 (+) True G131077
TU148972 other upstream 2844895 8298573 ~ 8299414 (+) False CI01000026_08297901_08307596
TU151777 other downstream 91536 11244933 ~ 11255073 (+) True G133497
TU151829 other downstream 322720 11476117 ~ 11476907 (+) False G133542

Expression Profile