RNA id: TCONS_00051735


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00051735
length 343
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_026554
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34076378 ~ 34076807 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGATCTTTTCACCAGCTATTCTCCTGCTGATGGCAACAACATCCTgtGGTGTTTACTGTGTTGAGCTCACTCAACCTTCATCTATGGTTGTGAAACCTCAAGAATCATTTTCCATCTCCTGCAGGATTTCAGAATCAAGCTACTGCATTAACTGGATCCGTCAATCTGCTGGAAGACCGCTGGAATGGCTTGGATATCTCTGTAGTGGTGGTAGCACTAACATTAAAGATTCAGTGGAAAACAAGATCAGTTTCACCCAGGACACATCCAAAAACACAGTGTTTCTGCAGGGACGTAATTTTCAGACGGAAGACACAGCTGTGTATTACTGTGCCAGACAGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000150964

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051677 lncRNA downstream 137557 33936453 ~ 33938821 (-) True XLOC_026512
TCONS_00051675 lncRNA downstream 140940 33922620 ~ 33935438 (-) False XLOC_026512
TCONS_00053065 lncRNA downstream 157183 33918566 ~ 33919195 (-) True XLOC_026511
TCONS_00051667 lncRNA downstream 385624 33681518 ~ 33690754 (-) True XLOC_026509
TCONS_00051659 lncRNA downstream 638646 33435754 ~ 33437732 (-) True XLOC_026506
TCONS_00053066 lncRNA upstream 62830 34139637 ~ 34141181 (-) True XLOC_026572
TCONS_00051762 lncRNA upstream 103000 34179807 ~ 34180432 (-) False XLOC_026573
TCONS_00051763 lncRNA upstream 103000 34179807 ~ 34180451 (-) True XLOC_026573
TCONS_00051771 lncRNA upstream 393347 34470154 ~ 34477363 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051773 lncRNA upstream 449135 34525942 ~ 34546406 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051734 mRNA downstream 339 34075573 ~ 34076039 (-) True XLOC_026553
TCONS_00051733 mRNA downstream 1572 34074289 ~ 34074806 (-) False XLOC_026553
TCONS_00051731 mRNA downstream 3932 34072012 ~ 34072446 (-) True XLOC_026552
TCONS_00051730 mRNA downstream 5927 34070022 ~ 34070451 (-) True XLOC_026551
TCONS_00051729 mRNA downstream 6741 34069166 ~ 34069637 (-) True XLOC_026550
TCONS_00051736 mRNA upstream 3763 34080570 ~ 34081023 (-) True XLOC_026555
TCONS_00051737 mRNA upstream 5044 34081851 ~ 34084387 (-) False XLOC_026556
TCONS_00051738 mRNA upstream 5052 34081859 ~ 34082283 (-) True XLOC_026556
TCONS_00051739 mRNA upstream 8054 34084861 ~ 34085336 (-) True XLOC_026557
TCONS_00051741 mRNA upstream 10141 34086948 ~ 34087394 (-) True XLOC_026559
TCONS_00051725 other downstream 11442 34063955 ~ 34064936 (-) True XLOC_026547
TCONS_00051722 other downstream 17661 34058679 ~ 34058717 (-) True XLOC_026544
TCONS_00051716 other downstream 27725 34048205 ~ 34048653 (-) True XLOC_026539
TCONS_00051715 other downstream 28762 34047179 ~ 34047616 (-) True XLOC_026538
TCONS_00051712 other downstream 38497 34037481 ~ 34037881 (-) True XLOC_026535
TCONS_00051740 other upstream 9234 34086041 ~ 34086483 (-) True XLOC_026558
TCONS_00051752 other upstream 26150 34102957 ~ 34103365 (-) True XLOC_026563
TCONS_00051772 other upstream 449135 34525942 ~ 34546399 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051781 other upstream 575503 34652310 ~ 34656737 (-) False XLOC_026581
TCONS_00051782 other upstream 576165 34652972 ~ 34654998 (-) False XLOC_026581

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000288_00040271_00040733.mRNA False 469 mRNA 0.42 2 CI01000288 40206 ~ 40786 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) TU253612 True 325 lncRNA 0.46 2 NW_025047681.1 5170197 ~ 5170636 (+)