RNA id: TCONS_00072171


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072171
length 527
lncRNA type antisense_over
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_035539
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 17055879 ~ 17059377 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGTTGATGTTGTCCTTCGCACTGGTCTCGAAAAACTCAAATCCTTTTGGGAGAGAAAAAGTTAAGCGAGGATCACCTGTGCATTGTCCCACGAGTATGTCTTAATCTGGGTCGCCCTGACACAAGACGAGACAAAAGCAAGCAGACACGCTTGTCGTCAGGACAAATGCCACTGCCTGAGCTGCCAGTAGCACAAGATGTGCCAGACTCAAAACTCTGTCCGCTCTATTGTATGAACATGTCATCATGTCTCACTGAATCAATGGGAACGTCATGTCAACACTTCCTCTCTGTTCCCGTCCCTCATCTCTTCATGTTCTCTAATCCACACATCTAATGCCACTTCATTACTGCACTAGATTTTCAGCCGTTTCTACTCAAGTGTTACAATTTCAAAAGCTCTCactgtattgtatttatttttcacaccATAGTTTGTCTTGAATCACAAAAAGTTTCACCAATTTCACTAGACTAAGATCAAATGAGAAGTGAATAGTTCAGTTGCACATTATTATTGTATGAAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00069700 lncRNA upstream 292248 16758464 ~ 16763631 (+) True XLOC_035536
TCONS_00069697 lncRNA upstream 300162 16744062 ~ 16755717 (+) False XLOC_035535
TCONS_00069698 lncRNA upstream 307013 16744356 ~ 16748866 (+) True XLOC_035535
TCONS_00072170 lncRNA upstream 334503 16719107 ~ 16721376 (+) True XLOC_035533
TCONS_00069693 lncRNA upstream 367386 16684915 ~ 16688493 (+) True XLOC_035532
TCONS_00072172 lncRNA downstream 27614 17086991 ~ 17097453 (+) False XLOC_035542
TCONS_00072173 lncRNA downstream 27632 17087009 ~ 17126339 (+) False XLOC_035542
TCONS_00072174 lncRNA downstream 308664 17368041 ~ 17407080 (+) True XLOC_035546
TCONS_00072175 lncRNA downstream 903452 17962829 ~ 17968234 (+) True XLOC_035551
TCONS_00071922 lncRNA downstream 1351607 18410984 ~ 18412028 (+) True XLOC_035556
TCONS_00069702 mRNA upstream 11165 16990120 ~ 17044714 (+) False XLOC_035538
TCONS_00069703 mRNA upstream 11225 17009199 ~ 17044654 (+) True XLOC_035538
TCONS_00069699 mRNA upstream 286081 16758304 ~ 16769798 (+) False XLOC_035536
TCONS_00069696 mRNA upstream 298594 16738321 ~ 16757285 (+) False XLOC_035535
TCONS_00069695 mRNA upstream 307363 16738282 ~ 16748516 (+) False XLOC_035535
TCONS_00069705 mRNA downstream 10200 17069577 ~ 17075398 (+) True XLOC_035540
TCONS_00069706 mRNA downstream 19315 17078692 ~ 17086195 (+) True XLOC_035541
TCONS_00069708 mRNA downstream 84124 17143501 ~ 17157074 (+) True XLOC_035543
TCONS_00069709 mRNA downstream 108499 17167876 ~ 17173694 (+) False XLOC_035544
TCONS_00069710 mRNA downstream 108737 17168114 ~ 17173447 (+) True XLOC_035544
TCONS_00069701 other upstream 245626 16772174 ~ 16810253 (+) True XLOC_035537
TCONS_00069690 other upstream 367417 16676937 ~ 16688462 (+) False XLOC_035532
TCONS_00069685 other upstream 976086 16023470 ~ 16079793 (+) False XLOC_035526
TCONS_00069678 other upstream 1780442 15269863 ~ 15275437 (+) True XLOC_035523
TCONS_00069676 other upstream 1796462 15254605 ~ 15259417 (+) True XLOC_035522
TCONS_00069704 other downstream 10200 17069577 ~ 17073371 (+) False XLOC_035540
TCONS_00069707 other downstream 27683 17087060 ~ 17097065 (+) True XLOC_035542
TCONS_00069740 other downstream 1610860 18670237 ~ 18670362 (+) True XLOC_035562
TCONS_00069742 other downstream 1963884 19023261 ~ 19023377 (+) True XLOC_035565
TCONS_00069748 other downstream 2444650 19504027 ~ 19509241 (+) True XLOC_035569