RNA id: TCONS_00005908


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005908
length 8886
lncRNA type antisense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_002215
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 29893626 ~ 29911696 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTTAAAAGTTTGAATAAAATGAGTCACTTAGCCTATTACCTTATGAAAAAGTTAAATGCTCAATTCAAAGCGTAACGACGGGACTCCTTAACTGTGGTGTTTTATTGAACACACCTCCAGTTCTTGGTGTTTTCGTTTTTCATTTATTAGAGAGGGAACATGCAGGCTGTttggtataattttttattattccatCTAATGTTATAGGGCAACAGGGCTTCCGTGAAATGGGATTTAATTGTAGATATTGAAATCTGCGAGGATACAAGTGTGCTTCAGTTCCGTCTCAACTGATGGAGCGGTAATTTGTTGATATCGTGTTGTCATCACATCTGCAATCACGGGGGCTAATGGTAAAAGTGTTTCATTATTGGCAGAAGTCTTGCAGCAATGCTATTAGGTAATTAGGTTGGATGTTACAACGGAAGTAGTAATCCTCGACCGCAAGATTTCCATTTGATCAGATGGGTTTGAACAAATTAATTACTGGATTCAATTGGTCAGGAAAATACAGTATTCCTGCTAATGTTGAAGATGGCTTCATTAGTTGTGTGTTGGTACATTCTGCGGAGAAAGAGATATCTAAATTAGCCTACAATATCTCTGTTTTAATGAGTTTTGACTCATTTAATGAGCATCTCTGTCATTTCTGGACGTAAGCAATTATCTTActgatttattaatttgctgatgATGTAGCATGTgacttttcattttgttttaagatTAAAAGTATCATGTCAAACGAACGAAAATTAAGTTAAAGTATTTATATCCTATCTAAACAATATAAAATCTCAATTAAGAGTACAAATTTTCTAAGTGTATGTGCAAAAGCTTTACCTCAGTTCCCCCAAACCGACTAGTCCCTAACTGTTTAACTCAACgatttaatgtgatttttccAGCACTGTAATCGAAACCTTTTATTAGCTAGCTTGCTGACGAATCATGCTAACAAGTTGCTTTTATGGCAAAACGCGAAAGTAAATGTACTAATGGTGATGGAATCGCCTTTACTTGAGAAGTCGATAGAATCCGCACCCAGAGGCAGTTAAGCAGCTTTTAATAGCCATTTAATCAAGTGAAATTGGGAGACAGCACGACACTGCGTCACTCCTAAGTGGCGCGTTTCTGTAAGAGGCTTGTGGCATTAGCGCGTGCACCTTACCTGCTAGACCAGCTTATTGTGTAATGCCAAGTCTTTATATAcatctcagaaatatagtttgaTAGTTAAGTAGCCTACATACTTGGATTTTACAAGCTTGACATTGATATACAGCTAATGTTAGCTAGTTATAGCGAAATAAAGTCACACACATTACACTTTGGTGTTTGTCTATATACAGGGATGggcaaaatacattgaaatgtatttttaaataaaataccaaataccttaATTTtaggtgtatcaaaataaaatacagtattttttgtattttaaaatactacaaCATGCTTTTACAAACGAGCATGACATTTCTTTGCAAATCTTCCATCAATTACCTATTTTCAATCAATCCCTCAACAATTACATTTAACTTAGTAAAGTAAAAAATGAGTAATAGCAATTGTGGCCAGTAAAGTTGCCATCATCTCTGAACAATGATTATTCAACCTCTTTATATTTTAAAGGATGTTAAATAAAGAgtgaattacattttttactcAGAATTTTTCagaaatctagattttttttgctattaaactcttcaatactcaatgtaaaaactgtattaggagtttttgattattaaatatttgtgtttcaTAAGTTGTGACATCCTAAAACTTACATCTTTCCTCTACATTATACAGTGGACATACTGATCAACTACTGCCATTTAAAACGGCTATTGAAGTATTGTAGAAATAGTCACTGTAggacttatttttaataataatatttttattgtttgtttctaACGACAAACATGTGGCATCAGCAATCCATCcaaaactactattatttgtacaatatactcacctaagattttttttagaatttttcttTAAACTGGAGAGTCAATAACATCCAAAGCACTAATCAGAGGATACATTCATATGATCTCTTGATGTAGATTTCTTACAACGTActttatagtatttttaaaatactaaaacacaagacactaaagtattttgataaaaaatattaagccattttcatcagctctattaaatacaaatactattttgtatgtaaaatacatttttgaaatacatgtatcataaatactgcccatcacTGTCTATATATATCTACTGTAAaacaaatcctggttgcctttaatttttaagctgaatcaatttAACGTTATCCAtccattaaacttatattatgttaaactgacttaaaacagcttgcgtaacttataaaattaagttagaacatgattaacttagtttaataagtttaaGTGACTTATAACATATCATGTCACGaccaattaatcttttttttttgcagtgtagttgaaaatgtatcttttttttgttgtttgcagAATCACTTTATTTGATAGAAAGGATGAAagaaaaatggggaaaaaggaataaataagagctgaaggaaaatatatattatattgaatgACCCCCTCCCCCCATATGATGTTCAGATTCATAACCATAGACAAAGgTTTAGAATAACAGAGCTTTCAGGCGAACCGACTGGCTGGAAGAGATTGCGGTTAAGGTAAATAAGACAGTGCTTATTCAGAAAAAGCATTGTGCAGCTGGTTCGAGGTTTCTTGAATCAATTCTCTTTGCCGAGGAATGACAGACTCATTTGGTTGaaaatgttctttttattttgatatgaCAATCTTAAATCATGTGAAAATGATGTTGAATGTATGGATCATAGACTAATATATGGACACGTTCAGATGGAGATGTGGTAAAacacttttgatcccctttcagtagAGGGCGCCATATAGTGTTCACTTCtaactgtttattttttgttgttaattttttGCTCTTTTGGTAAATCATACCAGGGGCCCAAAATGGCGTAGGCTCTTAGAATCATCCTAACTCCTCCCCCTCCCCAGCGGGACCCctaaatcagacttttaaaatatgtttagaaTGGAAAGCTGAAGAGCTGAACGTGAATTTAACTTTTCTAAAACAAATAATCATCATTGCCGTTAGAATAATGATTAAactttataaaatacaatatagatgtgtatgcacacacacaaacacacacaaattttctaaattacaataaaatgttaCTTGAtgtccttaataataataataataatattattactactactactactactactactactaataataacaataacaacaacaacaataataataataataataataataataataataataataataataataataataataatactaataataataataataataataataataataatgatctatataattaaatgaaatttttattgaatcattaaatttaaataaattaaaattattcaaattatctGTTATTGCATagagtaaattaaaattaattatatatatatttaaattctaattaaatatttgtattttttataaataatacatttttttcattatttcattctttttttgaaataaatttttatcatttatgCCTATATATTAAAACACTGCAAGGCAAGTTAAAGATTATAATTACAGACaagcttttaataataataataataataataataataataataataataataataataataataataccagaaattatttattttccatacagtgctcagcataattgagtactcttcatttttttttatcaatttctcagtgaataatatattttggtgcatttaaacaaaactgatttattaaacgaatgtatttattcaaataatattttagtcaccaaatgtatttagaaattgagagataatacatttaaaatttaagcaaaatattgcaaagaaaaacaattacaacctacaaaatttcaacaattttgttatttctattttttccttctcttgatttttcctttttttttttttaatttgtatttaataattttctctaacatataaatttgggtgtactgccTTTTgaaccgttatcataagttattttgttagataagctccagatttggcttcagtactgactaatctaatgtatatgcacaaatataatattgtacagcttcctgttaaaaatatgaatttaaaagagagatttataaggggtgtacttatttatgctgagcactgtagcttCACAATCAAGCCcagatttttttatgtgaatATCGATAGATAATAAGGATATAAttcacttcaattcaattcatgtttatttctatagccctTTTACAATGGAGATTATGTTAAAAcagtttaacatagaagttctagtaaattgaaaccatgtcagtccagtttttagagttgaaatttagttcagtttagtgtggttcaACTTTCTctgctgaaagcccaaacactgaagagcaaatccatcaatgtgcagctcttCAATTCTCAATGTTTTAATAGAAGTCatagtcatattttaaataagaaaaagttgATTGGGATCATACAAGAACTCAAGTTTAAATTAAGGATTAATACATTTgaaatatactaattaaacattCAACTTTAATCAACAGTTGAAAACTTCttctttgtaaatatttgtaacttCACAGCTTTCTAAACAGATGTCTAAGAAATAACACTACATTATTGAAATACACCTGACAGATGTTCATGTAGTCACTGTATTATTGGAGGATTTTTTCTTCCTAAATTTAAATAGAGAACCAAACTATAGCCAAATCAATTATCAAAAGTCCACTATTCCAACAGACAATCTGATAATCTGCAGCTTTTAAAAGTAGTCACACTTACCTTTATCAAACCTCTAAATGAAGTCTAAATAATATACGCCAGGGCCCAATAATGGCTGTACAGGCAGCTTTCCAGCAGCTCTTA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00004241 lncRNA upstream 107722 29781637 ~ 29785904 (+) True XLOC_002208
TCONS_00005718 lncRNA upstream 802025 29091237 ~ 29091601 (+) True XLOC_002201
TCONS_00005907 lncRNA upstream 1438541 28442909 ~ 28455085 (+) True XLOC_002199
TCONS_00004221 lncRNA upstream 1462854 28429557 ~ 28430772 (+) True XLOC_002198
TCONS_00005905 lncRNA upstream 1647206 28203764 ~ 28246420 (+) False XLOC_002195
TCONS_00004260 lncRNA downstream 591059 30498081 ~ 30541081 (+) True XLOC_002216
TCONS_00004263 lncRNA downstream 1071364 30978386 ~ 30988104 (+) False XLOC_002219
TCONS_00005911 lncRNA downstream 1071530 30978552 ~ 30988075 (+) True XLOC_002219
TCONS_00005719 lncRNA downstream 1835976 31742998 ~ 31768953 (+) True XLOC_002226
TCONS_00005720 lncRNA downstream 1962260 31869282 ~ 31942176 (+) False XLOC_002228
TCONS_00004253 mRNA upstream 5762 29855213 ~ 29887864 (+) False XLOC_002211
TCONS_00004252 mRNA upstream 5762 29855213 ~ 29887864 (+) False XLOC_002211
TCONS_00004254 mRNA upstream 22966 29855281 ~ 29870660 (+) True XLOC_002211
TCONS_00004246 mRNA upstream 35608 29849977 ~ 29858018 (+) False XLOC_002211
TCONS_00004244 mRNA upstream 39798 29849497 ~ 29853828 (+) False XLOC_002211
TCONS_00004256 mRNA downstream 56496 29963518 ~ 30576089 (+) False XLOC_002216
TCONS_00004257 mRNA downstream 56594 29963616 ~ 30579384 (+) False XLOC_002216
TCONS_00004259 mRNA downstream 56664 29963686 ~ 30589172 (+) False XLOC_002216
TCONS_00004258 mRNA downstream 56664 29963686 ~ 30589172 (+) False XLOC_002216
TCONS_00004264 mRNA downstream 1315411 31222433 ~ 31229732 (+) False XLOC_002220
TCONS_00004250 other upstream 41384 29852147 ~ 29852242 (+) True XLOC_002214
TCONS_00004249 other upstream 42531 29851000 ~ 29851095 (+) True XLOC_002213
TCONS_00004248 other upstream 42959 29850572 ~ 29850667 (+) True XLOC_002212
TCONS_00004237 other upstream 420170 29473342 ~ 29473456 (+) True XLOC_002207
TCONS_00004235 other upstream 560451 29333059 ~ 29333175 (+) True XLOC_002205
TCONS_00004255 other downstream 3600 29910622 ~ 29911696 (+) True XLOC_002215
TCONS_00004261 other downstream 829126 30736148 ~ 30736268 (+) True XLOC_002217
TCONS_00004262 other downstream 852907 30759929 ~ 30760044 (+) True XLOC_002218
TCONS_00004273 other downstream 1785640 31692662 ~ 31692776 (+) True XLOC_002225
TCONS_00004283 other downstream 2488758 32395780 ~ 32395896 (+) True XLOC_002235

Expression Profile

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