RNA id: TCONS_00031647


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00031647
length 10011
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 13
gene id XLOC_015975
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 55914699 ~ 55970970 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GACTGGGATGCGGTTGCTAGGGAACAGCGAGAGACGTCCATCTTTTGCAGCTTGTTCCAGATCCAGAGCAGAAGCACAAGACCGCCTTTTATAGCGGAGGGAAATAAACGCTCGTCCAGAGAAAAACACAGAAAGAGACCACCGGGGAGGAGGCTGCAGGTGACATCACGTCATCCAGAGCGGGATTATATGCTGCACGCGGAGTCAGCCATGAATAATCACACATCACAGATCAGCCTGTATTTGCGGATGAGAAGGGCAATGCACAGATGCTGAGGAGCTTTTTGGGAGCGTCCTGAAAACATCCACCCGGCCTGTGTTTGAGGAGAAACACACACGCAGATGAACTGACGGTCTAACCTGAGCATCTCATATGAACACTATGGATTTAATCAGGAGCTGGGAAATAAATTCACAGGCCTGAAGGTGAAGACATTGAGGAATCAGCACCGCTGGAGAGAAACTCACTTGTGTTTGTGATCCAAACCAAAGGATGGGAACCACTGAAGCCACTTTACGCATGGAGAACATGGAGGTCAAAGACGAGTGGCAGGACGATGATTTCCCACGACCTCTTCCTGAAGATGGTGATTTAGACGGACTCACTGACAACTCTCATCACGGCGCTCTAACGGCGGATCATCTGGACTCTGTCAGACAGAAGCGCCGCACATTGATCGCTCCCGATATAAACCTGTCGCTGGACAAAAGCGAAGGTTCAGTCCTTTCTGACGACTTTTTGGAAACTCCAGATGATCTGGACATAAACGTTGACGACATCGAGACGCCGGATGACGACTCTCTTGGCTCTGCCAACAACGGCACCGAGCTGGAATGGGAAGATGACACTCCGGTGGCGAGTGCGAAGGGTCCAGGTGGAGATGATGGTGACGGGACAGGGCGTCTGTGGAGAAGCGTGATCATCGGGGATCAGGAACACAGAATAGACATGCAGGTGATCAGACCGTACCTGCGCGTCGTCACACATGGAGGTTATTATGGTGAAGGACTGAACGCCATCATTGTGTTTGCGGCCTGTTACCTGCCTGACAGCGGCTGCGCAGACTACAACTACATCATGGAGAATCTCTTCCTGTATGTGATCAGTAGTTTGGAGGCGCTGGTTGCTGAGGACTATATGATCATCTATCTGAATGGAGCCACGCCGCGCAGGAGAATGCCAGGCATCAGCTGGTTAAAGAGATGCTACCAGATGATCGAAAGACGGTTAAGGAAGAATCTGAAATGTCTGATCATTGCACATCCTACCTGGTTCATCCGCACCGTTCTGGCAATCTCACGGCCATTCGTCAATGTGAAGTTCATGGATAAGATCCGTTATGTGCAGAGTCTGCAGGAGCTGGCTCAGATTGTTCCTATGGAGCATGTGCAGATACccgagtgtgttttgcaATTCGACGAGGAGCAAATCAAAGTGCAGAGAGAAAGGACTGAACAAGTGAGCAAGACATCAGAGAGgccgCCCTCAGTGGCTGCGGAGGCCTGTCCCTGACGCATCTCACTGGATGCGGATCAAGGactcatctgtgcatgtcattttcCAAAGATGTTCCTTTAAAGAGCAAACAATCACGTGGACAAACTCAGCCAGTCCTGATGTTTGCAGACTGCAGTTTTTTTCCATTCACACTGATCTCTGAGCAGCTCGTAAGTGTGAACTgcagacaaacaaaacaaacaaaccctgGCCGACTGATGGGCAACATCTGTGCAAACTCCAGCATCTTGTGTAACTGTCACTGGTGTCGTGCAGATGTAAATCATGCTGTGTTTTTATACCAGCCGGATTAACTCGGCTTGGCAGTTTAAGCCAGTTCTGCTGCCAGCCGCTTCCACAATGGGAAAAGTATTCAGCCGGTTACATAATGCAGCCGTTTACAGGTTAAAAGTCAATGTGAAAGCATGGTCAGCTACATGCAATGCAGTTCAAAAAGAACAATCTCATGCTTTTTGTTGCTTTCTTGTACAGATATCTAAACCTTTCTACAGTGAATCGAGATCAAGAGAGAAGCTAAATGATATGTAAAGGATAAAGTACATGCTGCCGGTTGTCATTGCACAATAAAGCCCGAAAGTGTTCATTAAaagtttattaattaaaataattgtattagaGTGATCTGCAAAAATAACCGGCTGGATgtgctttatcctgcttattacacagTTATTTGCCAGATAACTAAACAATTAGACACAATGCTTTGATTTGagctagaggtgtgaacctatactggtctcacggttcggtttggttacgattatcatgccatcgattcggttcaattcgatatctcggtgcatcacggtgcattgacgatgctttccatatatagtgttatatttttttgccgtctataactgaatgtgtgtcagaaaaatcgaaaacaaaaccaactgaagcgcgctcatttctggcgccccactggatgtacagcgccctaagcatttgcctatggtgcctatgccacggaccggccctgagttggctgagtgttgtaaataacggcgctcacctccctcgcgacagagcgcataggagataaatgacgtcacgacataataaccggttatggttaaTACTGGAActataccgaattgtccgcgtctgcatcgcggtgcaccgaagaaacaattaattttgacacccctaatttgagctgtaataatttactgctctttaattaatatttacactgtaaaaatatcttgcTGCCTTACATTAAGTTGATTCAAATTAACTTTGCTAGTCATCTCAACTCAAACTGACTATtgagttaaactttgtatagctTAAGAAATTTAGTTGAAagctgattaacttattaaaacgAAGTTAAAGCTACAAAAATACTTggcttttttttcagtgcacactgcctgacaaaagtcttgtcatcaatcccagttgtaagagccaCAAATATTAACTTGGATTACTTGAATAACATGATAACTTGAATAACGTGGATTTTTCCCTTGAAtgatctgttgatctgcatcccgatcatcacaaatactgcagaagacctactggaacccaagattctcacagaaatcagtcaagtttggtgaaggaaaaatcatggtttggggttacattcagtatgggagacatctgcagagtggatggcaacataatCTAGATCTATAtcgtaatctaaaggcctttgcctttcatttaagctacacctgatgccaaatgatcaactagaagtcaatttttgatttgctgttcctaaaacttggaaaggcgacaagacatttgtcaggtagtgtaagtgaatatgatatgctgtaataatagatattaagagatttttttatttgtttcacctAAAGGGCAAGCAGAAGTTTATTTCATACCCCACTGATTGAacattgtaattgtttttaaacaaacttaATTAAATGTGTAGTACATGTGTTCTATAGAAAACAACACTTAATATATACTTGTATAATTTCTCAAGTTTCTAAGAGTGTTTAGATATTTATACtggaaagcaaaacaaaaaaatgaaagatcAGGTCCTCCATGATGAAGActtattttgttgaatttataGTTCTTGGTATTTCATAAAATACAAGTCAACTGGTACTTTgacagtcaaaaaaataaattatatttagcaaagcaaaaaaaaactaatctctGTGGCTGCTGAAGATACAGTAGAGAACTTTGAACGtggaaattaaatgttatttacaagATTATCAGCTTTAATCTACAGTCTAGAGCACTTTCACATCAATCGAGCACAagctatgaataataatctgttttttttattacacaaacCAAGCATTTCACTTCATAAGGACCCATCTGGTGTCACGGTCACACAATGAGGACAAGGATGGTTACCTCTTTTCATCGGGAGATCTTGATcaaaggggtcctattatgctCTTTTACAAAGTCTTGATTTTGTTTTGGGGGTGTACAACAACATGCTCTTGCACGTGGTGGTTCTAAAAATTATTtcttcacattcattcatttatttttcttcggcttagtccctccttatttatcaggggtcgccacagtggaatgaactgccaaatattccatcatatgtttaaTACAGCGGGATGCccttccacacagaaatgccaactggcccagccagaactagaaccagtgaccttcttgctgtgaggcgacagcgcaaactagagatctgcgcgggactcaattttgaatcccgctcccgccaggttttagctcGAAACCGAccactcccgcttatattcagcatttgtcgTCTTGCTGCCCACcctgccccgttttctacccgccgtgcCCGTTCCCGCTAACGGGGGGTGgggacaaaaccgaaaaccacctaGCTATACAGGGTCCAGACAGCctttaacaagctgtctgtataaacacacacgcaaacacataaGCACCAatcaagtgacacacacacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagacagcaacaaacaagctaaacgcagcattatgctgtctcattcacacacatacatacgcgtgctcgctcgctcggaaGTCGGGTGCGATATTGAtagaccgcccgctcccgtcTAAAATGAAACCAGTTACCAACCGCTCTCGCACTTAATTCAGAAATTTGCAGATCTCGAGtgctaactactgcgccactttATTATTTGATTCAAATATTAATTTGAGCCAGATTCAGACCCTGAGAATATTGATAATTTCTCAGCAAAGTGTTCTGCAgtttataaaaaagaaatcataaaAACTTTTCAGGATTTACTTTAAAATGATCTGCTTTGTGACATCTTAAACTGTAGCCCAAACAACACGTGCATTGTAGTTCTCTcccaaagtgaagtttatttataaacaaatttcgagaggatcacgtgcttatgattgttcacagctgttccaactttagctaatgactgattatcctatcagac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atttgactGAC

Function

GO:

id name namespace
GO:0006915 apoptotic process biological_process
GO:0006798 polyphosphate catabolic process biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0004309 exopolyphosphatase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070912-220 Predicted to enable exopolyphosphatase activity. Predicted to be involved in apoptotic process and polyphosphate catabolic process. Predicted to be active in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in Cayman type cerebellar ataxia and cerebellar ataxia. Orthologous to human ATCAY (ATCAY kinesin light chain interacting caytaxin).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000157905

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033721 lncRNA upstream 130254 55782537 ~ 55784445 (+) True XLOC_015974
TCONS_00033720 lncRNA upstream 134662 55777822 ~ 55780037 (+) True XLOC_015973
TCONS_00033325 lncRNA upstream 311134 55603128 ~ 55603565 (+) True XLOC_015971
TCONS_00033719 lncRNA upstream 645409 55268020 ~ 55269290 (+) True XLOC_015968
TCONS_00033717 lncRNA upstream 689671 55215452 ~ 55225028 (+) False XLOC_015966
TCONS_00031653 lncRNA downstream 11970 55982940 ~ 55990298 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031655 lncRNA downstream 11970 55982940 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031654 lncRNA downstream 11979 55982949 ~ 55984016 (+) False XLOC_015976
TCONS_00033722 lncRNA downstream 11979 55982949 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031656 lncRNA downstream 13015 55983985 ~ 55990329 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031646 mRNA upstream 241474 55665323 ~ 55673225 (+) True XLOC_015972
TCONS_00031645 mRNA upstream 243882 55665095 ~ 55670817 (+) False XLOC_015972
TCONS_00031644 mRNA upstream 422384 55429988 ~ 55492315 (+) True XLOC_015970
TCONS_00031643 mRNA upstream 524367 55365727 ~ 55390332 (+) True XLOC_015969
TCONS_00031642 mRNA upstream 647728 55249838 ~ 55266971 (+) True XLOC_015967
TCONS_00031651 mRNA downstream 11330 55982300 ~ 55989688 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031652 mRNA downstream 11970 55982940 ~ 55990284 (+) False XLOC_015976
TCONS_00031658 mRNA downstream 13818 55984788 ~ 55989693 (+) True XLOC_015976
TCONS_00031659 mRNA downstream 41046 56012016 ~ 56041890 (+) False XLOC_015977
TCONS_00031660 mRNA downstream 41100 56012070 ~ 56040091 (+) True XLOC_015977
TCONS_00031635 other upstream 1127959 54755172 ~ 54786740 (+) False XLOC_015963
TCONS_00031622 other upstream 2228511 53686071 ~ 53686188 (+) True XLOC_015951
TCONS_00031613 other upstream 3775003 52122720 ~ 52139696 (+) True XLOC_015939
TCONS_00031589 other upstream 5022755 50862527 ~ 50891944 (+) False XLOC_015923
TCONS_00031582 other upstream 5324251 50590332 ~ 50590448 (+) True XLOC_015919
TCONS_00031662 other downstream 169002 56139972 ~ 56162604 (+) True XLOC_015979
TCONS_00031668 other downstream 492241 56463211 ~ 56476884 (+) True XLOC_015985
TCONS_00031669 other downstream 516698 56487668 ~ 56493661 (+) True XLOC_015986
TCONS_00031670 other downstream 526924 56497894 ~ 56507389 (+) True XLOC_015987
TCONS_00031672 other downstream 867711 56838681 ~ 56838799 (+) True XLOC_015991

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000075_00164716_00172975.mRNA True 1460 mRNA 0.48 10 CI01000075 164361 ~ 172975 (-)