RNA id: TCONS_00005913


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005913
length 4488
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_002234
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 32259743 ~ 32264298 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCCTCATAACCACATAAACAAGCACACGTACACACAAAAAGCCATGTCATTAAATTGCagtctttaataataaaacaccTTTCATACAAAAGTATATGTACAGTGTCACAGCAATTTATGgaaacaattcatttttatttatcatcTTAAATACATCAACAGTCAATCAAGCAATATCTACAAGAGGCAGAAAATCAACCAAGAGTTTCAGGTCAGGATCATGTACAATCCAATCATTACCAGTCTTTCCTGACAACACTGTGATCTTTTCTTAGAGGTGATCGTTACATTCATGATGGTATCCCTATGGAAGAGGAGCTAAGTCATCCAAAAATAAGTGCTGAATACTGTATGgggataacacacacacacaaaatggctCTTAAAAACAGTGCAAGGCCATGGTAATTGGAAATTGTAGAGAATAAAACAACACATATGAATGGTGTAAGACGTAAAAACAAAGAGAGACTGGAAAACCTTCTCCTCCTCAACAGTATACAGTGCACATCATGTGTGTTTTGGTTTTTCTGATTTCGGAATAACTGTACATTAAGAACATTTATGCCATGTCTACACTGGAAATGACTGATGTTGCACGGTTCCCATTTTAAAAGCAAAGTGGCGTAATATTTTGATATGCATTGGGTATTTTAAGATGAAAGAAGAAATGTTAGTGCGTGTTAATATTGGTTATCTGCAAATGATGATTTTAAGGTTTAAAAGTTAGCTTGAGATCATGAATGTAAAAGTCAGATTCAATTTAAATGTAGGAAAACAATTTATAATAAACGTACAGATTCtcaatttggtcccactttatattaagtggccttaaataatatgtacttacattgaaattaataattttttacaatgtacttattgtgtaaatacatgtttttacattgcacTTAAGATTGagtaaatacctgcatgtaaatacatctgtaattaaaTTGTTATGACATATTATGTTATCCATTATGTCATCCATTACACCTTAAGGGTCATTAATTACCCTTAAACCTTCCGACATCACAAAACATGCCCATAACCTTACCCCTATCCCACCTCAATGGCACATAAATGATCTGCAATACACTATAAACACATAAAGTACACTGTATTGATATTTTGAAGCAAGTGCagagtagttaaggacacttaatataaagctcAACCGAATATTGTTGCGCTGAATATACTGAATTTATCCTCTTAAAGTCAAGTGCTATTAGGGCTTTTCCGCCTAGATTTTGCCTAATTCAAAAGCTTCCgaaatccacatgcagagatgtaaatgcaaaagtttggtatcatttaaagaaaaccctttaaattttcataaaacactattgaaagtgtgtaAAATAATTGCATATGGTGCCGGTGTTATAATAAACTGttctaaaaaaagaggcgcttttttattttttggaaactcaaatttgaaagtgtacctttcaggttctgtgtggtctagattgctgtaattaattttggtggttcctgcacatgtcagtaatcataagaaaaaagaaaaatgcttcTATCCttatctatgcaaaagttattctattccaactgatgagagaacaGAACCACTTATCGGGGTTTTGGGTCAGTAAAATTAGGacctttaaaatttttaaattgcGAAAGTAAATGACATTTTGGACCCGGTATCGTGTACGTAGagtttatcatttatttgtaCAAAGCTTAAAATAGATATATGAAAGGAAATGTTGAAATATGAAATTTTCAATATACTGTAGATGCACATCTTGTGGAAAAAGCAGCCAAATGTGACAATAAAATTAGACAAAAATCTCCACAATATTGCACAAGGCATAACATTTAGGGTCCCGCTTTTTATTAGGTGTCCCTAACTACTTTGTACTTACATCaacatataaatacaatGCTGTGGACAGGTTTTGTGATGTGGGAAGGTTTAAGGGTGGGTGAAGGTGTAAACGATGTATTAACATAATATGTAATAACACAAATTGATTACAGATGTacttacatgcaggtatttactCAATCTTAAGTACAATgtttaaacatgtatttacacaataagtacaataTAACAAGTTATTcatttttatgtaagtacatattagttaaggccacttaatataaagtgagacccaATATTCCTAGTAAAAACCTgtgaaacaaaaataattcagTGCCATTTAAGCAAAGTCTCATTATTTGCTAacaggcttaaaaaaaaaaattggcaatTCTttcaaaaatgctattttttatgtggatttttattatattttgcataaatcttGGAGTAAAAATAGCCTTTTCTCTATGTTCTGCTTTTAAACAAActggaaaataaaattaaatcatttaatttaattttgtggaTGTATATTGTGTGGCTATCCAAATATATATCATCCAAAAACACAAATCTACTTAGTATAaggaaaacaacatattttatattttaaccattgaattgaattgcattaataataaaaaaattgtacaaaaaaaaaaaaaaaacattaaagtataACACTTATATGATGGTTGTTTCTTTGATATTATTTGTCCTGTGTGGAAGTATCTCTAACTTTTTCAAAACTGACAAGAAAAGGtgaattgtaattttattttaacagaaaaaaagcaaTAGTGGCTATATAGTGATCAATGGCCAAGAATGtcataaaaaagttattttaaaagaaataaaagctgtTGTAAAAGCTGAAACAGGCTGTCAACAATGCGACGTAATGAACGCTTCGAGTGTAGACAGAATTGTGGAGGTTTGTAATGCGGTGACGTGCTGCTCACATCCGGTGTTGACACAGCGTCAAACTGTGAAGCACAGCTGTCAGGATTTTATAATTCTGGCTGAATAAATCAGAGAGAATACAAGGTCTCCCAAGGGTCAGGCTGTAAATAGCTGAGGTTTTTGTGTAATGGGTGAGCGTGTGTTTTTCATCTTCTGAAAGCAGCATTTGTGTGTGCAGATTCAGAAAGGGTATCATTGGCACATGAGTGTTCCTCGCCCTTTCTGGCCACTCTGACTAATAGTTTGGAGCCTAATGTATGGATTTGTTCTCAGGTTGTTCCTGGTGCATCAAAGCTCCTGTTGTAATACTGTGTGGCATTTAAAAGAACAGTTTGACAGTTCTGTTTTCATTTACTCACAATCATAACACTGCAAATTGTATTGAATGAAAGAAttcacctaaaatgaaaattctgccatcatttcctcacccttcacttgttacaactagtttaagattttttttcccgTTCTattgaacatgaaagaagatatttttaagaatgttggaaatccgtaaccactgacatccatagtatttatttatccTAATACTGATGTCAATGGTAacaagttttcaacattcttcaaaacatcttcttttgtgtcgaGAGCAAGTAAATCAGGGGTCTTAAACTGCCTCCTTCTCTCTATGGAGATTTGGCCcaccaaaacatatatttttgaatcactAAATTTGTTGTGCAGTCACATAAAGCCCgatttaaacattgaaatatgtctgtaagtgttttatttttattaataaagctctatttttaaaaatatttaagggtcatttgattataatcagtTCTACACCACCtgcattttgttgtacaaacatcTCTTCATGGCTTACACGTTATGCTGGTGGtataaatatgatcattttgctaatatTAGATTTAAATGGTCTCAattaatagattttcctcataagcatattaagatttgtataaaaaatgGACATTGGTAAAGTTTTACTGCTGGctgaattgaacatgttaaagtaaatgttttcccctctttgttgtagttttacaaaaaattaagagattgagaagaacaattgtcAGTAGAGTCAATAAAGTTACCCAAATTGCTTTCTGCTATCTTACGTTTtctgttaaacttttggttaagCAACAACTGATTGGgatataataattatcattattattattcctataatttaattgtagtattttcatatagcaatttaaactacccctacaagaaacaaaaagaaggagcATTGATACTCAGGGGAAAaatgtctgagtgcatcaattacatcagTACATCATCCACCTTTGTCATGTGCTATTATGTTCAGCCACTGATATGGCCCCCTGCCAATTGGAGTTTTAGACCCCTGAAGTAAATAAAGTAACTGTACACATTCAGACATTTAGACATGGGTATGGCCATTTGGACAAGGTCAAACcatgatttaaaattaattattaaatcataCAATAAAAAGATTTAGATGTAATGATATGGAAATTTGGATCAATACCAATATCTACTAATAAACGGATcattgataaatataaatataatacatacaaATCTTGATATGAATTTTTCTATGCCTGATTACACATAAAAGAAGGTTAATTTTCTTATCAGCTTGgttaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005912 lncRNA upstream 311199 31946837 ~ 31948544 (+) True XLOC_002229
TCONS_00005720 lncRNA upstream 317567 31869282 ~ 31942176 (+) False XLOC_002228
TCONS_00005719 lncRNA upstream 490790 31742998 ~ 31768953 (+) True XLOC_002226
TCONS_00004263 lncRNA upstream 1271639 30978386 ~ 30988104 (+) False XLOC_002219
TCONS_00005911 lncRNA upstream 1271668 30978552 ~ 30988075 (+) True XLOC_002219
TCONS_00005914 lncRNA downstream 320119 32584417 ~ 32592071 (+) True XLOC_002237
TCONS_00005915 lncRNA downstream 1001083 33265381 ~ 33265687 (+) True XLOC_002243
TCONS_00005721 lncRNA downstream 1092798 33357096 ~ 33359026 (+) False XLOC_002244
TCONS_00005722 lncRNA downstream 1093546 33357844 ~ 33359026 (+) True XLOC_002244
TCONS_00005723 lncRNA downstream 1096030 33360328 ~ 33362580 (+) False XLOC_002245
TCONS_00004282 mRNA upstream 136539 32104305 ~ 32123204 (+) True XLOC_002233
TCONS_00004281 mRNA upstream 186954 32066537 ~ 32072789 (+) True XLOC_002232
TCONS_00004280 mRNA upstream 186961 32066355 ~ 32072782 (+) False XLOC_002232
TCONS_00004279 mRNA upstream 195338 32058692 ~ 32064405 (+) True XLOC_002231
TCONS_00004278 mRNA upstream 201665 32050906 ~ 32058078 (+) True XLOC_002230
TCONS_00004284 mRNA downstream 296369 32560667 ~ 32581374 (+) False XLOC_002236
TCONS_00004285 mRNA downstream 297019 32561317 ~ 32601380 (+) True XLOC_002236
TCONS_00004286 mRNA downstream 382104 32646402 ~ 32648803 (+) True XLOC_002238
TCONS_00004287 mRNA downstream 398588 32662886 ~ 32672319 (+) False XLOC_002239
TCONS_00004288 mRNA downstream 398882 32663180 ~ 32672508 (+) True XLOC_002239
TCONS_00004273 other upstream 566967 31692662 ~ 31692776 (+) True XLOC_002225
TCONS_00004262 other upstream 1499699 30759929 ~ 30760044 (+) True XLOC_002218
TCONS_00004261 other upstream 1523475 30736148 ~ 30736268 (+) True XLOC_002217
TCONS_00004255 other upstream 2348047 29910622 ~ 29911696 (+) True XLOC_002215
TCONS_00004250 other upstream 2407501 29852147 ~ 29852242 (+) True XLOC_002214
TCONS_00004283 other downstream 131482 32395780 ~ 32395896 (+) True XLOC_002235
TCONS_00004290 other downstream 738021 33002319 ~ 33002433 (+) True XLOC_002241
TCONS_00004303 other downstream 1438144 33702442 ~ 33710220 (+) True XLOC_002250
TCONS_00004313 other downstream 1771391 34035689 ~ 34043319 (+) True XLOC_002255
TCONS_00004315 other downstream 1783062 34047360 ~ 34058765 (+) False XLOC_002256

Expression Profile

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