RNA id: TCONS_00005951


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005951
length 3895
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_002465
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 45140944 ~ 45145137 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
GO:0019265 glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate biological_process
GO:0042133 neurotransmitter metabolic process biological_process
GO:0050953 sensory perception of light stimulus biological_process
GO:0007601 visual perception biological_process
GO:0004760 serine-pyruvate transaminase activity molecular_function
GO:0008453 alanine-glyoxylate transaminase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005950 lncRNA upstream 223545 44913607 ~ 44917399 (+) True XLOC_002457
TCONS_00004606 lncRNA upstream 371423 44767388 ~ 44769521 (+) True XLOC_002453
TCONS_00005949 lncRNA upstream 757485 44380982 ~ 44383459 (+) True XLOC_002447
TCONS_00005948 lncRNA upstream 1083640 44055749 ~ 44057304 (+) False XLOC_002445
TCONS_00004582 lncRNA upstream 1116293 43993352 ~ 44024651 (+) True XLOC_002442
TCONS_00005952 lncRNA downstream 210566 45355703 ~ 45356324 (+) True XLOC_002470
TCONS_00004624 mRNA upstream 6363 45089820 ~ 45134581 (+) False XLOC_002464
TCONS_00004625 mRNA upstream 6368 45128375 ~ 45134576 (+) True XLOC_002464
TCONS_00004623 mRNA upstream 35563 45071603 ~ 45105381 (+) False XLOC_002464
TCONS_00004622 mRNA upstream 48719 45071603 ~ 45092225 (+) False XLOC_002464
TCONS_00004621 mRNA upstream 70762 45059702 ~ 45070182 (+) True XLOC_002463
TCONS_00004626 mRNA downstream 2868 45148005 ~ 45203196 (+) False XLOC_002466
TCONS_00004627 mRNA downstream 3030 45148167 ~ 45205893 (+) False XLOC_002466
TCONS_00004630 mRNA downstream 103189 45248326 ~ 45322706 (+) False XLOC_002468
TCONS_00004631 mRNA downstream 157288 45302425 ~ 45341821 (+) True XLOC_002468
TCONS_00004632 mRNA downstream 200437 45345574 ~ 45352279 (+) True XLOC_002469
TCONS_00004611 other upstream 233061 44907768 ~ 44907883 (+) True XLOC_002456
TCONS_00004603 other upstream 427127 44699817 ~ 44713817 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004569 other upstream 2067688 43037133 ~ 43073256 (+) False XLOC_002435
TCONS_00004540 other upstream 3300911 41839919 ~ 41840033 (+) True XLOC_002414
TCONS_00004521 other upstream 4392046 40747873 ~ 40748898 (+) True XLOC_002398
TCONS_00004628 other downstream 31283 45176420 ~ 45176924 (+) True XLOC_002466
TCONS_00004629 other downstream 92819 45237956 ~ 45238042 (+) True XLOC_002467

Expression Profile

//