RNA id: TCONS_00000408


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000408
length 134
RNA type rRNA
GC content 0.51
exon number 1
gene id XLOC_000247
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 19705699 ~ 19705832 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTTATTGGTTACTCCCTGCTAGTATGACGGCTAGctcaactctcacatggttgcccactgaagttaagcagggctgtgcctggtcagaacctggatgggagaccacatgggaaagctataggttgctgctggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000120760

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000398 lncRNA upstream 239479 19461925 ~ 19466220 (+) True XLOC_000242
TCONS_00000397 lncRNA upstream 243236 19458980 ~ 19462463 (+) False XLOC_000242
TCONS_00000395 lncRNA upstream 268022 19433007 ~ 19437677 (+) False XLOC_000242
TCONS_00003061 lncRNA upstream 440729 19253027 ~ 19264970 (+) True XLOC_000239
TCONS_00003060 lncRNA upstream 546414 19113197 ~ 19159285 (+) True XLOC_000238
TCONS_00000412 lncRNA downstream 102609 19808441 ~ 19821195 (+) False XLOC_000250
TCONS_00002828 lncRNA downstream 318100 20023932 ~ 20027926 (+) True XLOC_000253
TCONS_00002829 lncRNA downstream 321057 20026889 ~ 20029066 (+) True XLOC_000254
TCONS_00003062 lncRNA downstream 440573 20146405 ~ 20147549 (+) True XLOC_000256
TCONS_00003063 lncRNA downstream 1230893 20936725 ~ 20938443 (+) True XLOC_000259
TCONS_00000407 mRNA upstream 39925 19649545 ~ 19665774 (+) True XLOC_000246
TCONS_00000405 mRNA upstream 73546 19602389 ~ 19632153 (+) False XLOC_000245
TCONS_00000404 mRNA upstream 73546 19602389 ~ 19632153 (+) False XLOC_000245
TCONS_00000406 mRNA upstream 73613 19616799 ~ 19632086 (+) True XLOC_000245
TCONS_00000403 mRNA upstream 96026 19602389 ~ 19609673 (+) False XLOC_000245
TCONS_00000409 mRNA downstream 2676 19708508 ~ 19756237 (+) False XLOC_000248
TCONS_00000410 mRNA downstream 2676 19708508 ~ 19756359 (+) True XLOC_000248
TCONS_00000411 mRNA downstream 59163 19764995 ~ 19802602 (+) True XLOC_000249
TCONS_00000415 mRNA downstream 143336 19849168 ~ 19886389 (+) False XLOC_000251
TCONS_00000416 mRNA downstream 149658 19855490 ~ 19886132 (+) True XLOC_000251
TCONS_00000400 other upstream 166060 19535120 ~ 19539639 (+) False XLOC_000244
TCONS_00000377 other upstream 1843771 17858380 ~ 17861928 (+) True XLOC_000224
TCONS_00000369 other upstream 2183523 17513515 ~ 17522176 (+) True XLOC_000219
TCONS_00000367 other upstream 2936890 16768683 ~ 16768809 (+) True XLOC_000218
TCONS_00000364 other upstream 3091110 16600698 ~ 16614589 (+) True XLOC_000215
TCONS_00000413 other downstream 102619 19808451 ~ 19815449 (+) False XLOC_000250
TCONS_00000414 other downstream 109033 19814865 ~ 19819096 (+) True XLOC_000250
TCONS_00000420 other downstream 269759 19975591 ~ 19980987 (+) True XLOC_000252
TCONS_00000430 other downstream 1548521 21254353 ~ 21254482 (+) True XLOC_000260
TCONS_00000435 other downstream 1858674 21564506 ~ 21566601 (+) True XLOC_000264