RNA id: TCONS_00002829


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002829
length 347
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_000254
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 20026889 ~ 20029066 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTAGTGGTGGGCATATAGTTCTTAATTAGACGTTTTCTCTGTGACAGTTGTTTGATTTTTTTAGGTAACGAATGAACACACAACAGGCAGGAGAACAAGACTCACAAAGGGAACGGTGGCGATAACTTGTAGAATGCTAGAGAATAGCTTGGTCATTGCTGGAGCTTAGAGAGCAGGTAGAGCtttgttggtgctgtttttgctTTGTGCAGATTAGTGAGTAGAAGGCTCATAATGGGAACCACAGAGATATGCTTGAAGAGCTGATGCTCAGCAAAATGGTTGAGCTATGTTAGTCTTGCCTTTGTGTTTTGCAGACTGAAGTGGATCATGTGGAGAAACAAgag

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000412 lncRNA upstream 205694 19808441 ~ 19821195 (+) False XLOC_000250
TCONS_00000398 lncRNA upstream 560669 19461925 ~ 19466220 (+) True XLOC_000242
TCONS_00000397 lncRNA upstream 564426 19458980 ~ 19462463 (+) False XLOC_000242
TCONS_00000395 lncRNA upstream 589212 19433007 ~ 19437677 (+) False XLOC_000242
TCONS_00003061 lncRNA upstream 761919 19253027 ~ 19264970 (+) True XLOC_000239
TCONS_00003062 lncRNA downstream 117339 20146405 ~ 20147549 (+) True XLOC_000256
TCONS_00003063 lncRNA downstream 907659 20936725 ~ 20938443 (+) True XLOC_000259
TCONS_00003064 lncRNA downstream 1302359 21331425 ~ 21341653 (+) False XLOC_000262
TCONS_00003065 lncRNA downstream 1302538 21331604 ~ 21341653 (+) True XLOC_000262
TCONS_00003066 lncRNA downstream 1471579 21500645 ~ 21501484 (+) True XLOC_000263
TCONS_00000417 mRNA upstream 37305 19930520 ~ 19989584 (+) False XLOC_000252
TCONS_00000418 mRNA upstream 37827 19933065 ~ 19989062 (+) False XLOC_000252
TCONS_00000419 mRNA upstream 76094 19943803 ~ 19950795 (+) False XLOC_000252
TCONS_00000415 mRNA upstream 140500 19849168 ~ 19886389 (+) False XLOC_000251
TCONS_00000416 mRNA upstream 140757 19855490 ~ 19886132 (+) True XLOC_000251
TCONS_00000421 mRNA downstream 40469 20069535 ~ 20138647 (+) False XLOC_000255
TCONS_00000422 mRNA downstream 55323 20084389 ~ 20141844 (+) True XLOC_000255
TCONS_00000423 mRNA downstream 564587 20593653 ~ 20607152 (+) True XLOC_000257
TCONS_00000424 mRNA downstream 606124 20635190 ~ 20695115 (+) False XLOC_000258
TCONS_00000425 mRNA downstream 606148 20635214 ~ 20705079 (+) False XLOC_000258
TCONS_00000420 other upstream 45902 19975591 ~ 19980987 (+) True XLOC_000252
TCONS_00000414 other upstream 207793 19814865 ~ 19819096 (+) True XLOC_000250
TCONS_00000413 other upstream 211440 19808451 ~ 19815449 (+) False XLOC_000250
TCONS_00000408 other upstream 321057 19705699 ~ 19705832 (+) True XLOC_000247
TCONS_00000400 other upstream 487250 19535120 ~ 19539639 (+) False XLOC_000244
TCONS_00000430 other downstream 1225287 21254353 ~ 21254482 (+) True XLOC_000260
TCONS_00000435 other downstream 1535440 21564506 ~ 21566601 (+) True XLOC_000264
TCONS_00000444 other downstream 2492146 22521212 ~ 22521326 (+) True XLOC_000270
TCONS_00000457 other downstream 3245856 23274922 ~ 23279702 (+) True XLOC_000276
TCONS_00000467 other downstream 3475268 23504334 ~ 23505103 (+) False XLOC_000281

Expression Profile

//