RNA id: TCONS_00003066


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003066
length 352
lncRNA type antisense_over
GC content 0.52
exon number 2
gene id XLOC_000263
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 21500645 ~ 21501484 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGGCTTTCAGGCAGAGGAAGAGGCTGCGATATTGGCACTGTGGCAGTGAAGCCGCTTGTGTTCAGCCATTGCAGTGACGCAGGAGATTGAGTCGTCTGTACTCACTGTGGCGATGCAGTAAGGCAGATTGTTTTTGCAGCCGGGACACAGCAGCTCACAGTCGGGCAGGCTGAAGCCGCAGTAGGGACAGGGTGAACTCTCCTCCTCCACCTCTGAAGTATCTGGACGACTGATGGAAGACAGAAAAAAGATCGATCTTGTTACGATACTCTGGTCTCATCAGCATTGAGGCAAAACTGAAGGCAGAGTTTCTTAACCCAGCACGATGACATTCAATGACCGCTGATGTGAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003064 lncRNA upstream 158992 21331425 ~ 21341653 (+) False XLOC_000262
TCONS_00003065 lncRNA upstream 158992 21331604 ~ 21341653 (+) True XLOC_000262
TCONS_00003063 lncRNA upstream 562202 20936725 ~ 20938443 (+) True XLOC_000259
TCONS_00003062 lncRNA upstream 1353096 20146405 ~ 20147549 (+) True XLOC_000256
TCONS_00002829 lncRNA upstream 1471579 20026889 ~ 20029066 (+) True XLOC_000254
TCONS_00000439 lncRNA downstream 449774 21951258 ~ 21953463 (+) True XLOC_000266
TCONS_00003067 lncRNA downstream 1009250 22510734 ~ 22518754 (+) False XLOC_000269
TCONS_00003068 lncRNA downstream 1009577 22511061 ~ 22518754 (+) True XLOC_000269
TCONS_00000462 lncRNA downstream 1877524 23379008 ~ 23380210 (+) True XLOC_000278
TCONS_00000466 lncRNA downstream 1987627 23489111 ~ 23506518 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000431 mRNA upstream 188049 21309386 ~ 21312596 (+) False XLOC_000261
TCONS_00000432 mRNA upstream 188557 21309404 ~ 21312088 (+) True XLOC_000261
TCONS_00000429 mRNA upstream 562133 20936711 ~ 20938512 (+) False XLOC_000259
TCONS_00000427 mRNA upstream 794349 20635387 ~ 20706296 (+) False XLOC_000258
TCONS_00000428 mRNA upstream 795648 20635392 ~ 20704997 (+) True XLOC_000258
TCONS_00000433 mRNA downstream 61827 21563311 ~ 21566376 (+) False XLOC_000264
TCONS_00000434 mRNA downstream 61850 21563334 ~ 21573013 (+) False XLOC_000264
TCONS_00000436 mRNA downstream 224337 21725821 ~ 21815554 (+) False XLOC_000265
TCONS_00000437 mRNA downstream 229898 21731382 ~ 21815554 (+) True XLOC_000265
TCONS_00000438 mRNA downstream 435717 21937201 ~ 21971913 (+) False XLOC_000266
TCONS_00000430 other upstream 246163 21254353 ~ 21254482 (+) True XLOC_000260
TCONS_00000420 other upstream 1519658 19975591 ~ 19980987 (+) True XLOC_000252
TCONS_00000414 other upstream 1681549 19814865 ~ 19819096 (+) True XLOC_000250
TCONS_00000413 other upstream 1685196 19808451 ~ 19815449 (+) False XLOC_000250
TCONS_00000408 other upstream 1794813 19705699 ~ 19705832 (+) True XLOC_000247
TCONS_00000435 other downstream 63022 21564506 ~ 21566601 (+) True XLOC_000264
TCONS_00000444 other downstream 1019728 22521212 ~ 22521326 (+) True XLOC_000270
TCONS_00000457 other downstream 1773438 23274922 ~ 23279702 (+) True XLOC_000276
TCONS_00000467 other downstream 2002850 23504334 ~ 23505103 (+) False XLOC_000281
TCONS_00000472 other downstream 2249615 23751099 ~ 23751213 (+) True XLOC_000283

Expression Profile

//