RNA id: TCONS_00004596


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00004596
length 5952
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 14
gene id XLOC_002449
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 44581378 ~ 44672402 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGCAAGAAGATTTGGTAAACTCCAAGAATGAGGGACTTAAACCACAAGTTGGTGGGTTTAGTTGGTGTTGGTGGAGCAGatgttaattaaatgtaatgtagTGTCTGATATGTTGTTGTGTAATATCTGCTATTTTCCTCCAGCTCAATCAAACTGCAGGGTGAATTTCAGCGAGCCGGAGGGTTACATCGACTCCTCAGACGAGCCGCCACTTCCAGACGGAGCACTCCTGCAGTGCATCTACACCATCAGCGTTTACACTGGATACGGCGTCGAGCTGCAgGTGAAAAGTGTGAACCTGTCAGAGGGCGAGCAGCTGTCAATCAGAGGAGTAGATGAAGGCGGAGCCCTGCTCGTTCTGGCCAATCAGACACTTCTGGTGGAGGGTCAGGTGATCCGCAGTCCGACCAATACGCTGTCGGTGTTTTACCGCTCGTCTCCAGAGGGAGGAGTCGGCCTGTTCCAGCTGCACTATCAGAGTCAGTCTCAAAACAACCCATTAAGCACTAAACAGCAGCTCTGGGCCTTATAATCACTCATCACACACAACTGGGgtgtttatataatattatgctAATGAATTCCACAGGTGCGTGCGTGGAAATGATAAAAGCGCTCCTCGTCTGGAAGCCTCAGTGTTGTTGCGGAGAGTTTGCCTCTAAACTTTTAATTGAAAAAGTCTCTGCTTGGTTAATTTGCTTTGCTATCAAACTAGATAGCTTCTGCCGTGTCCATTAACAGGCTAATGTAGTGAAGTTTTACTCCAGGGCTCATTTCACAGAGTTTTTCTCATGCGCAGTCGAATTAGCATTCATTTCCCTCATAAATGATTAAAGGATAAGTCCACTCTGCAGAGATGTCTTCATGTACTTAGATGGTGTAAATGGAGATGTTTTAAAGGATGACTGAGTGTTTCTTCTCCAGTTTTTCGGCTGAGTTGTGCTCTACCTCGACGGCCTCATTTTGGTGAGGTGTCAGTCAAAGATCTGCATCCTGGAGGAACGGCTCATTTCCAGTGTCACATGGGATATCACCTGCAGGGGGACGCCACTCTCACCTGCCTGAACGCCTCGCTGCCCGTCTGGAGCCAGCATGAGCCCAGCTGCAGAGCTCTGTGTGGCGGTGTTGTTAAGAACGCAACAGTGGGACGAGTGTTGTCCCCCTCACCCCATTCAGGCCCCAACAGCACTCTGGACCGCAGCTGCTCATGGTCTCTGGAGGCTCCAAGCGGCCAGCGGCTGCACCTACACCTGGAGAGAATGGTGTTGGGCACCACAGACAGGCTTGTGTTATGGAGTGGTCTCGACGCTGGTTCGGTGGTCCTGTTTGATTCTGGACGTGGAGGTCCGATCCCATTTGAGGGAGTGATCAGCGAAGGTCCGGCAGTTCGGGTTCAGTTTATAACAGACCAGCCGAACAGCCACAACACCGGCTTCAATATACGATTTGAAGCGTTCGAGAAAGGCCACTGCTACGAACCGTATATTCAGAATGGAAACTTCAGCACGACGGACACGGCGTACGGTGTGGGGACGGTAGTTCAGTTCAGCTGTGACCCGGGACACTCTCTGGAGCAGGGCCCGCCCGTCATCGAGTGCATAAACACACGAGACCCCTACTGGAACGACACCGAGCCGCTCTGTAAAGCTCTGTGTGGTGGTGATCTGTCGGGCCCCAGTGGAGTCATTCTGTCCCCGAACTGGCCTGAATGGTACGGTGAGGGTGAAGACTGCAGCTGGAGGATCCACGTCGGGGAGGACAAACGGGTCCTGCTGGACGTACAGCTGCTGAATCTGAGCGATAGTGATATGCTCACTATCCTGGATGGGGATGAAGTCACCACACGTATTCTGGGTCAGTTTGTGGGCGGCACGAGTCCCTTTAAGATGTCGTCCTCCAGCCCAGACCTCACCATCAGCTTCCACTCGGACCCGGCCGGCCTGGTGTTCGGGAAAGGCGAAGGCTTCATCATCAACTACATGGaGGTGTCCCGCAACGATTCGTGTCCAGATCTGCCTGAGATTCAGAACGGCTGGAAAAGCACGTCTCACGCAGCGCTGGTGCGCGGAGCCCACATCACATACCAGTGCGACCCCGGGTACGACCTAGTGGGCAGCGAAACACTCATCTGTCAAGTGGACCTGAGCTGGAGCACACAGCCTCCGTTCTGTGAGAAGATCATGTATTGTACAGACCCGGGACATGTCGATCACTCCACACGCACACTCTCTGACCCCAAACTGCTAGTTGGCACCACCATCCAGTACAGCTGCACACCCGGATTCATCCTGCAGGGCGGCGCCACACTCACCTGCTATGGCCGAGAGCCCGGCACCCCGGTGTGGACATCCCACCTTCCACACTGCGTCTcagaAGAATCCGTGTCCTGTGAGAATCCCGGCCTTCCCGACAATGGCTACCAGATTCTGTCTAAAAGACTTTACCTTCCTGGAGAGTCTCTGACCTTCATGTGCTACCAGGGATATGAGCTTATCGGTGAAATGGCCATCAAGTGCATTCTGGGAAATCCTTCATTCTGGAGTGGACCATTGCCCCTTTGCAGAGCCAATCATGAATGTTCTGGCAATCATGCATTAGAGGTGTCTGAGGCGGCTGCAGAATCCTCTTTTGATGGGGGAAGTTTGGCTCTGGCTATATTCATCCTGGTGCTGCTGGTGTCTGCGGTGCTCGGAGGAACTTACATCTACATCACCAGATGCAGATATCATTCAAACCTGAGACTTCCTCTGATGTATCCGCATCCCTACAGCCAGATCACCGTGGAGACAGAGTTTGACAACCCTCTCTATGAGACTGGAGGGCAGGACACAAGAGAATATGAGGTATCCATATGAAGAGCCCCACAGACACGTCCCGTTCTGATTCAGTGCTTACAGGAAGTGATGTAAATAGATCCTGAAAACTCCACTCTCCCACCTCCCAAAAactccagagagagagagagagagagagagagagaggggggggcaAGAAGGGAAGGGTCTGTGAATCTGCAAGTATCAGAGTAGAGTTCAGTCGGCCAGTACACTTTACTGTGGTTAAATGTGATTCTACAAGTATGCACTCACAGCCAGAGGTTCaaaagtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgcgcgtctgtgtgtgtgtttatacactcatcggccaacTTCTTAGGTACACCTGTTGACTGATCCTcaatgcaaatatctaatcagccaatcataaggtttgattcaattcatttaaagTCGGAGTGATCCAGAAGATtctgcagacttttatttcagtatgatgatgtatttccaactgagAGTGAATATTGAGCATGGAGTGGGGGTggggttttatttttaaagccccacctctcatctttcacttttagcaaactaacagttggaggggtgtggctacgcatattttattttaaatctgaaaaGTAAATCTGAGATTTCATAGATAACAGTAGTggcttatttatattttagcattaaaataaaactatagatGGAATGTATACTACTTTTGCTGCTTGACACTATTTTTATAGGACATTTTGTGTTTCAGAATACAGTCCAAAGTTAAGCATAAATTATACGAAttgtaaaaagtttttattaatttagcaaCATTACAGCCCACATAAAAAACTACAGtgatttaaagtaaatattatagtgtttttcaataatactgtaataaagaaTTTTAATAGTtcggttgtggtgattctacagtttctATGGATCCATAAAAACTATAGATTctgctgttgctatggtaacacaacaactatagtaataaaaacaaattaatctgtcatGGTGATTTGACAGTTGCTATGataatacaacaactatagtacATAAACAGATTAATCtattgtgattctacagttgctatggtaacacaacaactatagtaatataaacagatAAATCTGTTGTTGTGactccacagttgctatggtaacacaacaactatagattctgctgttgctatggtaacaccaaAACTATAGTAAGTAGCGGTGCACTTTTGTCATGTCGCTAGGCAACGACtaaatcagctgggtattgtgcTGAgtattgctgttgatattaatataattttaatattaaatattattgtgatattcaagatttgtgaagtcatacagcaaccacaagtctctcctctaTCTTCAAAAGTCTTTGTTATTGTCTTGACTACACAAAAACTGCAGGTGCCTCAACAGAAACCCGTCTCTGCTTTCATTTAAtcggagaatgaaaaagacgtgaCTGACGTAACGCATTTTTTTCGCTCAGAGTTAactttttttcaactgcgagTGCACAGCACACAAGGGCAAAAATGCGAGGCGCAGCTGGCGGTCAAAACGCGAGGCGCGCAGGGTGCATAAGCAGTGCGGAAAACACTCGCAGCCGTTAATAAACCATATAAAAAGGTGCCTCTCAACGCAAAAAAcatgttcggtgtgatcggccccttaatctctggtgattctacagttgctatggtagcacaaAAACTAtagattctactgttgctatggtaacacagcaaccataatataaacaaatgaatttgccatggtgattctatagttgctatggtaacaacaattatAGATTCTACTGTCGCTATGATAACacagcaactatagtaatataaactaattagtctgttgtgatgattctacagttgctgtggtaacacaacaactatagtaatataaacaaattaatctgtcataatgattctactgttgctatggtaacaacaactatagtaatataaacaaataatctgttgtgatgattctacggttgctatggtaacaacaactattgtagtataaacaaattaatctgtctgatgattctacggttgctatggtaacaacaactatagtagtataaacaaattaatctgtcataatgat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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000172128

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005949 lncRNA upstream 258140 44380982 ~ 44383459 (+) True XLOC_002447
TCONS_00005948 lncRNA upstream 584295 44055749 ~ 44057304 (+) False XLOC_002445
TCONS_00004582 lncRNA upstream 616948 43993352 ~ 44024651 (+) True XLOC_002442
TCONS_00005947 lncRNA upstream 703311 43828327 ~ 43938288 (+) True XLOC_002441
TCONS_00005946 lncRNA upstream 799397 43828327 ~ 43842202 (+) False XLOC_002441
TCONS_00004606 lncRNA downstream 95017 44767388 ~ 44769521 (+) True XLOC_002453
TCONS_00005950 lncRNA downstream 241236 44913607 ~ 44917399 (+) True XLOC_002457
TCONS_00005951 lncRNA downstream 468573 45140944 ~ 45145137 (+) True XLOC_002465
TCONS_00005952 lncRNA downstream 683332 45355703 ~ 45356324 (+) True XLOC_002470
TCONS_00004593 mRNA upstream 196885 44437080 ~ 44444714 (+) False XLOC_002448
TCONS_00004592 mRNA upstream 196885 44437080 ~ 44444714 (+) True XLOC_002448
TCONS_00004591 mRNA upstream 263518 44373349 ~ 44378081 (+) True XLOC_002446
TCONS_00004590 mRNA upstream 268229 44363195 ~ 44373370 (+) False XLOC_002446
TCONS_00004589 mRNA upstream 452250 44146287 ~ 44189349 (+) True XLOC_002445
TCONS_00004597 mRNA downstream 5261 44677632 ~ 44691944 (+) True XLOC_002450
TCONS_00004598 mRNA downstream 19901 44692272 ~ 44694732 (+) True XLOC_002451
TCONS_00004599 mRNA downstream 27363 44699734 ~ 44746527 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004602 mRNA downstream 27365 44699736 ~ 44748270 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004601 mRNA downstream 27365 44699736 ~ 44748270 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004569 other upstream 1568343 43037133 ~ 43073256 (+) False XLOC_002435
TCONS_00004540 other upstream 2801566 41839919 ~ 41840033 (+) True XLOC_002414
TCONS_00004521 other upstream 3892701 40747873 ~ 40748898 (+) True XLOC_002398
TCONS_00004501 other upstream 4001795 40638776 ~ 40639804 (+) True XLOC_002380
TCONS_00004496 other upstream 4031646 40609461 ~ 40609953 (+) True XLOC_002376
TCONS_00004603 other downstream 27446 44699817 ~ 44713817 (+) False XLOC_002452
TCONS_00004611 other downstream 235397 44907768 ~ 44907883 (+) True XLOC_002456
TCONS_00004628 other downstream 504049 45176420 ~ 45176924 (+) True XLOC_002466
TCONS_00004629 other downstream 565585 45237956 ~ 45238042 (+) True XLOC_002467

Expression Profile

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